Raw_bam/Sample.bam
:raw bam(HiFi bam)ファイルです。
Raw_bam/Sample.bam.pbi
:Sample.bamのindexファイルです。
Raw_fastq/Sample.fastq.gz (※)
:品質値付き塩基配列となります(HiFiリード)。詳細は
こちらをご覧ください。
Raw_fastq/experiment.tsv
:サンプル調製方法およびラン条件に関する情報です。
DDBJ-DRAへのデータ登録時、「Experiment」への入力に必須な情報です。
Raw_fastq/md5sum.tsv
:DDBJ-DRAへのデータ登録時、「Run」への入力に必須な情報です。
md5値はDDBJへデータ送信時にファイルが破損しているかどうかを確認するために必要な値です。
ref.fasta
:本解析で使用した参照配列です。
ref.fasta.fai
:インデックス化した参照配列です。IGVやTablet等のビューアーで閲覧するために必要になります。閲覧する場合は、参照配列と同じファイル内に置いて下さい。IGVの使用方法は、下の使用方法をご覧ください。
■ Mapping
Sample.aligned.bam
:クラスタリングした後のhq.fastaファイルを用いて、参照配列にマッピングしたデータです。
Sample.aligned.bam.bai
:bamのインデックスファイルです。IGVやTablet等のビューアーで閲覧するために必要となります。閲覧する場合は、マッピングデータと同じファイル内に置いて下さい。
■ Collapse
Sample.collapsed.gff
:isoformをGFF形式で示したファイルです。
Sample.collapsed.group
:unique isoformグループの情報です。
Sample.collapsed.read_stat.txt
:各リードとunique isoformの対応リストです。
Sample.collapsed.fasta
:unique isoformの配列です。
Sample.collapsed.abundance.xlsx
:各サンプルのFLのリード数です。
Integrative Genomics Viewer (IGV)の使用方法
IGVは、参照配列にどのくらい数/どんな風にリードがマップされたかを閲覧できるツールです。
1. IGVのダウンロード
以下のURLからIGVをダウンロードし、解凍する。
https://www.broadinstitute.org/software/igv/download
2. IGVの起動
(Windowsの場合)
ダウンロードしたファイルを開き、igvを選択する。
(Macの場合)
ターミナルを開き、igv.shをターミナル上にドラッグ&ドロップし、実行する。
3. ゲノム配列のインポート
[Genomes] → [Load Genome from File…] → [参照配列を指定する]
参照配列は、Referenceファイル内に入っています。
(注)参照配列とfai形式データが同じファイル上にある必要があります。
4. マッピングデータのインポート
bam形式データを以下に示すIGV画面内の赤枠内にドラッグ&ドロップする。複数サンプルを同時に閲覧することが可能です。
bam形式データは、Mappingファイル内に入っています。
(注) bam形式データとbai形式データが同じファイル上にある必要があります。
5.遺伝子情報のインポート(オプション)
遺伝子情報(GFF形式やGTF形式)をお持ちの場合は、赤枠内にドラッグ&ドロップすることで、遺伝子領域を可視化することが可能です。
遺伝子情報は、Annotationファイル内に入っています。
株式会社 生物技研
Tel:042-780-8333 Fax:042-780-8334
E-mail:dna@gikenbio.com