環境DNA 種特異的解析(リアルタイムPCR解析・デジタルPCR解析)

ddPCR

環境DNA 種特異的解析(リアルタイムPCR解析・デジタルPCR解析)

種特異的

環境中のDNAを種特異的なプライマーセットでPCR増幅しながら、特定生物の在・不在やDNAのコピー数を解析します。
プライマーの設計・合成から承っています。

1. 環境DNA 種特異的解析(リアルタイムPCR解析・デジタルPCR解析)

リアルタイムPCR解析 デジタルPCR解析
価格 15,000円/サンプル(税別)
<内訳>
・ろ過 4,000円/サンプル
・DNA抽出 3,000円/サンプル
・リアルタイムPCR解析 8,000円/サンプル
15,000円/サンプル(税別)
<内訳>
・ろ過 4,000円/サンプル
・DNA抽出 3,000円/サンプル
・デジタルPCR解析 8,000円/サンプル
解析系がある生物種 ブルーギル、オオクチバス、コクチバス、アユ、アユモドキ、オオサンショウウオ、チュウゴクサンショウウオ、ハクバサンショウウオ、ニホンウナギ、イワナ、ヤマメ、イシドジョウ、ゲンジボタル、ヘイケボタル、ニホンザリガニ、ウチダザリガニ、など
※記載のない生物種についてはご相談ください。

対象の生物種やその近縁種、生息する生物種などの情報をご連絡下さい。プライマーやプローブは、in silicoで設計するため、対象の生物種のみを検出できる保証はできません。対象生物や近縁種の個体やDNAをお送り頂ければ、特異性の検証を行うことも可能です(3サンプルまで)。

納期 5営業日
※プライマーの設計・合成が必要な場合は、プライマー合成完了後5営業日です。
※ダウンロード納品の場合の納期です。記録媒体をご希望の場合、お手元に結果が届くのは5営業日+1-2日(配達に要する日数)です。
納品物 以下のデータをダウンロード形式で納品します。
・報告書
・解析データ(※データを確認するには専用のソフトウェアが必要です。ソフトウェアは無料です。)
オプション 定量解析
(DNAコピー数の算出)
2サンプルまで:+10,000円/サンプル(税別)
3~20サンプル:+30,000円/依頼・生物種(税別)
不要(デジタルPCRは定量が基本です)
解析の反復 8反復: +4,000円/サンプル(税別)
より正確なデータを得るため、リアルタイムPCRを標準の4反復から8反復へ増やすオプションです。
4反復: +4,000円/サンプル(税別)
より正確なデータを得るため、デジタルPCRを標準の2反復から4反復へ増やすオプションです。

環境DNAポータブルチューブポンプ

2. 環境DNAを用いた種特異的解析の流れ


(お客様)
サンプルの送付
水サンプル(1 L)を冷蔵便で送付下さい。
必ず「依頼書(環境DNA用)」を同封してください。

冷蔵保管と発送が難しい場合は下記を参考にしてください。
環境DNA解析用の水サンプルの保管と発送方法について

ろ過 フィルターを用いて、ろ過を行います(弊社標準フィルターは、ステリべクス-GP 0.22 μmです。水の濁度が高いなど、標準フィルターだけではろ過が難しい場合は、プレフィルターも用いてろ過を行います)。
DNA抽出(注1) フィルターに捕集された物質からDNAを抽出します。抽出DNAからPCR阻害物質を除去した後、DNA濃度を測定します。
リアルタイムPCR解析
または
デジタルPCR解析
リアルタイムPCR:LightCycler 96システム(Roche)等を使用して解析を行います。
デジタルPCR:QX200 Droplet Digital PCR(BIO-RAD)を用いて解析します。

注1)抽出されたDNAは、別の種の種特異的解析(追加料金:8,000円/サンプル・生物種)や メタバーコーディング解析にも使用することが可能です(追加料金: 20,000円/サンプル)。

3. 環境DNAを用いた種特異的解析の具体例

解析具体例① 群馬県と神奈川県におけるブルーギルとオオクチバスの在/不在(リアルタイムPCR解析)

解析例
上段がブルーギル、下段がオオクチバスの結果で、分母が反復数、分子が検出回数を示しています。ブルーギルはTakahara et al.,2013、オオクチバスはYamanaka et al., 2016の方法を参照し、解析を行いました。

●使用機器
LightCycler 蛍光強度グラフ
LightCycler 96システム(Roche)等を使用し、上記のようなデータで在・不在を判断します。

解析具体例② アユの定量解析 2つの解析方法の比較結果

アユ種特異的解析
注3)魚類の網羅的解析のサンプル調製時に内部標準を入れてPCRを行うことで、網羅的解析の結果に定量性の情報も得られる手法です。上記は、その結果の中からアユの数値を抜粋しました。

4. パンフレット

eDNAパンフレット環境DNA解析のパンフレットPDF

5. お問合せ・お見積り依頼

●お問合せ・お見積り依頼

お見積り依頼フォームをご用意しています。また、お問合せフォーム、メール(dna@gikenbio.com)、または お電話(042-780-8333)でお気軽にご相談ください。

●サンプル送付先

株式会社生物技研
〒252-0154 神奈川県相模原市緑区長竹657 / TEL 042-780-8333
※平日着でお送りください。発送は元払いでお願いしています。

<添付書類>
依頼書(環境DNA用)→サンプル送付時に同封ください。

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