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納品データにつきまして


納品させていただきました解析結果のデータについて、ご説明致します。

■ Raw_fastq フォルダ
Sample.fastq.gz (※)
:品質値付きHiFiリードとなります。詳細はこちらをご覧ください。
experiment.tsv
:サンプル調製方法およびラン条件に関する情報です。
  DDBJ-DRAへのデータ登録時、「Experiment」への入力に必須な情報です。
md5sum.tsv
:DDBJ-DRAへのデータ登録時、「Run」への入力に必須な情報です。
  md5値はDDBJへデータ送信時にファイルが破損しているかどうかを確認するために必要な値です。

※ DDBJ-DRAへのデータ登録を前提として、ファイルを圧縮(gz形式)しております。
解凍する場合は、以下の無償ソフト等にて解凍が可能でございます。

Lhaplus (ご所属機関にご確認の上、ご利用ください。)
http://www.vector.co.jp/soft/win95/util/se169348.html

DDBJ-DRAへの登録については、下記の弊社サイトをご参考にしていただければ幸いです。
http://gikenbio.com/dnaanalysis/ngs/ddbj/

■ Raw_bam フォルダ
Sample.bam
:カイネティック付きbamフォーマットとなります。
Sample.bam.pbi
:bamファイルのインデックスファイルです。

■ Reference
Reference.fasta
:本解析で使用した参照配列です。
Reference.fasta.fai
:インデックス化した参照配列です。IGVやTablet等のビューアーで閲覧するために必要になります。閲覧する場合は、参照配列と同じファイル内に置いて下さい。IGVの使用方法は、下の使用方法をご覧ください。

■ BigWig
ipds.bw
:各サイトの修飾された確率値です。IGVやTablet等のビューアーで閲覧するために必要になります。閲覧する場合は、参照配列と同じファイル内に置いて下さい。IGVの使用方法は、下の使用方法をご覧ください。

■ Mapping
mapped.bam
:参照配列にマッピングした結果です。
mapped.bam.bai
:bamファイルのインデックスファイルです。

■ cpg_output.combined.bed
5mCのスコアです。

列目 意味
1 染色体番号
2 開始位置
3 終止位置
4 修飾のスコア
5 haplo情報(ハプロタグ情報がついている場合)
6 カバレッジ情報
7 当サイトに修飾された塩基数
8 当サイトに修飾されない塩基数
9 当サイトに修飾された割合


Integrative Genomics Viewer (IGV)の使用方法


IGVは、参照配列にどのくらい数/どんな風にリードがマップされたかを閲覧できるツールです。

1. IGVのダウンロード
以下のURLからIGVをダウンロードし、解凍する。
https://www.broadinstitute.org/software/igv/download

2. IGVの起動
(Windowsの場合)
ダウンロードしたファイルを開き、igvを選択する。

(Macの場合)
ターミナルを開き、igv.shをターミナル上にドラッグ&ドロップし、実行する。

3. ゲノム配列のインポート
[Genomes] → [Load Genome from File…] → [参照配列を指定する]
参照配列は、Referenceファイル内に入っています。
(注)参照配列とfai形式データが同じファイル上にある必要があります。

4. マッピングデータのインポート
bam形式データを以下に示すIGV画面内の赤枠内にドラッグ&ドロップする。複数サンプルを同時に閲覧することが可能です。
bam形式データは、Mappingファイル内に入っています。
(注) bam形式データとbai形式データが同じファイル上にある必要があります。

5.遺伝子情報のインポート(オプション)
遺伝子情報(GFF形式やGTF形式)をお持ちの場合は、赤枠内にドラッグ&ドロップすることで、遺伝子領域を可視化することが可能です。
遺伝子情報は、Annotationファイル内に入っています。
IGV

株式会社 生物技研
Tel:046-780-8333 Fax:046-780-8334
E-mail:dna@gikenbio.com