＜2018年5月のサービスアップ内容＞

1.大幅値下げ！
2万円値下げしました。試薬類は年々値上がりしていますが、作業効率向上などコスト削減を行い、よりお手軽にご利用いただけるようにしました。
2.1サンプルでもご注文可能！
まずは1～2サンプルで試してみたいというお問合せにお応えしました。試料を送る場合は30,000円、抽出DNAを送る場合は20,000円（いずれも税別）です。割高な点は何卒ご了承ください。
3.1stPCR産物の受け入れ継続
昨年度のキャンペーン特別対応でしたが、好評につき、今年度も継続します。また、カスタムサービスご利用の場合でも、1stPCR産物での受入れを開始しました。

＜16S rRNAの全長解析サービス開始しました＞

OxfordNanopore社のGridION X5 を使用したロングシーケンス解析です。詳しくはチラシをご覧ください。

アンプリコンシーケンス解析パッケージ

納品物	DVDなどの記録媒体にて納品＜データ内容＞・報告書・シーケンスデータ・QIIMEによる系統解析結果 →エクセルファイルと解析結果を可視化したバーグラフとヒートマップ、サンバーストチャート（htmlファイル） ※一部の遺伝子領域(12SrRNAやCOIなど)は、「エクセルデータ」のみになります。・DDBJのデータベース登録に必要なデータ納品データのサンプルヒトの腸内細菌叢の解析結果です。多様性解析（オプション）のデータも含まれています。（解析領域は16SrRNAのV3/V4領域）
データ量	ライブラリーの品質が良い場合（両端にアダプターがきちんと付加されている）、経験的に8サンプルで40万リード程度は得られます。

納品物

DVDなどの記録媒体にて納品
＜データ内容＞
・報告書
・シーケンスデータ
・QIIMEによる系統解析結果
→エクセルファイルと解析結果を可視化したバーグラフとヒートマップ、サンバーストチャート（htmlファイル）
※一部の遺伝子領域(12SrRNAやCOIなど)は、「エクセルデータ」のみになります。
・DDBJのデータベース登録に必要なデータ

納品データのサンプル
ヒトの腸内細菌叢の解析結果です。多様性解析（オプション）のデータも含まれています。
（解析領域は16SrRNAのV3/V4領域）

データ量

ライブラリーの品質が良い場合（両端にアダプターがきちんと付加されている）、経験的に8サンプルで40万リード程度は得られます。

※価格は税別

1.アンプリコンシーケンス解析料金早見表

サンプル数	試料を送るだけ！	抽出したDNAを送る	1stPCR産物を送る
1	30,000円	20,000円	–
8	137,000円	105,000円	80,000円＋1,500円*
16	274,000円	210,000円	160,000円＋1,500円*
24	411,000円	315,000円	240,000円＋1,500円*
32	548,000円	420,000円	320,000円＋1,500円*

* ライブラリー作製用プライマー代（送料込み）です。

33サンプル以上アンプリコンシーケンス解析
※MiSeq300bpペアエンド解析共有20%で、通常300-400万リードが得られます。
* ライブラリー作製用プライマー代（送料込み）です。
納期はサンプル数に関係なく、20営業日です。

オプション料金表
項目	価格（税別）
液体サンプルのフィルターろ過（1サンプル）	4,000円
PCR阻害物質の除去	10,000円/8サンプル
1stPCR 4反復	16,000円/8サンプル
ライブラリーのビーズ精製（注1）	5,000円/8サンプル
ブロッキング	こちらをご覧ください
残サンプルの返却　※送料込	1,500円
多様性解析（納品後（注1））	10,000円（30,000円）
機能予測解析（バクテリアのみ可能）	50,000円

(注1)	送付いただいたライブラリーが精製不足の場合、弊社で再精製を行います。
(注2)	一度納品させていただいたデータの中からご指定いただいたサンプルを、Qiimeを用いて再解析を行い、レアファクション解析と主座標分析（PCoA）を行なうサービスです。複数のご注文にわたってサンプルをご指定いただくことが可能です。

