ロングアンプリコン解析(PacBio Sequel)

pacbioチラシ2021年9月より、PacBio Sequel lleの受託解析サービスを開始しました。

<本サービスはこんな目的にお勧め>
●株レベル・種レベルで細菌叢解析したい
ショートリードを用いた従来法では、属レベルの細菌叢解析が限界でした。一方、PacBio Sequel lleのHiFiリードを用いると、種レベルや株レベルの細菌叢解析が可能です。
●数 kbのアンプリコンを解析したい

1.ロングアンプリコン解析(PacBio Sequel lle)サービス概要

プラン 説明 取得リード数 価格(税別) 納期
Strain ID
(原核生物が対象)
16S rRNA+ITS+23S rRNAの約2,500 bpを解析します 3万リード程度 70,000円/サンプル 30営業日
Complete V1-V9
(原核生物が対象)
16S rRNAのほぼ全長(約1,500 bp)を解析します
ロングアンプリコン30000リード 多様な配列の解析を目的とし、任意の領域(数 kbまで)を解析したい場合に適しています。 3万リード程度 70,000円/サンプル
20,000円/プライマー*1
プライマー合成完了後、
30営業日
ロングアンプリコン500リード
単一の配列の解析を目的とし、任意の領域(数 kbまで)を解析したい場合に適しています。 500リード程度 40,000円/サンプル
20,000円/プライマー*1

*1 5’末端にAmino Modifier C6修飾プライマーを合成する必要があるため、プライマー合成費用が初期費用としてかかります。プライマー配列をご指定ください。プライマー設計からのご相談も承っています。

「Strain IDプラン」と「Complete V1-V9プラン」の使い分けは?

「Strain IDプラン」は、変異が大きいITSも解析対象となるので、株レベルでの識別が可能です。ただし、16S rRNAと23S rRNAがリンクしていない(1,500 bp以上離れている)バクテリアは解析できません。環境サンプルでは、10-40%程度の種が解析できない可能性があり、「Complete V1-V9プラン」のほうが網羅的に解析できます。ヒトのマイクロバイオームは「Strain IDプラン」での解析で問題ありません。

strainID

 

作業内容 ・送付DNAの品質確認
蛍光法による2本鎖DNAの定量および電気泳動による断片長の確認を行います
・シーケンスライブラリー作製
StrainID プラン および Complete V1-V9 プランの場合は、Shoreline Wave Strain ID Kit または Shoreline Wave V1-V9 Kit(Shoreline Biome)を用いてPCRを行い、ライブラリーを作製します。
ロングアンプリコン30000リード および 500リードプランの場合は、2-step tailed PCR法でライブラリーを作製します。
・シーケンシング解析
PacBio Sequel lleを用いてHiFiリードを取得します
・系統解析
納品物 以下のデータをDVDやUSB等の記録媒体に保存して納品します。
・報告書
・シーケンス生データ(fastq形式)
・系統解析結果
・DDBJのデータベース登録に必要なデータ
ご提供
サンプル
抽出DNA
濃度1 ng/ul以上で液量20 ul以上、かつ対象領域の長さ以上(Strain ID および Complete V1-V9プランの場合は2.5 kb以上)のDNA断片が確認できていること
ご依頼の流れ まずは、お見積りをご依頼ください。お見積り依頼フォームをご用意しています。

 

2.オプション(DNA抽出&データ解析)

項目 備考 価格(税別) 追加
納期
DNA抽出 試料を送付いただき、弊社でDNA抽出を行います。 1~ 2サンプル
10,000円/サンプル
3~ 7サンプル
24,000円/式
8サンプル~
3,000円/サンプル
5営業日
群間比較解析
(Strain IDとComplete V1-V9プランのみ)
LEfSEを使って比較する群間の違いと相関を示す微生物群の抽出やある現象の原因微生物の探索を行います。 50,000円/解析
※グループ分けのパターンが複数ある場合は、追加1パターンごと20,000円
なし
多様性解析 Qiime2のdiversityプラグインを用いて、レアファクション解析(chao1やshannonなど)と主座標分析(PCoA)を行います。 10,000円/解析 なし
多様性解析の統計解析 ベータ多様性はPERMANOVAで検定し、アルファ多様性はKruskal-Wallisで検定します。 10,000円/解析 なし

3.よくある質問

Q1.同じくロングリードを取得できるナノポア社のシーケンサーでの解析と何が違うの?

リードの精度が圧倒的に違います。
PacBio Sequelを用いたシーケンシング解析で取得できる「HiFiリード」はイルミナ社のショートリード以上の精度です。

 

4.ちらしPDF

pacbioチラシ PacBio Sequel lleを用いたゲノム解析・ショットガンメタゲノム解析のパンフレットPDF

5.お問合せ・サンプル送付先

●お見積り依頼

お見積りフォームがございます。
・ロングアンプリコン解析(PacBio)お見積りフォーム

●お問合せ

お問合せフォーム、メール(dna@gikenbio.com)、または お電話(042-780-8333)でお気軽にご相談ください。

●サンプル送付先

株式会社生物技研
〒252-0154 神奈川県相模原市緑区長竹657 / TEL 042-780-8333
※平日着でお送りください。発送は元払いでお願いしています。

<添付書類>
依頼書→dna@gikenbio.comへ送信ください

遺伝子解析サービスについて

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