ゲノム解析

<新サービス登場>

OxfordNanopore社のGridION X5 を使用したロングリードシーケンス解析

ついに受託サービスを始めます。OxfordNanopore社の次世代シーケンサー「GridION X5」を使用すると、ロングリードを得ることができます。MiSeq等で得られたリードと合わせてデータ解析することで、より信頼度の高い結果を得ることができます。

ただいま準備を進めており、2018月6月1日のサービス開始を予定しています。

ゲノム解析

ドラフトゲノム解析 (1)バクテリアとアーキア

価格と納期 <NextSeq 150bpペアエンド解析の場合>
150,000円(税別)
納期:4~6週間

<MiSeq 300bpペアエンド解析の場合>
200,000円(税別)
納期:4週間
※いずれも3サンプル以上で数量割引有

ご提供
サンプル
抽出ゲノムDNA(20ng/ul、1ug以上)
※20ng/ulに希釈していただく必要はございません。
ご提出書類 1.サンプル情報提供用紙→サンプル送付時に同封ください
2.オーダーシート→dna@gikenbio.comへ送信ください
作業内容 ・シーケンスライブラリー作製
・MiSeqを用いた300bpペアエンド解析
・リードのアセンブル
・ソフトウェアによるオートアノテーション
prokka(ソフトウェア)を使用して得られた予測遺伝子配列とタンパク質配列、遺伝子の位置情報(gff形式データ)をご提供します。
データ解析
オプション
◆マニュアルアノテーション
オートアノテーションから得られた予測遺伝子をKEGGやGOデータベースに登録されている配列と比較することで、得られた予測遺伝子にKEGG_IDやGO_IDを対応させます。
価格: +100,000円(税別)
納期: +1週間

◆GridION X5 を使用したシーケンス解析(2018.06.01サービス開始予定)
価格:+100,000円(税別)
納期:+1週間

 

ドラフトゲノム解析 (2)真核生物(注1)

ゲノムサイズ50Mb以下 ゲノムサイズ50Mb以上(注2)
価格と納期 <NextSeq 150bpペアエンド解析の場合>
200,000円(税別)
納期:4~6週間

<MiSeq 300bpペアエンド解析の場合>
300,000円(税別)
納期:4週間
※数量割引有

300,000円~(税別)
納期:2~3ヶ月
ご提供
サンプル
抽出ゲノムDNA(20ng/ul、1ug以上)
※20ng/ulに希釈していただく必要はございません。
ご提出書類 1.サンプル情報提供用紙→サンプル送付時に同封ください
2.オーダーシート→dna@gikenbio.comへ送信ください
作業内容 ・シーケンスライブラリー作製
・シーケンス解析
・リードのアセンブル
・シーケンスライブラリー作製
・HiSeqX または NextSeq150bpペアエンド解析
・リードのアセンブル
データ解析
オプション
◆Exonerateを用いたEvidence-baseの遺伝子予測
価格:+50,000円(税抜き)
※遺伝子モデルに使用する遺伝子配列を送付いただく必要がございます。◆RNA-seqを用いた遺伝子予測
価格:+100,000円(税別)
納期:+1週間
※サンプル送付時にトータルRNAも送付いただく必要がございます。

◆GridION X5 を使用したシーケンス解析(2018.06.01サービス開始予定)
価格:+100,000円~(税別) ※ゲノムサイズによる
納期:+1週間

注1)ヘテロ接合度の多い生物種や倍数性の生物種の場合、お断りさせていただく場合があります(お見積り作成の段階やアセンブルの前処理時に判断させていただきます)。
注2)ゲノムサイズやゲノムの構造によって価格と納期が決まります。

 

リシーケンス解析

価格 お見積りいたします
<参考価格>
◆ゲノムサイズ5Mbのバクテリア10株のリシーケンス解析の場合  (税別)
・ライブラリー作製    20,000円×10=200,000円
・シーケンシング解析 (3Gb) 140,000円
・マッピングとORFの変異点解析 100,000円+20,000円×5=200,000円(注3)
納期 4週間
ご提供
サンプル
抽出ゲノムDNA(20ng/ul、1ug以上)
※20ng/ulに希釈していただく必要はございません。
ご提出書類 1.サンプル情報提供用紙→サンプル送付時に同封ください
2.
オーダーシート→dna@gikenbio.comへ送信ください
作業内容 ・リシーケンスライブラリー作製
・NextSeq500を用いた75bpシングルリード解析
・参照ゲノムへのマッピング
・SNPの検出
・ORFの変異点解析(注4)

(注3)5株以下は一律10万円となり、6株以上の場合は1株につき2万円追加料金となります。
(注4)参照配列に遺伝子アノテーションがない場合は、ORFの変異点解析はできません。

 

ゲノム解析のパンフレットPDF

次世代シーケンス解析

生物種の同定

次世代シーケンスデータのDDBJへの登録について 遺伝子解析サービスについて

なんでもかんでもアンプリコンシーケンス

  1. キムチ
  2. う●ちぶっ壊し実験
  3. 口腔内細菌相解析

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