2.アンプリコンシーケンス解析の流れ

	試料を送るだけ！ 137,000円/8サンプル納期：20営業日	抽出したDNAを送る 105,000円/8サンプル納期：20営業日	1stPCR産物を送る 80,000円/8サンプル納期：20営業日
サンプリング	（お客様) 弊社提供の専用1.5mlチューブに試料を入れ、冷凍便で送付してください（注3）
DNA抽出糞便や土壌、水など様々なサンプルからの抽出実績があり、それぞれのサンプルに最適な抽出方法で行います。	○	（お客様) 抽出したDNAを冷蔵便で送付してください。濃度5ng/μl、液量20μl 以上でお願いします。
ライブラリー作製 PCR反応と精製を2回行い、ライブラリーを作製します。	○	○	ご希望の遺伝子領域を増幅するためのライブラリー作製用プライマーは1,500円（送料込）でご提供致します。（お客様) 弊社提供のプライマーを用いて増幅した1stPCR産物（精製不要）を、冷蔵便で送付してください。濃度2ng/μl、液量15μl 以上でお願いします。⇒サンプル調製方法の詳細はこちら
ライブラリー作製 PCR反応と精製を2回行い、ライブラリーを作製します。	○	○	○ (1stPCR産物の精製から）
ライブラリーの定量蛍光法による2本鎖DNAの定量とフラグメントアナライザーによるピークの確認を行います。	○	○	○
シーケンス解析 MiSeqで300bpペアエンド解析を行います(他のお客様との相乗り)。8サンプルあたり40万リード程度を取得します。	○	○	○
データ解析菌叢解析用パイプライン「Qiime」を用いて解析を行い、「菌群組成グラフ」や「ヒートマップ」、「サンバーストチャート」の形でデータの可視化まで行います。一部の遺伝子領域(12SrRNAやCOIなど)は、「エクセルデータ」のみを提供いたします。	○	○	○
多様性解析(注4) レアファクション解析(chao1やshannonなど)と主座標分析 (PCoA)の結果を提供いたします。	オプション	オプション	オプション
機能予測解析検出しているバクテリアがコードしている遺伝子をKEGG情報に基づき、機能的分類・カウントし、さらにそれを検体ごとに比較します。	オプション	オプション	オプション

(注3)

弊社からご提供させていただく専用チューブに入れて発送いただきます。サンプルの形状等により弊社で追加の作業が必要と判断した場合は別途料金をいただきます。また、サンプルの内容（例えば感染性の有無）によりお断りする場合がございます。
DNA 抽出は、対象生物やサンプルの状況によって抽出方法を最適化する必要がございます。より良いデータを得るための非常に重要なステップであると位置づけております。この観点から弊社におけるDNA抽出ノウハウに乏しいサンプルについてはお断りさせていただく場合がございます。

(注4)

一部の遺伝子領域において、多様性解析が行えない場合がございます。

対象遺伝子領域
ターゲット生物種	対象領域	データ解析方法
細菌と古細菌	16S rRNA V4領域：515F-806R	QIIME解析（可視化データを納品）
細菌	16S rRNA V3/V4領域：V3V4f-V3V4r 16S rRNA V1/V2領域：27Fmod-338R
真菌類	ITS1領域：ITS1F_KYO1 – ITS2_KYO2 （植物由来DNAは増幅しにくい）
	ITS2領域：gITS7 – ITS4 (真菌類を広くカバーしているが、植物由来DNAが増幅する)
	ITS2領域：fITS7 – ITS4 (gITSほど真菌類を広くカバーしていないが、植物由来DNAは増幅しにくい)
真核生物	18S rRNA
動物	Cytochrome oxidase subunit I (COI)	USEARCH解析（エクセルデータを納品）
魚類	12S rRNA (MiFish)
哺乳類（※1）	12S rRNA (MiMammal)
節足動物（※2）	16S rRNA (Insect)
鳥類（※2）	16S rRNA (Bird)
有尾類（イモリ類とサンショウウオ類）（※2）	16S rRNA (Salamander)
線虫（※2）	18S rRNA (Ecdysozoa)
陸上植物（※2）	rbcL
光合成生物（主に単細胞生物）（※2）	psbA
カスタム	任意の領域 (おおよそ500bp以下) ※個別対応させていただきます。	※領域による

※1　弊社でのテスト解析の結果、脊椎動物全般が検出されています。
※2　自社で開発したプライマーでの解析です。

3.アンプリコンシーケンス解析の具体例

【16S rRNAやITS領域, 18S rRNAの場合】

◆実験概略

糞便をサンプルとした腸内細菌相解析
目的：DNA抽出を行う前の粉砕方法の違いによって菌叢が変化するかの検証
方法：以下の3条件の前処理を3反復で行った。また、DNA抽出キットはMP bio社のFastDNASpinを用いた。
・粉砕せず
・液相での粉砕（FastDNASpinのプロトコルどおり）
・凍結乾燥を行い、5mmステンレスビーズで破砕
解析遺伝子：16SrRNA V3/V4領域

サンプル名	処理	DNA抽出の結果(ug)※
no treatment-1	未粉砕	1.9
no treatment-2	未粉砕	1.2
no treatment-3	未粉砕	1.6
liquid grinding-1	液相粉砕	2.9
liquid grinding-2	液相粉砕	3.9
liquid grinding-3	液相粉砕	3.2
dry grinding-1	凍結乾燥粉砕	25.3
dry grinding-2	凍結乾燥粉砕	23.6
dry grinding-3	凍結乾燥粉砕	20.9

※サンプリング量を厳密に同じにしてはいません。

菌相組成の棒グラフ　 >>詳しいデータをご覧いただけます。

OTU heatmap　 >>詳しいデータをご覧いただけます。

サンバーストチャート　 >>詳しいデータをご覧いただけます。

レアファクション解析（オプション） >>詳しいデータをご覧いただけます。

主座標分析（オプション） >>詳しいデータをご覧いただけます。