メタトランスクリプトーム解析

メタトランスクリプトーム解析

1. メタトランスクリプトーム解析サービス概要

価格 65,000円/サンプル(税別)
データ量 3,000万リード/6Gb
納期 25営業日
作業内容 ・送付サンプル(トータルRNA)の品質確認
・原核生物のrRNA除去
・シーケンスライブラリー作製
・シーケンシング解析(DNBSEQ-G400 200bpペアエンド解析)
納品物 以下のデータをDVDやUSB等の記録媒体に保存して納品します。
・報告書
・シーケンス生データ(fastq形式)
・DDBJのデータベース登録に必要なデータ
※データ量が多い場合はHDD納品となり、HDD代として別途10,000円(税別)がかかります。お手持ちのHDDを送付いただき、そちらに保存して納品することも可能です。
<HDD納品となる目安>生データ納品の場合は200Gb、データ解析ありの場合は100Gb
ご提供サンプル トータルRNA1μg以上 ( >50 ng/ul、 >20 ul)
※滅菌水に溶解した状態で冷凍便を使用して送付ください。
※1 μg以上のトータルRNAがご用意できない場合は、ご相談ください。
ご提供情報 ・サンプル情報提供用紙
・オーダーシート
お見積時にこれらのファイルをメール添付でお送りしますので、
ご記入の上、サンプル送付時に送信ください。
データ解析(オプション) アセンブル・マッピング 100,000円(税別)
※8サンプルまでの固定価格/9サンプル以降は追加料金12,500円/1サンプル
納期:+2週間
アセンブル・マッピング・遺伝子予測・機能解析 200,000円(税別)
※8サンプルまでの固定価格/9サンプル以降は追加料金25,000円/1サンプル
納期:+4週間
データ解析(オプション)の説明

生リードから低品質塩基の除去を行った後、アセンブルを行い、コンティグ(配列断片)を取得します。得られた配列断片に対し、高品質のリードをマッピングし、各配列断片とマップされたリード数の対応表を作成します。

さらに遺伝子予測・機能解析では、配列断片から細菌の遺伝子を予測します。その後、予測された遺伝子配列はKEGGデータベースの配列と比較し、機能的な注釈を付加します。

メタトランスクリプトーム解析

〔アセンブル・マッピング・遺伝子予測・機能解析〕納品データのサンプル

2.DNBSEQについてよくある質問

Q1.特徴は?

なんといってもコストパフォーマンスがよいことです。低価格で高品質のショートリードが取得できます。

Q2.出力データはどんな形式?

出力はfastqファイルで、Q値は最新のイルミナ社製シーケンサーと同様にsanger形式です。

Q3.生データのクオリティは?

DNBSEQ-G400(MGI社)とHiSeq(イルミナ社)を用いてシーケンシング解析を行い、取得したリードのQ20およびQ30を比較したところ、2機種のそれらは同等でした。

 

3.ちらしPDF

※サービスアップ後のちらしはもうしばらくお待ちください。

ゲノム解析・ショットガンメタゲノム解析のちらし DNBSEQを用いたメタトランスクリプトーム解析のパンフレットPDF

4. お問合せ・サンプル送付先

お問合せ・お見積り依頼

お問合せフォーム、メール(dna@gikenbio.com)、または お電話(042-780-8333)でお気軽にご相談ください。

サンプル送付先

移転のため、送付先が変更になりました。ご注意ください。
株式会社生物技研
〒252-0154 神奈川県相模原市緑区長竹657 / TEL 042-780-8333
※平日着でお送りください。発送は元払いでお願いしています。
<添付書類>
サンプル情報提供用紙→サンプル送付時に同封ください。
オーダーシート→dna@gikenbio.comへ送信ください