ゲノム解析・ショットガンメタゲノム解析(ロングリード・PacBio社)

pacbioチラシ2021年9月より、PacBio Sequel lleの受託解析サービスを開始しました。

PacBio Sequel lle で取得する「HiFiリード」は、長くて(10-15 kb)、美しい(精度が99%以上)です。そのため、ショートリードを用いた従来法に比べ、コンティグの数は圧倒的に少なく、ギャップが生まれにくく、完全長ゲノムDNAを目指す場合に非常に有効な手段です。

微量DNA対応始めます

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1.ゲノム解析・ショットガンメタゲノム解析(ロングリード・PacBio Sequel lle)サービス概要

pacbio安い*1 取得データ量は、ゲノムサイズの20倍が目安です。ゲノムサイズに応じて複数セルでのシーケンシング解析が必要になります。1セルあたりのデータ量は15 Gb程度です(サンプルに依存するため、データ保証はできません)。

 

作業内容 ・送付サンプルのDNA濃度測定(蛍光法による2本鎖DNAの定量・吸光度によるDNAの定量・電気泳動)
・シーケンスライブラリー作製
・シーケンシング解析(PacBio Sequel lleを用いてHiFiリードを取得)
・アセンブル(オートアノテーション含む)※原核生物の場合のみ
納品物 納品形態は上の表をご覧ください(ダウンロードまたは記録媒体での納品となります)。
・報告書
・シーケンス生データ(fastq形式)
・DDBJのデータベース登録に必要なデータ
・アセンブルおよびオートアノテーションデータ ※原核生物の場合のみ
ご提供
サンプル
ご提供いただくDNAの量と品質がとても大事です。

1.DNA量
濃度50 ng/ul以上、総量 4 ug以上
※複数セル占有でご依頼の場合は、濃度50 ng/ul以上で、1セルごとに4 ug以上のDNAが必要です。

DNA濃度・総量が基準未満の場合は、「微量DNA対応」のオプションがございます。

2.DNAの品質
受入れ後の電気泳動装置(Fragment Analyzer)を用いた品質確認でGQNが5以上であること。
<お客様で事前に確認する場合>260/230は2.0以上、260/280 は 1.8以上、電気泳動で20kb以上にバンドが見えていることが望ましいです。

3.バッファー
ヌクレアーゼ活性を抑えてDNA分解を抑えられるTE bufferがお勧めです。

4.送付方法
保管時と同じ温度帯(冷蔵or冷凍)でお送りください。
また、輸送中の大きな揺れによる物理的なせん断を避けるために、梱包の際はサンプルチューブを緩衝材で包んでご送付ください。DNA抽出からご依頼いただくことも可能です。以下「3.オプション」をご覧ください。

ご依頼の流れ まずはお見積りをご依頼ください。お見積り依頼フォームをご用意しています。

 

2.オプション

2-1.DNA抽出&微量DNA対応

項目 備考 価格(税別) 追加納期
DNA抽出(ロングリード用) Genomic-tip(QIAGEN)等の長鎖DNA用抽出キットを用いて、DNA抽出を行います。
ご提供いただくサンプル量の目安は、細胞数  5×10^9以上、湿重量 100 mg以上です。
凍結融解を避けるため冷蔵便でお送りください。
30,000円/サンプル 5営業日
微量DNA対応 微量DNA(濃度5 ng/ul以上、総量200 ng以上)に対して、PCRでDNAを増幅し、ライブラリー調製を行います。 取得データ量:200 Mb
40,000円/サンプル
取得データ量:1 Gb以上
50,000円/サンプル
5営業日

2-2.オプション(データ解析_ゲノム解析用)

