環境DNAを用いた種特異的解析

種特異的環境DNAを用いた種特異的解析

リアルタイムPCRを使用した解析です。種特異的なプライマーを使用して、特定の生物の在・不在を解析します。
プライマーの設計・合成から承っています。

 

環境DNAを用いた種特異的解析

価格 解析 35,000円/サンプル(税別)
<内訳>
・フィルターろ過とDNA抽出 20,000円/サンプル
・RT-PCR解析(4反復) 15,000円/サンプル
プライマーの設計・合成 100,000円(税別)
対象の生物種やその近縁種、生息する生物種などの情報をご連絡下さい。プライマーやプローブは、in silicoで設計するため、対象の生物種のみを検出できる保証はできません。対象生物や近縁種の個体やDNAをお送り頂ければ、特異性の検証を行うことも可能です。
ブルーギルとオオクチバスについては既に設計・合成済ですので料金不要です。
納期 10営業日
※プライマーの設計・合成が必要な場合は、プライマー合成完了後10営業日です。
オプション 定量解析 +10,000円/サンプル(税別)
解析の反復 8反復: +6,000円/サンプル(税別)
より正確なデータを得るため、RT-PCRを標準の4反復から8反復へ増やすオプションです。
複数種の解析 +15,000円/生物種(税別)

 

環境DNAを用いた種特異的解析の流れ

 (お客様)サンプルの送付

水サンプル(1L)を冷蔵便で送付下さい。
必ず「サンプル情報提供用紙」を同封してください。
フィルターろ過
0.7μm フィルター(GF/F)を用いて、吸引ろ過を行います。
DNA抽出(注1)
フィルターに残った物質からDNAを抽出します。
RT-PCR解析
StepOnePlus Real-Time PCR system を使用して解析を行います。
同時に別の生物種も解析することが可能です(追加料金: 15,000円/生物種)。

注1)抽出されたDNAは、RT-PCR解析だけでなく メタバーコーディング解析にも使用することが可能です(追加料金: 20,000円/サンプル)。

 

環境DNAを用いた種特異的解析の具体例

群馬県と神奈川県におけるブルーギルとオオクチバスの在/不在

解析例
上段がブルーギル、下段がオオクチバスの検出回数。各地点で4回の技術的反復を行いました。ブルーギルはTakahara et al.,2013、オオクチバスはYamanaka et al., 2016の方法を参照し、解析を行いました。

●使用機器

stepone realtime PCR  蛍光強度グラフ
StepOnePlus Real-Time PCR systemを使用し、上記のようなデータで在・不在を判断します。

 

環境DNA解析のパンフレットPDF

次世代シーケンス解析

生物種の同定

次世代シーケンスデータのDDBJへの登録について 遺伝子解析サービスについて

なんでもかんでもアンプリコンシーケンス

  1. 土壌用DNA抽出キット
  2. 味噌-2
  3. お米のRAD-seq解析

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