GridION を使用した16S rRNA 全長アンプリコンシーケンス解析
1.特徴
GridION X5はロングリードを取得できるシーケンサーです。
本解析サービスは、illumina社のMiSeqでは区別できない近縁な細菌叢を解析する場合のように、16S rRNAほぼ全長のデータを取得したい方にお勧めです。
2.サービス内容
| 価格 | 50,000円/サンプル（税別） 3サンプル以上のご依頼の場合、3サンプル目以降は25,000円/サンプル（税別） 例）4サンプルの場合は、合計150,000円（税別） |
|---|---|
| 納期 | 15営業日 |
| ご提供サンプル | 抽出DNA（>5ng/ul、>20ul） ※DNA抽出からご依頼いただくことも可能です。DNA抽出料金32,000円/8サンプルが別途かかります。 |
| ご提供情報 | サンプル送付時に、下記2点をご提出ください。 1. サンプル情報提供用紙 2. オーダーシート |
| 作業内容 | ・送付サンプル（DNA溶液）のクオリティチェック ・16S Barcoding Kit (Oxford Nanopore Technologies) を用いてライブラリー調製 ・GridIONを用いたシーケンシング解析 ・データ解析（出力されたシーケンスデータを、長さとクオリティーでフィルタリング後、各サンプル最大100,000配列程度を個別シーケンスごとに系統推定し、結果をまとめ可視化したデータまで納品いたします。） |
| 納品物 | 以下のデータをUSB等の記録媒体に保存して納品します。 ・作業報告書 ・シーケンス生データ（fastq形式） ・フィルタリング配列データ ・系統推定結果(系統推定結果生データと出現頻度表) ・可視化データ(サンバーストチャート) ・DDBJのデータベース登録に必要なデータ 納品データのサンプル |
3.よくある質問
GridIONを用いた解析における塩基配列の読み取り精度はどれくらい？
Oxford Nanopore Technologies社の継続的な技術開発によって、解析の性能が常に向上しています。下図は、Nanopore 16S Barcoding Kitを使用してシーケンスデータを取得後、品質の良い5万配列をNCBI 16S Microbial Databaseに対してBLAST検索を行った結果です。ヒットした配列に対する配列一致率の平均値は94.2%から97.0%にアップしました。
4.ちらし
5.お問合せ・お見積り依頼
お問合せフォーム、メール（dna@gikenbio.com）、または お電話（042-780-8333）でお気軽にご相談ください。
サンプル送付先
移転しましたので、サンプル送付先が変更になっています。ご注意ください。
株式会社生物技研
〒252-0154 神奈川県相模原市緑区長竹657 / TEL 042-780-8333
※平日着でお送りください。発送は元払いでお願いしています
＜添付書類＞
・サンプル情報提供用紙→サンプル送付時に同封ください。
・オーダーシート→dna@gikenbio.comへ送信ください
