2021年9月より、PacBio Sequel lleの受託解析サービスを開始しました。
ショートリードを用いた従来法では、属レベルの細菌叢解析が限界でした。一方、PacBio Sequel lleのHiFiリードを用いると、種レベルや株レベルの細菌叢解析が可能です。
Contents
1.細菌叢解析・ロングアンプリコンの解析（PacBio Sequel lle）サービス概要
1-1.細菌叢解析のプラン
| プラン | 解析領域 | 取得リード数 | 価格（税別） | 納期 |
|---|---|---|---|---|
| Strain ID | 16S rRNA+ITS+23S rRNAの約2,500 bpを解析します | 3万リード程度 | 60,000円/サンプル ☆キャンペーン実施中☆ 2021年12月1日～2022年2月28日に弊社サンプル到着のサンプル限定 |
30営業日 |
| Complete V1-V9 | 16S rRNAのほぼ全長（約1,500 bp）を解析します |
全部「Strain IDプラン」で解析したらいいのでは？
「Strain IDプラン」は、変異が大きいITSも解析対象となるので、株レベルでの識別が可能です。ただし、16S rRNAと23S rRNAがリンクしていない（1,500 bp以上離れている）バクテリアは解析できません。環境サンプルでは、10-40%程度の種が解析できない可能性があり、「Complete V1-V9プラン」のほうが網羅的に解析できます。ヒトのマイクロバイオームは「Strain IDプラン」での解析で問題ありません。
1-2.ロングアンプリコンの解析
| 目的 | 取得リード数 | 価格（税別） | 納期 |
|---|---|---|---|
| 単一の配列を解析 | 500リード程度 | 40,000円/サンプル ＋20,000円/プライマー*1 |
プライマー合成後 30営業日 |
| 多様な配列を解析 |
30,000リード程度 | 70,000円/サンプル ＋20,000円/プライマー*1 |
*1 5’末端にAmino Modifier C6修飾プライマーを合成する必要があるため、プライマー合成費用が初期費用としてかかります。
1-3.作業内容など
| 作業内容 | ・送付DNAの品質確認 蛍光法による2本鎖DNAの定量および電気泳動による断片長の確認を行います ・シーケンスライブラリー作製 StrainID プランと Complete V1-V9 プランはShoreline Biome社の専用キットを用います ・シーケンシング解析 PacBio Sequel lleを用いてHiFiリードを取得します ・系統解析 デノイジング後、系統推定します。使用するデータベースは以下の通りです。 StrainID と Complete V1-V9 ：Athena ロングアンプリコン：NCBI |
|---|---|
| 納品物 | 以下のデータをDVDやUSB等の記録媒体に保存して納品します。 ・報告書 ・シーケンス生データ（fastq形式） ・系統解析結果 ・DDBJのデータベース登録に必要なデータ |
| ご提供情報 | 1.サンプル情報提供用紙→サンプル送付時に同封ください 2.オーダーシート→dna@gikenbio.comへ送信ください |
| ご提供 サンプル |
抽出DNA 濃度1 ng/ul以上で液量20 ul以上、かつ2.5 kbp以上のDNA断片が確認できていること |
2.オプション（DNA抽出＆データ解析）
| 項目 | 備考 | 価格（税別） | 追加 納期 |
|---|---|---|---|
| DNA抽出 | 試料を送付いただき、弊社でDNA抽出を行います。 | 10,000円/サンプル | 5営業日 |
| 群間比較解析 （Strain IDとComplete V1-V9プランのみ） |
LEfSEを使って比較する群間の違いと相関を示す微生物群の抽出やある現象の原因微生物の探索を行います。 | 50,000円/解析 ※グループ分けのパターンが複数ある場合は、追加1パターンごと20,000円 |
なし |
| 多様性解析 | Qiime2のdiversityプラグインを用いて、レアファクション解析（chao1やshannonなど）と主座標分析（PCoA）を行います。 | 10,000円/解析 | なし |
| 多様性解析の統計解析 | ベータ多様性はPERMANOVAで検定し、アルファ多様性はKruskal-Wallisで検定します。 | 10,000円/解析 | なし |
3.よくある質問
Q1.同じくロングリードを取得できるナノポア社のシーケンサーでの解析と何が違うの？
リードの精度が圧倒的に違います。
PacBio Sequelを用いたシーケンシング解析で取得できる「HiFiリード」はイルミナ社のショートリード以上の精度です。
4.ちらしPDF
PacBio Sequel lleを用いたゲノム解析・ショットガンメタゲノム解析のパンフレットPDF
5.お問合せ・サンプル送付先
●お見積り依頼
お見積りフォームがございます。
・細菌叢解析・ロングアンプリコンの解析（PacBio）お見積りフォーム
●お問合せ
お問合せフォーム、メール（dna@gikenbio.com）、または お電話（042-780-8333）でお気軽にご相談ください。
●サンプル送付先
株式会社生物技研
〒252-0154 神奈川県相模原市緑区長竹657 / TEL 042-780-8333
※平日着でお送りください。発送は元払いでお願いしています。
＜添付書類＞
・サンプル情報提供用紙→サンプル送付時に同封ください。
・オーダーシート→dna@gikenbio.comへ送信ください
