RAD-seq解析・MIG-seq解析

RAD-seq解析・MIG-seq解析サービス

塩基多型を検出し、得られたSNPマーカーを用いて、系統発生解析や連鎖地図作成、QTLマッピングを行います。
解析内容(目的や対象生物、サンプル数など)をお知らせください。最適なプランをご提案いたします。
radseqmigseqの違い

 

RAD-seq解析とMIG-seq解析の比較

RAD-seq解析 MIG-seq解析
ライブラリー作製様式 制限酵素 PCR
塩基解読する領域 制限酵素部位の間 単純反復配列(SSR)の間
得られる多型の数 多い(-100,000 SNPs) 少ない(-1,000 SNPs)
適した解析名 遺伝子地図作成やqtl解析、集団解析 集団解析
必要DNA量 多い(100ng以上) 少ない(2-100ng)
DNAの品質 高品質のDNA量が必要 低品質のDNAでも可
費用 高い 安い
ライブラリー調整は50,000円/8サンプル、シーケンス解析で1サンプルあたり100万リード程度取得。 ライブラリー調整は25,000円/8サンプル、シーケンス解析で1サンプルあたり50万リード程度取得。
価格例
(税別)
48サンプル ライブラリー調製 300,000円
シーケンス解析 180,000円
系統発生解析 100,000円
————————————
計580,000円
(1サンプルあたり12,083円)
ライブラリー調製 150,000円
シーケンス解析 150,000円
系統発生解析 100,000円
————————————
計400,000円
(1サンプルあたり8,333円)
96サンプル ライブラリー調製 600,000円
シーケンス解析 360,000円
系統発生解析 100,000円
————————————
計1,060,000円
(1サンプルあたり11,042円)
ライブラリー調製 300,000円
シーケンス解析 300,000円
系統発生解析 100,000円
————————————
計700,000円
(1サンプルあたり7,292円)
納期 1~2ヶ月 1~2ヶ月

 

RAD-seq解析・MIG-seq解析の流れ

 (お客様)
サンプルの送付

ゲノムDNAをお送り下さい。必要DNA量は上記をご覧ください。
<添付書類>
サンプル情報提供用紙→サンプル送付時に同封ください。
オーダーシート→dna@gikenbio.comへ送信ください
データ解析依頼書→  〃

 

ライブラリー作製

 

<RAD-seq解析>
ddRAD法を用いてライブラリーを作製致します。使用する制限酵素は、MspIとEcoRIの組み合わせですが、別の制限酵素からお選び頂くことも可能です。
<MIG-seq解析>
Suyama and Matsuki, 2015.と同様の方法を用いて、ライブラリーを作製します。東北大・陶山佳久先生のご指導のもと、方法を一部改変しています。
シーケンス解析
Illumina NextSeq 500を使用してシーケンシング解析を行います。RAD-seq解析は75bpのシングルリード、MIG-seq解析は150bpペアエンドリードを取得します(シーケンサーの稼動状況により変更になる場合もあります)。

 

 

データ解析
(目的に合わせいずれかの解析を行います)

 

 

系統発生解析(10万円):
Stacksを用いてde novoアセンブルを行います。その後、RAxMLを使用してGTR+gammaモデルを用いた最尤法により進化速度を推定します。
連鎖地図作成(20万円):
Bowtieを用いてレファレンスにリードをマップした後、samtoolsとbcftoolsを用いて、SNPを検出致します。その後、vcftoolsを用いてSNPのフィルタリングを行います。さらに、欠測した遺伝子型のデータをBeagleにより補完致します。補完された遺伝子型データをもとにJoinmapを使用して、連鎖地図を作成致します。
QTLマッピング(20万円):
連鎖地図作成と同様の方法で遺伝子型を決定した後、R/qtlを用いてQTL領域を推定致します。

 

 

RAD-seq解析・MIG-seq解析参考例

お知らせ:なんでもかんでもアンプリコンシーケンスにお米のRAD-seq解析事例をアップしましたお米のRAD-seq

解析事例-1)植物の地域個体群を解析

【系統樹作成】

tree

解析事例-2)ある特徴的な性質をもった魚類の解析
RAD解析例

野生型88個体、変異型96個体を解析し、連鎖地図作成およびQTLマッピングを行った。

【連鎖地図作成】
qtlmaping

【QTLマッピング】
qtlmapping

RAD-seq解析・MIG-seqのパンフレットPDF

次世代シーケンス解析

生物種の同定

次世代シーケンスデータのDDBJへの登録について 遺伝子解析サービスについて

なんでもかんでもアンプリコンシーケンス

  1. 口腔内細菌相解析
  2. 味噌
  3. キムチ

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