ゲノム解析(ロングリード・ナノポア社GridION)

Oxford Nanopore Technologies社の
GridION X5 を用いたゲノム解析

GridION X5はロングリードを取得できるシーケンサーです。

 

1-1.GridION X5 ゲノム解析パッケージプラン

価格(税別)
バクテリア 100,000円/サンプル
ゲノムサイズ100Mb未満 225,000円/サンプル
ゲノムサイズ100Mb以上 要相談
納期 4~6週間 ※ゲノムサイズ100Mb以上の場合は要相談
作業内容 ・送付DNAの品質確認
・シーケンスライブラリー作製
・シーケンシング解析(GridION X5)
ご提供サンプルと情報 ご提供いただくDNAの量と質がとても大事です。
以下「2.ご提供いただくサンプルと情報について」をご覧ください。

ハイブリッドアセンブル

1-2.GridION X5 フローセル占有プラン

価格(税別)
ライブラリー調製 25,000円/サンプル
シーケンシング解析 200,000円/フローセル
納期 4~6週間
備考 データ量の目安:5-10Gb/フローセル
※データ量は、抽出DNAの品質に依存します。弊社チャンピオンデータは、21.3Gb(Passed Bases)です。
最長リード長:200kb
ご提供サンプルと情報 ご提供いただくDNAの量と質がとても大事です。
以下「2.ご提供いただくサンプルと情報について」をご覧ください。

 

2.ご提供いただくサンプルと情報について

ご提供
サンプル
抽出ゲノムDNA
1.DNA量
バクテリア または ゲノムサイズ100Mb未満の解析の場合で、濃度50 ng/ul以上、液量 100ul 以上 が理想です。
最低でもDNA量は 2ugが必要です。
2.DNAの品質
260/230 と 260/280 は 1.5以上、電気泳動で20kbあたりにバンドが見えていることが望ましいです。

DNA抽出からご依頼いただくことも可能です。

弊社では、GridIONゲノム解析用のサンプルについては、Genomic-tip(Qiagen)を用いて、DNA抽出を行います。
DNA抽出料金は30,000円/サンプル(税別)で、納期は1週間追加となります。
ご提供いただくサンプル量の目安は、細胞数 1×10^9 ~ 5×10^9程度、湿重量 20~100 mg程度です。

ご提供情報 1.サンプル情報提供用紙→サンプル送付時に同封ください
2.オーダーシート→dna@gikenbio.comへ送信ください

 

3. よくある質問

GridIONを用いた解析における塩基配列の読み取り精度はどれくらい?

Oxford Nanopore Technologies社の継続的な技術開発によって、解析の性能が常に向上しています。左図は、Nanopore 16S Barcoding Kitを使用してシーケンスデータを取得後、品質の良い5万配列をNCBI 16S Microbial Databaseに対してBLAST検索を行った結果です。ヒットした配列に対する配列一致率の平均値は94.2%でした(一年前の結果は92.4%)。

4. ちらしPDF

GridIONとハイブリッドアセンブルのちらし GridIONを用いたゲノム解析・ハイブリッドアセンブルのちらしPDF

 

4. お問合せ・サンプル送付先

●お見積り依頼

お見積りフォームがございます。
・ゲノム解析お見積りフォーム(ロングリード・ハイブリッドアセンブル専用)

●お問合せ

お問合せフォーム、メール(dna@gikenbio.com)、または お電話(042-780-8333)でお気軽にご相談ください。

●サンプル送付先

移転のため、送付先が変更になりました。ご注意ください。
株式会社生物技研
〒252-0154 神奈川県相模原市緑区長竹657 / TEL 042-780-8333
※平日着でお送りください。発送は元払いでお願いしています。

<添付書類>
サンプル情報提供用紙→サンプル送付時に同封ください。
オーダーシート→dna@gikenbio.comへ送信ください

次世代シーケンス解析

生物種の同定

次世代シーケンスデータのDDBJへの登録について 遺伝子解析サービスについて

なんでもかんでもアンプリコンシーケンス

  1. 味噌
  2. ツバメの食事
  3. キムチ

最近のブログ

  1. 2020.6.25

    ミズアブの食事

    アメリカミズアブは何でも食べるという内容の記事があります。実は何でも食べれるわけではありません。
  2. 2020.6.22

    桜山の草刈り

    昨日一昨日は去年から参加している地元の桜山の草刈りでした。
  3. 2020.6.18

    最高の一日

    昨日は年に数回やってくる最高の一日でした。
ページ上部へ戻る