ゲノム解析・ショットガンメタゲノム解析(ショートリード)

ゲノム解析安い

ゲノム解析・ショットガンメタゲノム解析

<2020年9月のサービスアップ>
・納期を4~6週間から20営業日に大幅短縮しました!
・これまでは追加料金が必要だった200bpペアエンド解析が標準になりました!(150bpペアエンド解析は終了します)

1.サービス概要

データ量と
価格(税別)
1Gb 40,000円/サンプル
5Gb 50,000円/サンプル
10Gb 80,000円/サンプル
20Gb 120,000円/サンプル
50Gb 180,000円/サンプル
※24サンプル以上で数量割引があります
納期 20営業日
作業内容 ・送付サンプルのDNA濃度測定(蛍光法による2本鎖DNAの定量)
・シーケンスライブラリー作製*1
・シーケンシング解析(DNBSEQ-G400 200bpペアエンド解析)
納品物 以下のデータをDVDやUSB等の記録媒体に保存して納品します。
・報告書
・シーケンス生データ(fastq形式)
・DDBJのデータベース登録に必要なデータ
※データ量が多い場合はHDD納品となり、HDD代として別途10,000円(税別)がかかります。お手持ちのHDDを送付いただき、そちらに保存して納品することも可能です。
<HDD納品となる目安>生データ納品の場合は200Gb、データ解析ありの場合は100Gb
ご提供
サンプル
抽出ゲノムDNA(>10 ng/ul、>20 ul)
※濃度は、蛍光法を用いた2本鎖DNAの定量結果を基準としています。
● 260 nmの吸光度ベースで定量されている場合
上記より高めの濃度(可能であれば、 >100 ng/ul)で送っていただく必要があります。DNAの質は一般的な260/280が1.8以上が望ましいです。
ご提供情報 1.サンプル情報提供用紙→サンプル送付時に同封ください
2.オーダーシート→dna@gikenbio.comへ送信ください

*1 標準ではPCR増幅して、ライブラリーを作製します。PCRフリーでの対応も可能ですが、抽出ゲノムDNAが多く必要になります。PCRフリーをご希望の場合は、お見積り依頼時にその旨をお知らせください。また、抽出ゲノムDNAは、>50 ng/ul、>40 ulをご提供ください。

2.オプション

項目 備考 価格(税別) 追加
納期
DNA抽出 試料を送付いただき、弊社でDNA抽出を行います。 10,000円/サンプル 1週間
データ解析(ゲノム解析用) 原核生物向け アセンブル(オートアノテーション含む) オートアノテーションは、prokka(ソフトウェア)を使用して得られた予測遺伝子配列とタンパク質配列、遺伝子の位置情報(gff形式データ)をご提供します。 1~ 3サンプル 30,000円/サンプル
4~ 7サンプル 25,000円/サンプル
8~23サンプル 20,000円/サンプル
24サンプル~ 10,000円/サンプル
1週間
マニュアルアノテーション オートアノテーションから得られた予測遺伝子をKEGGやGOデータベースに登録されている配列と比較することで、得られた予測遺伝子にKEGG_IDやGO_IDを対応させます。 100,000円/サンプル 1週間
ANI (Average nucleotide identity) アセンブル後の配列を使って、全ゲノム比較を行います。アライメントがとれた領域について類似度を計算します。比較する菌株が同種であるか確認するのに有効な解析です。 10,000円/解析
※別途アセンブル費用が必要
なし
MLST (Multilocus sequencing typing) 複数の特定遺伝子配列をMLSTデータベースと比較して遺伝子型の判定をします。よく研究されている細菌の遺伝子型を迅速に判別したいときに有効な解析です。 10サンプルまで一律40,000円
※11サンプル以上の場合、1サンプルあたり+2,000円
1週間
wgMLST (Whole genome multilocus sequence typing) アセンブル後の配列を使って、全ての機能遺伝子についてアライメントを行い、株間での比較を行います。どのような特徴を持っているか調べたいときに有効な解析です。 10サンプルまで一律40,000円
※11サンプル以上の場合、1サンプルあたり+2,000円
※別途アセンブル費用が必要
1週間
アノテーション解析(二次代謝) Antismashを使ってゲノム配列から二次代謝系遺伝子のアノテーションを行います。 20,000円/サンプル
※別途アセンブル費用が必要
なし
アノテーション解析(抗生物質耐性) Abrciateを使ってゲノム配列から抗生物質耐性遺伝子のアノテーションを行います。 20,000円/サンプル
※別途アセンブル費用が必要
なし
真核生物向け アセンブル(核ゲノム) 価格と納期はゲノムサイズによって変わります。 ゲノムサイズ100Mb未満 50,000円/サンプル 1週間
ゲノムサイズ1Gb未満 100,000円/サンプル 2週間
ゲノムサイズ1Gb以上 要相談 要相談
アセンブル(ミトコンドリアゲノム) 30,000円/サンプル 1週間
Exonerateを用いたEvidence-baseの遺伝子予測 遺伝子モデルに使用する遺伝子配列を送付いただく必要があります。 50,000円/サンプル 1週間
RNA-seqを用いた遺伝子予測 サンプル送付時にトータルRNAも送付いただく必要があります。 100,000円/サンプル 1週間
マッピングとORFの変異点解析 参照配列に遺伝子アノテーションがある必要があります。 5サンプルまで一律100,000円
※6サンプル以上の場合、1サンプルあたり+10,000円
2週間
ナノポア社のGridION X5 を使用したシーケンス解析 GridIONとハイブリッドアセンブルのちらしちらしを別途ご用意しています。
ヒラメを解析した参考事例も掲載していますので、ぜひご覧ください。
100,000円~/サンプル 1週間~
ハイブリッドアセンブル
データ解析(ショットガンメタゲノム解析用) アセンブル・マッピング SPAdesによるアセンブルを行い、Contigを提供します。同時に、各配列にマップされたリード数を提供します(下記参照)。 8サンプルまで一律100,000円
※9サンプル以上の場合、1サンプルあたり+12,500円
2週間
アセンブル・マッピング・遺伝子予測・機能解析 アセンブルによって得られたドラフト配列に対して、prokka(ソフトウェア)によるオートアノテーションを行います。KEGG解析を用いて、予測されたタンパク質の機能的分類を行います(下記参照)。 8サンプルまで一律200,000円
※9サンプル以上の場合、1サンプルあたり+25,000円
4週間
ショットガンメタゲノム解析のデータ解析(オプション)の説明

