アンプリコン解析(ロングリード)

サービス内容

サンプル数やシーケンシング解析の相乗りサンプルによりますので、ご相談ください。

シーケンシング解析時、短いライブラリーほど多く読まれます。例えば、600 bpのアンプリコンと3 kbのアンプリコンを相乗りでシーケンシング解析すると、データ出力に極端なバラツキが出てしまいます。そのため、通常受入れ可能なアンプリコンサイズとして、1 kb以上を目安とさせていただいております。

1 kb未満のアンプリコンでも、同程度の長さでサンプル数が集まれば、シーケンシング可能ですので、ご相談ください。

読み取り塩基の正確性が圧倒的に違います。
PacBio Revioを用いたシーケンシング解析で取得できる「HiFiリード」はイルミナ社のショートリード以上の正確性です。

はい。作業内容の詳細は作業報告書をご確認ください。

サンプル調製

平滑末端となるPCR酵素を使用してください。
PacBioでは平滑末端のPCR産物のみシーケンシング可能です。
そのため、PCR条件検討の際も、平滑末端となるPCR酵素を使用してください。

<平滑末端となるPCR酵素の例>
・ KAPA HiFi HS ReadyMix(日本ジェネティクス)
・ TaKaRa Ex Premier DNA Polymerase(タカラバイオ)
・ KOD FX Neo(TOYOBO)
・ Q5 High-Fidelity DNA Polymerase(NEB)
・ Phusion Hot Start II DNA Polymerase(Thermo Fisher Scientific)

※ Taqポリメラーゼは不適です。

サンプル送付

濃度1 ng/μL以上で液量20 μL以上、かつ対象領域の2倍以上の断片長が確認できているDNAです。カスタムアンプリコンプランの場合や、その他詳細はサービスのページまたはパンフレット(ちらし)をご確認ください。

データ解析

メール・電話・WEBミーティングのいずれでも対応可能ですので、お気軽にご連絡ください。