5mCのスコアです。

列目	意味
1	染色体番号
2	開始位置
3	終止位置
4	修飾のスコア
5	haplo情報(ハプロタグ情報がついている場合)
6	カバレッジ情報
7	当サイトに修飾された塩基数
8	当サイトに修飾されない塩基数
9	当サイトに修飾された割合

Integrative Genomics Viewer (IGV)の使用方法

IGVは、参照配列にどのくらい数/どんな風にリードがマップされたかを閲覧できるツールです。

1. IGVのダウンロード
以下のURLからIGVをダウンロードし、解凍する。
https://www.broadinstitute.org/software/igv/download

2. IGVの起動
(Windowsの場合)
ダウンロードしたファイルを開き、igvを選択する。

(Macの場合)
ターミナルを開き、igv.shをターミナル上にドラッグ＆ドロップし、実行する。

3. ゲノム配列のインポート
[Genomes] → [Load Genome from File…] → [参照配列を指定する]
参照配列は、Referenceファイル内に入っています。
(注)参照配列とfai形式データが同じファイル上にある必要があります。

4. マッピングデータのインポート
bam形式データを以下に示すIGV画面内の赤枠内にドラッグ＆ドロップする。複数サンプルを同時に閲覧することが可能です。
bam形式データは、Mappingファイル内に入っています。
(注) bam形式データとbai形式データが同じファイル上にある必要があります。

5.遺伝子情報のインポート（オプション）
遺伝子情報(GFF形式やGTF形式)をお持ちの場合は、赤枠内にドラッグ＆ドロップすることで、遺伝子領域を可視化することが可能です。
遺伝子情報は、Annotationファイル内に入っています。