生リードから低品質塩基の除去を行った後、アセンブルを行い、コンティグ(配列断片)を取得します。得られた配列断片に対し、高品質のリードをマッピングし、各配列断片とマップされたリード数の対応表を作成します。また、rRNAが予測された配列断片には種名を割り当てます(系統推定)。最終的にこれらの結果を統合することで各サンプルの生物相の棒グラフを作成します。

さらに遺伝子予測・機能解析では、配列断片から細菌の遺伝子を予測します。その後、予測された遺伝子配列はKEGGデータベースの配列と比較し、機能的な注釈を付加します。

ショットガンメタゲノム解析データ解析

3.よくある質問

Q1.特徴は?

なんといってもコストパフォーマンスがよいことです。低価格で高品質のショートリードが取得できます。

Q2.イルミナ社のNGS用のライブラリーと互換性はある?

DNBSEQでシーケンシング解析するには、DNBSEQ用の専用キットでライブラリー調製することが必要になります。そのため、illumina社のキットで作製されたライブラリーをシーケンシング解析することはできません。

Q3.出力データはどんな形式?

出力はfastqファイルで、Q値は最新のイルミナ社製シーケンサーと同様にsanger形式です。

Q4.生データのクオリティは?

DNBSEQ-G400(MGI社)とHiSeq(イルミナ社)を用いてシーケンシング解析を行い、取得したリードのQ20およびQ30を比較したところ、2機種のそれらは同等でした。

Q5.解析事例はありますか?

以下の通り、弊社で解析しました。
DNBSEQ-G400(MGI社)とHiSeq(イルミナ社)を用いてシーケンシング解析を行い、取得したリードでそれぞれアセンブルしました。2機種の結果を比較するとほぼ同等(少しDNBSEQ-G400のほうがまとまっている)でした。
※対象生物はヒラメです。また、アセンブラーはMaSuRCAを使用しました。

DNBSEQ解析事例

4.ちらしPDF

※サービスアップ後のちらしはもうしばらくお待ちください。

ゲノム解析・ショットガンメタゲノム解析のちらし DNBSEQを用いたゲノム解析・ショットガンメタゲノム解析のパンフレットPDF

4.お問合せ・サンプル送付先

●お見積り依頼

お見積りフォームがございます。
・ゲノム解析お見積りフォーム(ショートリード専用)
・ゲノム解析お見積りフォーム(ロングリード・ハイブリッドアセンブル専用)

●お問合せ

お問合せフォーム、メール(dna@gikenbio.com)、または お電話(042-780-8333)でお気軽にご相談ください。

●サンプル送付先

移転のため、送付先が変更になりました。ご注意ください。
株式会社生物技研
〒252-0154 神奈川県相模原市緑区長竹657 / TEL 042-780-8333
※平日着でお送りください。発送は元払いでお願いしています。

<添付書類>
サンプル情報提供用紙→サンプル送付時に同封ください。
オーダーシート→dna@gikenbio.comへ送信ください