アンプリコンシーケンス解析

アンプリコンシーケンス解析

● 1サンプルでもご注文可能です。
● データ解析までサービスに含まれています。
● すべての工程を国内(自社内)で行うから、納期が早い!
● 腸内細菌相や土壌細菌相などの微生物相だけでなく、あらゆる生物相に対応。プライマー配列のご指定も可能です。

1.アンプリコンシーケンス解析のサービス概要

試料を送る 抽出DNAを送る 1stPCR産物を送る
価格(税別) 137,000円/8サンプル 105,000円/8サンプル 80,000円/8サンプル
納期 20営業日(注1) 15営業日(注1) 12営業日(注1)
作業内容 DNA抽出~データ解析 DNAの濃度測定~データ解析 1stPCR産物の精製~データ解析
ご提供サンプルと送付方法 試料(注2):弊社提供のチューブの半分程度 抽出DNA:濃度5 ng/ul以上、液量20 ul以上 1stPCR産物(精製前):液量 15 ul以上
粉砕チューブ必ず弊社提供の粉砕用1.5 mlチューブをご使用ください。試料の種類(土壌、糞便など)と数をお知らせください。送料は弊社負担でお送りします。
<量の目安>
湿土壌 200-500 mg程度
マウス糞便 米粒大2-3粒
濃度を5 ng/ulに調製していただく必要はありません。また、基準濃度未満でも、受け入れています。 アダプター配列付きのプライマーを弊社からご提供します(1,500円 ※送料込)。ご希望の遺伝子領域をお知らせください。
=
1stPCR産物(未精製)の濃度測定は不要です。できれば電気泳動を行い、目的の増幅産物が得られていることをご確認ください。
冷凍便で送付ください。 冷蔵便 or 冷凍便で送付ください(保存時と同じ温度帯がベストです)。
tubeplate
サンプル数が多いとき(目安:16サンプル以上)は8連チューブやプレートで送付ください。
ご提供情報 1.サンプル情報提供用紙
2.オーダーシート(試料用抽出DNA用1stPCR産物用
納品物 以下のデータをDVD等の記録媒体に保存して納品します。
・報告書
・シーケンス生データ(fastq形式)
・系統解析結果
・DDBJのデータベース登録に必要なデータ

納品データのサンプル
ヒトの腸内細菌叢(解析領域は16SrRNAのV3/V4領域)の解析結果です。多様性解析(オプション)のデータも含まれています。

データ量 サンプル数によって異なります。「3.料金早見表」をご覧ください。

注1)納期は初回のPCRで良好な増幅が確認された場合です。再調製が必要な場合は追加日数をいただきます。2プレート(192サンプル)までは本納期で対応します。
注2)弊社からご提供させていただく専用チューブに入れて発送いただきます。サンプルの形状等により弊社で追加の作業が必要と判断した場合は別途料金をいただきます。また、サンプルの内容(例えば感染性の有無)によりお断りする場合がございます。
DNA 抽出は、対象生物やサンプルの状況によって抽出方法を最適化する必要がございます。より良いデータを得るための非常に重要なステップであると位置づけております。この観点から弊社におけるDNA抽出ノウハウに乏しいサンプルについてはお断りさせていただく場合がございます。

2.アンプリコンシーケンス解析の流れ

DNA抽出 弊社は、糞便や土壌、水など様々なサンプルからの抽出実績があり、それぞれのサンプルに最適な抽出方法で行います。その後、DNA濃度を測定します。>>弊社のDNA抽出方法について、詳しくはこちら
ライブラリー作製 PCR反応と精製を2回行い(2-step tailed PCR)、ライブラリーを作製します。その後、ライブラリーの濃度と品質を確認します。
シーケンシング解析 MiSeqシステムとMiSeq Reagent Kit v3 (Illumina)を用いて、2×300 bpの条件でシーケンシングを行います(他のお客様と相乗り)。
標準データ解析(系統解析) 菌叢解析用パイプライン「Qiime」を用いて解析を行い、「菌相組成の棒グラフ」や「ヒートマップ」などの形でデータの可視化まで行います。一部の遺伝子領域(12S rRNAやCOIなど)は、「エクセルデータ」のみを提供いたします。
QIIME2とEzbio ①QIIME2(DADA2モデル)が標準になりました。
引き続きQIIME1ご希望の方は、ご依頼時にご指示ください。追加料金不要です。QIIME1とQIIME2の違いについてはこちら
②EzBioCloud 16S database 使用に変更可
バクテリアのみ。種レベルまで推定したい方にお勧めです。追加料金20,000円。
Qiime納品データ
★ブラウザ上でデモデータをご覧いただけます(菌相組成の棒グラフOTU heatmap・サンバーストチャート)

