LoopSeqを使用した16S rRNA 全長アンプリコン解析(休止中)

LoopSeq を使用した16S全長アンプリコン解析サービスを一時休止させていただきます。

理由はここ数か月の間、毎月メーカーのプロトコールの改変が行われているからです。弊社としては安定した解析サービスが難しいと判断いたしました。このような状況からメーカーのプロトコルが安定したと判断するまでの間、新規のご依頼をお受けすることを一時的に休止させていただきます。

大変申し訳ございませんが、ご理解のほどよろしくお願いします。

LoopSeq を使用した16S全長アンプリコン解析

1.特徴

LOOP GENOMICS社のLoopSeq はイルミナのショートリードのデータを疑似ロングリード化させる技術です。ショートリードに付加されたバーコードごとにアセンブルすることで16S rRNAのほぼ全長を高い精度(エラー率<0.005%)で塩基決定することが可能です。

 

2.サービス内容

価格 30,000円/サンプル(税別)
8サンプル以上のご注文となります。
納期 4-6週間
ご提供サンプル 抽出DNA(>5ng/ul、>20ul)
ご提供情報 サンプル送付時に、下記2点をご提出ください。
1. サンプル情報提供用紙
2. オーダーシート
作業内容 ・送付サンプル(DNA溶液)のクオリティチェック
・LoopSeq 16S Microbiome Kit (Loop Genomics)を用いてライブラリー調製
・NextSeq を用いたシーケンシング解析
・データ解析(出力されたシーケンスデータを、Loop Genomics 社のクラウドに実装されたパイプラインへ投入し、疑似ロングリードのアセンブルを行います。アセンブルされた疑似ロングリードをインプットとして、系統推定を行い、可視化したデータまで納品いたします。)
納品物 ・作業報告書
・出力生データ
・アセンブル配列を含むクラウドパイプラインからの出力データ
・系統推定結果(出現頻度表)
・可視化データ(棒グラフ・サンバーストチャート)
以上を、USB等の記録媒体に保存して納品いたします。
[button color=”purple” style=”flat” url=”https://gikenbio.com/2020wp/data/LoopSeq_16S_Full_Length.zip” target=”_blank”] 納品データのサンプル[/button]

 

3.評価試験結果

製品評価技術基盤機構 バイオテクノロジーセンター作製の微生物の既知集団を用いた評価試験を行い、高い再現性があることを確認しています。含まれている15種類すべてが検出され、アセンブルされたコンティグのうち96%以上がリファレンス配列と99%以上の相同性を示しました。

<3反復間の再現性>
組成の異なる2種のミックスを表示の割合で混合してライブラリー調製を行い、シーケンシングしました。含まれる菌の相対頻度を求めたところ、下図の通り、全てのミックス、全ての菌で反復間の再現性が良いことが確認できました。

loopseq評価

4.チラシ

16S全長解析ちらし [button color=”purple” style=”flat” url=”https://gikenbio.com/2020wp/pdf/16S_full_length.pdf” target=”_blank”] 16S全長解析のちらし[/button]

5.お問合せ・お見積り依頼

お問合せフォーム、メール(dna@gikenbio.com)、または お電話(042-780-8333)でお気軽にご相談ください。

●サンプル送付先

移転しましたので、サンプル送付先が変更になっています。ご注意ください。
株式会社生物技研
〒252-0154 神奈川県相模原市緑区長竹657 / TEL 042-780-8333
※平日着でお送りください。発送は元払いでお願いしています。

<添付書類>
サンプル情報提供用紙→サンプル送付時に同封ください。
オーダーシート→dna@gikenbio.comへ送信ください

 

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