RNAseq(遺伝子発現解析)サービス

RNA-seq(遺伝子発現解析)サービス

※2017.05.09改定

RNA-seq(遺伝子発現解析)サービス内容

納期重視プラン 価格重視プラン
価格と納期 全ての作業を弊社で行います。
価格 100,000円/1サンプル(税別)
納期 4週間程度
ライブラリー構築までとデータ解析は自社で行い、イルミナ社のシーケンサーでのデータ取得のみ弊社あるいは提携先で行います。
価格 その都度ご相談
納期 2ヶ月程度
※ご依頼は2サンプル以上から承ります
※rRNA除去が必要な場合(バクテリア等)は+30,000円/サンプル(税別)となります
シーケンス解析方法 75bpペアエンド解析 75bpペアエンド解析、100bpペアエンド解析、150bpペアエンド解析、250bpペアエンド解析から選択可能
データ量 2,000万リード/1.5Gb
(サンプルがバクテリア等の場合は1,000万リード/0.75Gb)
ご希望のデータ量に応じます。
サービス内容 ・オリゴdTでmRNAを精製、ランダムプライマーでcDNA合成
・シーケンスライブラリー作製
(サンプルがバクテリア等の場合、rRNA除去が必須です。+30,000円/サンプル)
・シーケンシング解析(上記の通り、プランによって解析長とデータ量が異なります)
・データ解析
Tophatソフトウェアを用いてレファレンス配列にマッピングいたします。
その後、featureCountsを用いてカウントを行った後、RPKM正規化を行います。
※cufflinksを用いた解析も対応可能です。
ご提供
サンプル
トータルRNA1μg以上(50ng/ul、20ul程度)
※滅菌水に溶解した状態で冷凍便を使用して送付ください。
※1μg以上のトータルRNAがご用意できない場合は、ご相談ください。
ご提供
情報
レファレンス配列(fasta形式)
遺伝子アノテーション情報(gff形式, gtf形式)
※データはCD-RやUSBに入れて送付頂くか、ダウンロードできるURLをご連絡下さい。
De novo transcriptome assemblyの解析をご希望のお客様は、お送り頂かなくても結構です。

サンプル送付時に下記依頼書にご記入いただき、dna@gikenbio.comへ送信してください
データ解析依頼書.docx

2017年1月よりサンプル情報提供用紙のご記入をお願いしております。
必ずこちらの「サンプル情報提供用紙」にご記入いただき、解析サンプル発送時に同封願います。
オプション
項目 備考 価格
(税別)
発現比較解析 <参照ゲノム配列あり>
iDEGES正規化(Sun et al., BMC Bioinformatics, 2013)後、edgeRを用いて発現変動遺伝子を検出致します。
50,000円
<参照ゲノム配列なし>
De novo transcriptome assemblyで得られたcontigに対しRSEMを用いてマッピングを行います。その後、edgeRを用いて発現変動遺伝子を検出致します。
パスウェイ解析(→詳細 KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)を利用したパスウェイ解析です。 発現変動解析の結果から同定された遺伝子が、どのような代謝系に関わっているのかを可視化させます。(→詳細 70,000円
Gene Ontology(GO)解析 全遺伝子のGO termと発現比較解析の結果から同定された発現変動遺伝子のGO termについて、出現頻度の比較とFisher検定による有意差検定を行います。発現変動遺伝子の特徴的なGO termを推定することができます。 70,000円
パスウェイ解析とGO解析のセット割引 パスウェイ解析とGO解析の両方が10万円でご利用いただけます。
70,000+70,000-40,000=100,000円
-40,000円
De novo transcriptome assembly 参照ゲノム配列がない非モデル生物の遺伝子カタログ作成を、Trinityを用いて行います。 100,000円
rRNA除去 イルミナ社のRibo-Zeroを使用して、rRNAを除去します。 30,000円
/サンプル
RNA抽出 QIAGEN社のRNeasyを使用して、トータルRNAを抽出します。 20,000円
/サンプル

 

RNA-seq解析(発現解析)の流れ

 (お客様)サンプルと情報のご提供
Total RNA (50ng/ul、20ul 程度 )(注1)とレファレンスになる配列 (fasta形式)と遺伝子アノテーション情報 (gff形式かgtf形式) (注2)を弊社へお送り下さい。
ライブラリー作製
rRNAの品質確認(注3)後、ライブラリーを作製致します。
その後、ライブラリーの濃度と品質を確認致します。
シーケンス解析
Illmina社のシーケンサーを使用してシーケンシング解析を行います。75bpペアエンドリードあるいは100bpペアエンドリードを取得します。
データ解析(注4)
(マッピングから正規化)
Tophatソフトウェアを用いてレファレンス配列にマッピング致します。その後、featureCountsを用いてカウントを行った後、RPKM正規化を行ったデータを提供致します。
<オプション>発現比較解析
iDEGES正規化(Sun et al., BMC Bioinformatics, 2013)後、
edgeRを用いて発現変動遺伝子を検出致します。
<オプション>
パスウェイ解析(→詳細
発現比較解析の結果から同定された発現変動遺伝子が、どのような代謝系に関わっているのかを可視化させます(→詳細)。
<オプション>
Gene Ontology解析
全遺伝子のGO termと発現比較解析の結果から同定された発現変動遺伝子のGO termについて、出現頻度の比較とFisher検定による有意差検定を行います。
(注1) 滅菌水に溶解した状態で冷凍便で送付して下さい。
(注2) データはCD-RやUSBに入れて送付頂くか、ダウンロードできるURLをご連絡下さい。 De novo transcriptome assemblyの解析をご希望のお客様は、お送り頂かなくても結構です。
(注3) rRNAの分解が進んでおり、シーケンシング解析を行って もデータが得られないと判断した場合は、中止させていただきます(この場合のご請求は行 いません)。
(注4) De novo transcriptome assembly解析の場合、解析方法が通常の解析とは異なります。

 

RNAseq(遺伝子発現解析)サービスのパンフレットPDF

次世代シーケンス解析

サンガー法によるDNA解析

次世代シーケンスデータのDDBJへの登録について 遺伝子解析サービスについて

なんでもかんでもアンプリコンシーケンス

  1. 土壌用DNA抽出キット
  2. 口腔内細菌相解析
  3. お米のRAD-seq解析

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