DADA2納品データ
★デモデータをご覧いただけます(MiFishMiMammalgInsectCOI

(オプション)
多様性解析
(注3)
レアファクション解析(chao1やshannonなど)と主座標分析 (PCoA)の結果を提供いたします。サンプルのグループ分けをご指示いただくことで、グループ単位での比較が可能です。
多様性解析
★ブラウザ上でデモデータをご覧いただけます(主座標分析レアファクションカーブ
(オプション)
機能予測解析
※16Sのみ対応
PICRUSt2を使って予測メタゲノム解析を行います。
機能予測解析データ
★機能予測解析+統計解析の納品データのサンプルをご用意しています。ダウンロードはこちら。
(オプション)
統計解析
※16Sのみ対応
※機能予測解析を行う必要があります
機能予測解析の結果から比較するグループ間で統計的に優位な差がみられるかを検定します。

★機能予測解析+統計解析の納品データのサンプルをご用意しています。ダウンロードはこちら。
(オプション)
群間比較解析
※16S/ITS/18Sのみ対応
LEfSEを使って比較する群間の違いと相関を示す微生物群の抽出やある現象の原因微生物の探索を行います。

★群間比較解析の納品データのサンプルをご用意しています。ダウンロードはこちら。
(オプション)
種レベルのアノテーション
※16Sのみ対応
speciateITを使って種レベルでの菌叢解析を行います。対象とする分類学上の属をご指定して頂きます(例えば、ラクトバチルス属)。

注3) 一部の遺伝子領域において、多様性解析が行えない場合がございます。

3.料金早見表(税別)

サンプル数 試料を送る
抽出DNAを送る
1stPCR産物(精製前)を送る
ライブラリー(精製後・混合不要)を送る*2
1 30,000円 20,000円 20,000円+1,500円*1 受け入れ可能ですが、価格は「1stPCR産物を送る」と同じです
8 137,000円 105,000円 80,000円+1,500円*1
16 274,000円 210,000円 160,000円+1,500円*1
24 411,000円 315,000円 240,000円+1,500円*1
32 548,000円 420,000円 320,000円+1,500円*1
40 635,000円 475,000円 400,000円+1,500円*1 350,000円+10,000円*1
48 692,000円 500,000円 440,000円+1,500円*1 350,000円+10,000円*1
56 755,000円 531,000円 461000円+1,500円*1 356,000円+10,000円*1
64 820,000円 564,000円 484,000円+1,500円*1 364,000円+10,000円*1
72 885,000円 597,000円 507,000円+1,500円*1 372,000円+10,000円*1
80 950,000円 630,000円 530,000円+1,500円*1 380,000円+10,000円*1
88 1,015,000円 663,000円 553,000円+1,500円*1 388,000円+10,000円*1
96 1,080,000円 696,000円 576,000円+1,500円*1 396,000円+10,000円*1
97~ @11,250円 @7,250円 @6,000円+1,500円*1 @4,125円+20,000円*1

*1 1stPCR用のプライマー送付料金は、1,500円/依頼です。2ndPCR用のプライマーも送付する場合は、10,000円/プレートとなります。

*2 送付するライブラリーの濃度と液量は、10ng/μl以上、20μl 以上でお願いします。

データ量について

4.オプション料金表

項目 価格(税別)
液体サンプルのフィルターろ過 4,000円/サンプル
PCR阻害物質の除去 10,000円/8サンプル
1stPCR 4反復 16,000円/8サンプル
ライブラリーのビーズ精製(注4) 5,000円/8サンプル
ブロッキング こちらをご覧ください
残サンプルの返却 ※送料込 1,500円/回
QIIME1に変更 0円
EzBioCloud 16S database使用(詳しくはこちら 20,000円/解析
多様性解析 10,000円/解析(注5)
機能予測解析(16Sのみ可能) 50,000円/解析 (注5)
統計解析(16Sのみ可能/機能予測解析のオプション) 30,000円/解析
群間比較解析(16S/ITS/18Sのみ可能) 50,000円/解析
※グループ分けのパターンが複数ある場合は、追加1パターンごと20,000円
LEfSEのお客様導入サポート 100,000円
機能予測解析と群間比較解析のセット割引 3割引
種レベルのアノテーション(16Sのみ可能) 20,000円/属
※納期は5営業日追加となります

(注4) 送付いただいたライブラリーが精製不足の場合、弊社で再精製を行います。
(注5) アンプリコンシーケンス解析と同時にご注文いただいた際の価格です。データ解析のみでご依頼の場合は、別途QIIME解析の費用がサンプル数に応じて必要となります。

