ショットガンメタゲノム解析

ショットガンメタゲノム解析

 

1.ショットガンメタゲノム解析サービス内容

価格 御見積りいたします
解析内容(目的や対象生物、サンプル数など)をお知らせください。最適なプランをご提案いたします。
参考価格)1サンプルの場合
ライブラリー調製     35,000円
シーケンス解析(4Gb保証)300,000円
データ解析        150,000円
合計          485,000円(税別)
納期 1ヶ月
2017年1月よりサンプル情報提供用紙のご記入をお願いしております。
必ずこちらの「サンプル情報提供用紙」にご記入いただき、解析サンプル発送時に同封願います。

 

2.ショットガンメタゲノム解析の流れ

 (お客様)サンプルの送付

DNA (50ng/ul、20ul )をお送り下さい。
※DNAの断片化の程度は、お客様側で電気泳動により確認してください。

 

ライブラリー作製

 

・コバリスによる断片化
・lab chipを用いた断片長のセレクション
・KAPA Hyper plus Kitを用いたアダプター付加タイプのライブラリー調製
・フラグメントアナライザーによるライブラリーの品質確認
シーケンス解析
ご希望のリード長とデータ量に応じてMiSeqやHiSeq、NextSeq500を使った最適なご提案をします。
データ解析
お客様のご要望に応じた解析を行います。

 

データ解析参考例)
はじめに生リードから低品質の配列の除去を行います。次に、アセンブルソフトウェアIDBA-UDによるアセンブルを行い、Contigを提供致します。同時に、N50や総塩基数などの統計データを提供致します。
アセンブルによって得られたドラフト配列に対して、prokkaソフトウェアによるオートアノ テーションを行います。
出力された予測タンパク質配列(multi-fasta形式)、遺伝子アノテーション(gff形式)、genbank形式データなどを提供します。
最後に、COG解析を用いて、予測されたタンパク質の機能的分類を行ったデータも提供致します。

メタゲノム解析

ショットガンメタゲノム解析・メタトランスクリプトーム解析のパンフレットPDF

次世代シーケンス解析

サンガー法によるDNA解析

次世代シーケンスデータのDDBJへの登録について 遺伝子解析サービスについて

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