GridION を使用した16S rRNA 全長アンプリコンシーケンス解析

1.特徴

GridION X5はロングリードを取得できるシーケンサーです。
本解析サービスは、illumina社のMiSeqでは区別できない近縁な細菌叢を解析する場合のように、16S rRNAほぼ全長のデータを取得したい方にお勧めです。

2.サービス内容

価格	50,000円/サンプル（税別） 3サンプル以上のご依頼の場合、3サンプル目以降は25,000円/サンプル（税別）例）4サンプルの場合は、合計150,000円（税別）
納期	15営業日
ご提供サンプル	抽出DNA（>5ng/ul、>20ul） ※DNA抽出からご依頼いただくことも可能です。DNA抽出料金32,000円/8サンプルが別途かかります。
ご提供情報	サンプル送付時に、下記2点をご提出ください。 1. サンプル情報提供用紙 2. オーダーシート
作業内容	・送付サンプル（DNA溶液）のクオリティチェック・16S Barcoding Kit (Oxford Nanopore Technologies) を用いてライブラリー調製・GridIONを用いたシーケンシング解析・データ解析（出力されたシーケンスデータを、長さとクオリティーでフィルタリング後、各サンプル最大100,000配列程度を個別シーケンスごとに系統推定し、結果をまとめ可視化したデータまで納品いたします。）
納品物	・作業報告書・出力生データ・フィルタリング配列データ・系統推定結果(系統推定結果生データと出現頻度表) ・可視化データ(サンバーストチャート) 以上を、USB等の記録媒体に保存して納品いたします。納品データのサンプル

3.よくある質問

GridIONを用いた解析における塩基配列の読み取り精度はどれくらい？

Oxford Nanopore Technologies社の継続的な技術開発によって、解析の性能が常に向上しています。左図は、Nanopore 16S Barcoding Kitを使用してシーケンスデータを取得後、品質の良い5万配列をNCBI 16S Microbial Databaseに対してBLAST検索を行った結果です。ヒットした配列に対する配列一致率の平均値は94.2%でした（一年前の結果は92.4%）。

GridION読み取り精度