5.対象遺伝子領域

ターゲット生物種 対象領域 納品データ
細菌と古細菌 16S rRNA V4領域:515F-806R 可視化データを納品
細菌 16S rRNA V3/V4領域:341f-805r
16S rRNA V1/V2領域:27Fmod-338R
真菌類 ITS1領域:ITS1F_KYO1 – ITS2_KYO2
(植物由来DNAは増幅しにくい)
ITS2領域:gITS7 – ITS4
(真菌類を広くカバーしているが、植物由来DNAが増幅する)
ITS2領域:fITS7 – ITS4
(gITSほど真菌類を広くカバーしていないが、植物由来DNAは増幅しにくい)
真核生物 18S rRNA:1422f-1642r
動物 COI:IntF-HCOmR エクセルデータを納品
魚類(※1) 12S rRNA (cMiFish) バージョンアップ
哺乳類(※2) 12S rRNA (MiMammal)
節足動物(※3) 16S rRNA (gInsect)
鳥類(※3)(※4) 16S rRNA (gBird)
二枚貝(※3) 18S rRNA (gClam)
巻貝(※3) 18S rRNA (gSnail)
有尾目(イモリ類とサンショウウオ類)(※3) 12S rRNA (gSalamander)
無尾目(※3) 16S rRNA (gFrog)
環形動物(※3) 16S rRNA (gWorm)
線虫(※3)(※5) 18S rRNA (Ecdysozoa)
陸上植物(※3) rbcL(gPlant)
光合成生物(主に単細胞生物)(※3) psbA:psbA_597f-psbA_927r
褐藻(※3) rbcL(gKasso)
紅藻(※3) rbcL(gKoso)
カスタム 任意の領域 (おおよそ500bp以下)
※個別対応させていただきます。
※領域による

※1 2020年5月よりプライマーセットの名称・混合内容が変わります。
旧)淡水用MiFish→MiFish-U-F/RとMiFish-E-F/R (Miya et al., 2015)を1:1で混合
海水用MiFish→MiFish-U-F/RとMiFish-E-F/R-v2、MiFish-U2-F/R (unpublished primer)を2:1:1で混合
新)cMiFish→MiFish-U-F/RとMiFish-E-F/R-v2、MiFish-U2-F/R 、MiFish-Ayu&Wakasagi(unpublished primer)を4:2:2:1で混合
※2 弊社でのテスト解析の結果、脊椎動物全般が検出されています。
※3 自社で開発したプライマーでの解析です。
※4 鳥類は環境DNAへの移行が少なく、環境サンプルでは検出が困難な傾向にあります。
※5 植物由来DNAも増幅されます。

6.よくある質問

Q1.納品物の内容は?
A1. DVDなどの記録媒体にて以下を納品します。
<データ内容>
・報告書
・シーケンスデータ(fastq形式)
・データ解析結果
エクセルファイルと可視化データ、またはエクセルファイルのみ(遺伝子領域による)
・DDBJのデータベース登録に必要なデータ

Q2.データ量はどれくらい?
A2. 1サンプルあたり3-5万リード程度 または トータル300-400万リード程度です。詳しくは、「3.料金早見表」をご覧ください。

Q3.解析を依頼したいとき、まず何をすればよい?

A3. 弊社HPのお見積りフォームまたは右記メールアドレスへお見積りをご依頼ください。すぐにチューブやプライマーが必要な方は、その旨もお知らせください。

Q4.残サンプルの返却は可能?
A4. 1,500円(送料込・税別)で対応しています。弊社では、解析完了後3カ月経過すると、サンプルを処分しますので、返却希望の場合はお早目にご連絡ください

7.関連ページ

8.ちらし

amplicon アンプリコンシーケンス解析のパンフレットPDF

9.お問合せ・お見積り依頼

お問合せ・お見積り依頼

お見積り依頼フォームをご用意しています。また、お問合せフォーム、メール(dna@gikenbio.com)、または お電話(042-780-8333)でお気軽にご相談ください。

サンプル送付先

2019年6月10に移転しました。送付先が変更になっていますので、ご注意ください。
株式会社生物技研
〒252-0154 神奈川県相模原市緑区長竹657 / TEL 042-780-8333
※平日着でお送りください。発送は元払いでお願いしています。

<添付書類>
サンプル情報提供用紙→サンプル送付時に同封ください。
・オーダーシート(試料用抽出DNA用1stPCR産物用ライブラリ用)→dna@gikenbio.comへ送信ください