アンプリコンシーケンス解析

アンプリコンシーケンス解析

<サービスアップ情報>
2019年5月
「抽出DNAを送る」「1stPCR産物を送る」の場合の納期を大幅短縮しました!
QIIMEのバージョンはQIIME2(DADA2モデル)を標準とすることにいたしました(QIIME1とQIIME2の違いについてはこちら)。

2018年11月
EzBioCloud 16S databaseに変更するオプションサービスを追加しました
細菌叢の系統推定結果を属レベルから種レベルにするオプションサービスです)。

1.特徴

  • 1サンプルでもご注文可能です。
  • 微生物だけでなく、あらゆる生物相に対応。プライマー配列のご指定も可能です。
  • サンプル到着から納品まで最短12営業日と短納期です。
  • データ解析までサービスに含まれています。
  • すべての工程を国内(自社内)で行います。

2.解析の流れ・サービス内容

試料を送る 抽出したDNAを送る 1stPCR産物を送る
サンプリング (お客様)
弊社提供の専用1.5mlチューブに試料を入れ、冷凍便で送付してください(注1)
DNA抽出
糞便や土壌、水など様々なサンプルからの抽出実績があり、それぞれのサンプルに最適な抽出方法で行います。
(お客様)
抽出したDNAを冷蔵便で送付してください。濃度5ng/μl以上、液量20μl 以上でお願いします。
ライブラリー作製
PCR反応と精製を2回行い、ライブラリーを作製します。
ご希望の遺伝子領域を増幅するためのライブラリー作製用プライマーは1,500円(送料込)でご提供致します。
(お客様)
弊社提供のプライマーを用いて増幅した1stPCR産物(精製不要)を、冷蔵便で送付してください。液量15μl 以上でお願いします。⇒サンプル調製方法の詳細はこちら

(1stPCR産物の精製から)
ライブラリーの定量
蛍光法による2本鎖DNAの定量とフラグメントアナライザーによるピークの確認を行います。
シーケンス解析
MiSeqで300bpペアエンド解析を行います(他のお客様との相乗り)。8サンプルあたり40万リード程度を取得します。
データ解析
菌叢解析用パイプライン「Qiime」を用いて解析を行い、「菌群組成グラフ」や 「ヒートマップ」の形でデータの可視化まで行います。一部の遺伝子領域(12SrRNAやCOIなど)は、「エクセルデータ」のみを提供いたします。
①QIIME2(DADA2モデル)が標準になりました。
引き続きQIIME1ご希望の方は、ご依頼時にご指示ください。追加料金不要です。QIIME1とQIIME2の違いについてはこちら
②EzBioCloud 16S database 使用に変更可
バクテリアのみ。種レベルまで推定したい方にお勧めです。追加料金20,000円。
多様性解析(注2)
レアファクション解析(chao1やshannonなど)と主座標分析 (PCoA)の結果を提供いたします。
オプション オプション オプション
機能予測解析
検出しているバクテリアがコードしている遺伝子をKEGG情報に基づき、機能的分類・カウントし、さらにそれを検体ごとに比較します。
オプション オプション オプション
(注1) 弊社からご提供させていただく専用チューブに入れて発送いただきます。サンプルの形状等により弊社で追加の作業が必要と判断した場合は別途料金をいただきます。また、サンプルの内容(例えば感染性の有無)によりお断りする場合がございます。
DNA 抽出は、対象生物やサンプルの状況によって抽出方法を最適化する必要がございます。より良いデータを得るための非常に重要なステップであると位置づけております。この観点から弊社におけるDNA抽出ノウハウに乏しいサンプルについてはお断りさせていただく場合がございます。
(注2) 一部の遺伝子領域において、多様性解析が行えない場合がございます。

 

3.価格と納期

納期は初回のPCRで良好な増幅が確認された場合です。再調製が必要な場合は追加日数をいただきます。また、価格は税別です。

サンプル数 試料を送る
納期:20営業日
抽出したDNAを送る
納期:15営業日
1stPCR産物を送る
納期:12営業日
1 30,000円 20,000円
8 137,000円 105,000円 80,000円+1,500円*
16 274,000円 210,000円 160,000円+1,500円*
24 411,000円 315,000円 240,000円+1,500円*
32 548,000円 420,000円 320,000円+1,500円*
40 ↓下記参照 ↓下記参照 400,000円+1,500円*

メタゲノム解析多サンプル価格表
* ライブラリー作製用プライマー代(送料込)です。

 

オプション料金表

項目 価格(税別)
液体サンプルのフィルターろ過(1サンプル) 4,000円
PCR阻害物質の除去 10,000円/8サンプル
1stPCR 4反復 16,000円/8サンプル
ライブラリーのビーズ精製(注3) 5,000円/8サンプル
ブロッキング こちらをご覧ください
残サンプルの返却 ※送料込 1,500円
QIIME1に変更 0円
EzBioCloud 16S database使用(詳しくはこちら 20,000円
多様性解析 10,000円 ※納品後は30,000円(注4)
機能予測解析(バクテリアのみ可能) 50,000円
(注3) 送付いただいたライブラリーが精製不足の場合、弊社で再精製を行います。
(注4) 納品から1ヵ月を過ぎてから追加解析を行う場合です。また、1ヵ月以内でも納品させていただいたデータの中からご指定のサンプルをピックアップして多様性解析を行う場合もこちらの価格となります。複数のご注文にわたってサンプルをご指定いただくことが可能です。

