5mCのスコアです。
列目 |
意味 |
1 |
染色体番号 |
2 |
開始位置 |
3 |
終止位置 |
4 |
修飾のスコア |
5 |
haplo情報(ハプロタグ情報がついている場合) |
6 |
カバレッジ情報 |
7 |
当サイトに修飾された塩基数 |
8 |
当サイトに修飾されない塩基数 |
9 |
当サイトに修飾された割合 |
Integrative Genomics Viewer (IGV)の使用方法
IGVは、参照配列にどのくらい数/どんな風にリードがマップされたかを閲覧できるツールです。
1. IGVのダウンロード
以下のURLからIGVをダウンロードし、解凍する。
https://www.broadinstitute.org/software/igv/download
2. IGVの起動
(Windowsの場合)
ダウンロードしたファイルを開き、igvを選択する。
(Macの場合)
ターミナルを開き、igv.shをターミナル上にドラッグ&ドロップし、実行する。
3. ゲノム配列のインポート
[Genomes] → [Load Genome from File…] → [参照配列を指定する]
参照配列は、Referenceファイル内に入っています。
(注)参照配列とfai形式データが同じファイル上にある必要があります。
4. マッピングデータのインポート
bam形式データを以下に示すIGV画面内の赤枠内にドラッグ&ドロップする。複数サンプルを同時に閲覧することが可能です。
bam形式データは、Mappingファイル内に入っています。
(注) bam形式データとbai形式データが同じファイル上にある必要があります。
5.遺伝子情報のインポート(オプション)
遺伝子情報(GFF形式やGTF形式)をお持ちの場合は、赤枠内にドラッグ&ドロップすることで、遺伝子領域を可視化することが可能です。
遺伝子情報は、Annotationファイル内に入っています。
株式会社 生物技研
Tel:046-780-8333 Fax:046-780-8334
E-mail:dna@gikenbio.com