RAD-seq解析

RAD-seq解析サービス

 

RAD-seq解析サービス内容

価格 御見積りいたします
解析内容(目的や対象生物、サンプル数など)をお知らせください。最適なプランをご提案いたします。
参考価格)24サンプルの例  ※税別
ライブラリー調製 50,000円/8サンプル×3=150,000円
シーケンス解析(4,000万リード保証)  140,000円
データ解析               200,000円~
納期 6週間
2017年1月よりサンプル情報提供用紙のご記入をお願いしております。
必ずこちらの「サンプル情報提供用紙」にご記入いただき、解析サンプル発送時に同封願います。

 

RAD-seq解析の流れ

 (お客様)サンプルの送付
ゲノムDNA (50ng/ul、20ul 程度 )をお送り下さい。また、データ解析依頼書にご記入の上、dna@gikenbio.comへ送信ください。
品質確認
Fragment analyzerを用いて、DNAの断片化の程度を確認致します。断片化が進んでいるようなDNAは、解析対象から外すことがあります。
ライブラリー作製
ddRAD法を用いてライブラリーを作製致します。使用する制限酵素は、MspIとEcoRIの組み合わせですが、別の制限酵素からお選び頂くことも可能です。
シーケンス解析
Illumina NextSeq 500を使用してシーケンシング解析を行います。試薬はNextSeq Reagent Kit V2 (75cycles)を使用して、75bpのシングルリードを取得します。

 

 

データ解析

 

 

 

系統発生解析:
Stacksを用いてRADseq lociをde novoアセンブルを行います。その後、RAxMLを使用してGTR+gammaモデルを用いた最尤法により進化速度を推定します。
連鎖地図作成:
Bowtieを用いてレファレンスにリードをマップした後、samtoolsとbcftoolsを用いて、SNPを検出致します。その後、vcftoolsを用いてSNPのフィルタリングを行います。さらに、欠測した遺伝子型のデータをBeagleにより補完致します。補完された遺伝子型データをもとにJoinmapを使用して、連鎖地図を作成致します。
QTLマッピング:
連鎖地図作成と同様の方法で遺伝子型を決定した後、R/qtlを用いてQTL領域を推定致します。

 

 

RAD-seq解析参考例

お知らせ:なんでもかんでもアンプリコンシーケンスにお米のRAD-seq解析事例をアップしましたお米のRAD-seq

解析事例-1)植物の地域個体群を解析

【系統樹作成】

tree

解析事例-2)ある特徴的な性質をもった魚類の解析
RAD解析例

野生型88個体、変異型96個体を解析し、連鎖地図作成およびQTLマッピングを行った。

【連鎖地図作成】
qtlmaping

【QTLマッピング】
qtlmapping

RAD-seq解析のパンフレットPDF

次世代シーケンス解析

サンガー法によるDNA解析

次世代シーケンスデータのDDBJへの登録について 遺伝子解析サービスについて

なんでもかんでもアンプリコンシーケンス

  1. 味噌
  2. 土壌用DNA抽出キット
  3. 味噌-2

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