項目 備考 価格(税別) 追加
納期
原核生物向け マニュアルアノテーション オートアノテーションから得られた予測遺伝子をKEGGやGOデータベースに登録されている配列と比較することで、得られた予測遺伝子にKEGG_IDやGO_IDを対応させます。 100,000円/サンプル 5営業日
アノテーション解析(二次代謝) antiSMASHを使ってゲノム配列から二次代謝系遺伝子のアノテーションを行います。 20,000円/サンプル なし
アノテーション解析(抗生物質耐性) ABRicateを使ってゲノム配列から抗生物質耐性遺伝子のアノテーションを行います。 20,000円/サンプル なし
ANI (Average nucleotide identity)*2 アセンブル後の配列同士をアライメントし、類似度を計算します。比較する菌株が同種であるか確認するのに有効な解析です。 10,000円/解析 なし
MLST (Multilocus sequencing typing)*2 複数の特定遺伝子配列をMLSTデータベースと比較して遺伝子型の判定をします。よく研究されている細菌の遺伝子型を迅速に判別したいときに有効な解析です。 10サンプルまで一律40,000円
※11サンプル以上の場合、1サンプルあたり+2,000円
5営業日
wgMLST (Whole genome multilocus sequence typing)*2 アセンブル後の配列を使って、ゲノムワイドに遺伝子型の判定をします。MLSTより精度が高い解析です。 10サンプルまで一律40,000円
※11サンプル以上の場合、1サンプルあたり+2,000円
5営業日
真核生物向け アセンブル IPAによるアセンブルを行います。その後、BUSCOを使ってeukaryotaをモデルにアセンブルされたゲノムデータの完全性を確認します。 30,000円/サンプル 5営業日
AUGUSTUSを用いた遺伝子予測 アセンブル配列から遺伝子領域を予測します。 20,000円/サンプル 5営業日
RNA-seqを用いた遺伝子予測 サンプル送付時にトータルRNAも送付いただく必要があります。 40,000円/サンプル 5営業日
マッピングとORFの変異点解析 参照配列に遺伝子アノテーションがある必要があります。 5サンプルまで一律100,000円
※6サンプル以上の場合、1サンプルあたり+10,000円
10営業日

*2 データベースに登録されているゲノム配列を含めて解析することが可能です。ご希望の場合は、配列のURLをお送りください。ANIは最大10配列までご指定可能です。MLSTとwgMLSTはご指定配列数がサンプル数としてカウントされます。

2-2.オプション(データ解析_ショットガンメタゲノム解析用)

項目 備考 価格(税別) 追加
納期
特定生物由来のリードの除去 取得したリードから特定の生物のリードを除去します。
例1)ヒト糞便サンプルから腸内細菌を解析する場合に、大量に含まれているヒト由来のリードを除去する
例2)植物サンプルから共生細菌を解析する場合に、大量に含まれている植物由来のリードを除去する
8サンプルまで一律50,000円
※9サンプル以上の場合、1サンプルあたり+6,250円
2営業日
※9-20サンプルは3営業日
21-40サンプルは5営業日
41サンプル以上は要相談
アセンブル・マッピング Flyeによるアセンブルを行い、MAG (Metagenome-assembled genome)を提供します。同時に、各配列にマップされたリード数を提供します。 8サンプルまで一律100,000円
※9サンプル以上の場合、1サンプルあたり+12,500円
10営業日
※9-20サンプルは15営業日
21-40サンプルは20営業日
41サンプル以上は要相談
アセンブル・マッピング・遺伝子予測・機能解析 アセンブルによって得られたドラフト配列に対して、prokka(ソフトウェア)によるオートアノテーションを行います。KEGG解析を用いて、予測されたタンパク質の機能的分類を行います(下記参照)。 8サンプルまで一律200,000円
※9サンプル以上の場合、1サンプルあたり+25,000円
20営業日
※9-20サンプルは30営業日
21-40サンプルは40営業日
41サンプル以上は要相談

 

3.よくある質問

Q1.同じくロングリードを取得できるナノポア社のシーケンサーでの解析と何が違うの?

①リードの精度が圧倒的に違います。
PacBio Sequelを用いたシーケンシング解析で取得できる「HiFiリード」はイルミナ社のショートリード以上の精度なので、ロングリードのみでアセンブルができます。

②PCRによるバイアスがない ※微量DNA対応の場合はPCRを行います
その理由は以下をご覧ください。

pacbioライブラリー調製

4.ちらしPDF

pacbioチラシ PacBio Sequel lleを用いたゲノム解析・ショットガンメタゲノム解析のパンフレットPDF

5.お問合せ・サンプル送付先

●お見積り依頼

お見積りフォームがございます。
・ゲノム解析お見積りフォーム(ロングリード専用)

●お問合せ

お問合せフォーム、メール(dna@gikenbio.com)、または お電話(042-780-8333)でお気軽にご相談ください。

●サンプル送付先

株式会社生物技研
〒252-0154 神奈川県相模原市緑区長竹657 / TEL 042-780-8333
※平日着でお送りください。発送は元払いでお願いしています。

<添付書類>
依頼書→dna@gikenbio.comへ送信ください

遺伝子解析サービスについて

DDBJへの登録について

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