 

4.納品物

以下のデータをDVD等の記録媒体に保存して納品します。
・報告書
・シーケンスデータ
・系統解析結果
・DDBJのデータベース登録に必要なデータ

納品データのサンプル
ヒトの腸内細菌叢の解析結果です。多様性解析(オプション)のデータも含まれています。
(解析領域は16SrRNAのV3/V4領域)

 

5.解析の具体例

●16S rRNA, ITS領域 および 18S rRNAの場合

標準解析

菌叢解析用パイプライン「Qiime」を用いて解析を行い、「菌群組成グラフ」や 「ヒートマップ」の形でデータの可視化まで行います。Qiimeのバージョンは、2019年5月20日受注分よりQiime2.0を標準といたします。Qiime1での解析をご希望の方はご依頼時にお知らせください(価格は同じです)。

OTUheatmap

OTU Heatmap(データを見る

菌叢組成の棒グラフ

菌叢組成の棒グラフ(データを見る

多様性解析(オプション)

レアファクション解析(chao1やshannonなど)と主座標分析 (PCoA)を行います。サンプルのグループ分けをご指示いただくことで、グループ単位での比較が可能です。

レアファクション解析

レアファクション解析(データを見る

主座標分析(データを見る)

主座標分析(データを見る

 

機能予測解析(オプション, バクテリアのみ)

検出しているバクテリアがコードしている遺伝子をKEGG情報に基づき、機能的分類・カウントし、さらにそれを検体ごとに比較します。
>>機能予測解析の納品データのサンプルをご用意しています。ダウンロードはこちら。

機能予測解析

エクセルデータ

機能予測解析主座標分析

主座標分析(データを見る

●12S rRNAやCOIの場合

エクセルデータを納品いたします。

相模川魚類相解析データサンプル

12S rRNA(MiFish)の例(データを見る

哺乳類解析結果

12S rRNA(MiMammal)の例(データを見る

節足動物相解析データ

16S rRNA(gInsect)の例(データを見る

COI

COIの例(データを見る

 

6.対象遺伝子領域

ターゲット生物種 対象領域 納品データ
細菌と古細菌 16S rRNA V4領域:515F-806R 可視化データを納品
細菌 16S rRNA V3/V4領域:V3V4f-V3V4r
16S rRNA V1/V2領域:27Fmod-338R
真菌類 ITS1領域:ITS1F_KYO1 – ITS2_KYO2
(植物由来DNAは増幅しにくい)
ITS2領域:gITS7 – ITS4
(真菌類を広くカバーしているが、植物由来DNAが増幅する)
ITS2領域:fITS7 – ITS4
(gITSほど真菌類を広くカバーしていないが、植物由来DNAは増幅しにくい)
真核生物 18S rRNA
動物 Cytochrome oxidase subunit I (COI) エクセルデータを納品
魚類 12S rRNA (MiFish)
哺乳類(※1) 12S rRNA (MiMammal)
節足動物(※2) 16S rRNA (gInsect)
鳥類(※2) 16S rRNA (gBird)
有尾類(イモリ類とサンショウウオ類)(※2) 16S rRNA (gSalamander)
線虫(※2) 18S rRNA (Ecdysozoa)
陸上植物(※2) rbcL
光合成生物(主に単細胞生物)(※2) psbA
カスタム 任意の領域 (おおよそ500bp以下)
※個別対応させていただきます。
※領域による

※1 弊社でのテスト解析の結果、脊椎動物全般が検出されています。
※2 自社で開発したプライマーでの解析です。

 

7.関連ページ

8.よくある質問

Q1.得られるリード数は?
A1. 標準パッケージでは、ライブラリーの品質が良い場合(両端にアダプターがきちんと付加されている)、経験的に8サンプルで40万リード前後が得られます。
また、カスタムサービスの場合、共有20%で通常300-400万リードが得られます。

Q2.残サンプルの返却は可能?
A2. 1,500円(送料込・税別)で対応しています。弊社では、解析完了後3カ月経過すると、サンプルを処分しますので、返却希望の場合はお早目にご連絡ください。

 

9.ちらしPDF

メタゲノム解析ちらし アンプリコンシーケンス解析のパンフレットPDF

 

 

10.お問合せ・サンプル送付先

●お問合せ・お見積り依頼

お見積り依頼フォームをご用意しています。また、お問合せフォーム、メール(dna@gikenbio.com)、または お電話(042-780-8333)でお気軽にご相談ください。

●サンプル送付先

6月10に移転しました。送付先が変更になっていますので、ご注意ください。
株式会社生物技研
〒252-0154 神奈川県相模原市緑区長竹657 / TEL 042-780-8333
※平日着でお送りください。発送は元払いでお願いしています。

<添付書類>
サンプル情報提供用紙→サンプル送付時に同封ください。
オーダーシート→dna@gikenbio.comへ送信ください
データ解析依頼書→  〃

 

 

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