ナノポア社のGridION を使用した16S rRNA 全長アンプリコン解析

GridION を使用した16S rRNA 全長アンプリコンシーケンス解析

1.特徴

gridion

GridION X5はロングリードを取得できるシーケンサーです。
本解析サービスは、illumina社のMiSeqでは区別できない近縁な細菌叢を解析する場合のように、16S rRNAほぼ全長のデータを取得したい方にお勧めです。

 

2.サービス内容

価格 50,000円/サンプル(税別)
3サンプル以上のご依頼の場合、3サンプル目以降は25,000円/サンプル(税別)
例)4サンプルの場合は、合計150,000円(税別)
納期 15営業日
ご提供サンプル 抽出DNA(>5ng/ul、>20ul)
※DNA抽出からご依頼いただくことも可能です。DNA抽出料金32,000円/8サンプルが別途かかります。
ご提供情報 サンプル送付時に、下記2点をご提出ください。
1. サンプル情報提供用紙
2. オーダーシート
作業内容 ・送付サンプル(DNA溶液)のクオリティチェック
・16S Barcoding Kit (Oxford Nanopore Technologies) を用いてライブラリー調製
・GridIONを用いたシーケンシング解析
・データ解析(出力されたシーケンスデータを、長さとクオリティーでフィルタリング後、各サンプル最大100,000配列程度を個別シーケンスごとに系統推定し、結果をまとめ可視化したデータまで納品いたします。)
納品物 以下のデータをUSB等の記録媒体に保存して納品します。
・作業報告書
・シーケンス生データ(fastq形式)
・フィルタリング配列データ
・系統推定結果(系統推定結果生データと出現頻度表)
・可視化データ(サンバーストチャート)
・DDBJのデータベース登録に必要なデータ
納品データのサンプル

 

3.よくある質問

GridIONを用いた解析における塩基配列の読み取り精度はどれくらい?

Oxford Nanopore Technologies社の継続的な技術開発によって、解析の性能が常に向上しています。下図は、Nanopore 16S Barcoding Kitを使用してシーケンスデータを取得後、品質の良い5万配列をNCBI 16S Microbial Databaseに対してBLAST検索を行った結果です。ヒットした配列に対する配列一致率の平均値は94.2%から97.0%にアップしました。

nanopre精度向上

4.ちらし

16S全長アンプリコン 16S全長解析のちらし

5.お問合せ・お見積り依頼

お問合せフォーム、メール(dna@gikenbio.com)、または お電話(042-780-8333)でお気軽にご相談ください。

サンプル送付先

移転しましたので、サンプル送付先が変更になっています。ご注意ください。
株式会社生物技研
〒252-0154 神奈川県相模原市緑区長竹657 / TEL 042-780-8333
※平日着でお送りください。発送は元払いでお願いしています

<添付書類>
サンプル情報提供用紙→サンプル送付時に同封ください。
オーダーシート→dna@gikenbio.comへ送信ください