1. メタトランスクリプトーム解析サービス概要
| 価格（税別） | 50,000円/サンプル ★2024.09 値下げ★
※8サンプル以上で5%引き、24サンプル以上で10％引き |
|---|---|
| データ量 | 4,000万リード/6 Gb ★2024.09 データ量UP★ |
| 納期 | 20営業日 ★2024.09 納期短縮★ |
| 作業内容 | ・送付サンプル（トータルRNA）の品質確認 ・原核生物のrRNA除去 ・ランダムプライマーでcDNA合成後、シーケンスライブラリー作製 ・シーケンシング解析（DNBSEQ 150bpペアエンド解析） |
| 納品物 | 以下のデータをDVDやUSB等の記録媒体に保存して納品します。 ・報告書 ・シーケンス生データ（fastq形式） ・DDBJのデータベース登録に必要なデータ ※データ量が多い場合はHDD納品となり、HDD代として別途10,000円（税別）がかかります。お手持ちのHDDを送付いただき、そちらに保存して納品することも可能です。 |
| ご提供サンプル | トータルRNA1μg以上 ( >50 ng/ul、 >20 ul） ※滅菌水に溶解した状態で冷凍便を使用して送付ください。 ※1 μg以上のトータルRNAがご用意できない場合は、ご相談ください。 |
2.オプション
2-1.オプション（RNA抽出）
| 項目 | 備考 | 価格（税別） | 追加 納期 |
|---|---|---|---|
| RNA抽出 | QIAGEN社のRNeasy等を使用して、トータルRNAを抽出します。 ＜ご提供サンプル量の目安＞ 細菌：細胞数 1×10^9程度、湿重量 20 mg程度 酵母：細胞数 5×10^7程度、湿重量 25 mg程度 植物（葉）：湿重量 50 mg程度、直径1.5cm 動物細胞：細胞数 1×10^7程度、湿重量 20 mg程度 動物組織：湿重量 20 mg程度 |
20,000円/サンプル | 5営業日 |
| RNA抽出（土壌・汚泥） | RNeasy Powersoil TotalRNA kitを使用して、トータルRNAを抽出したのち、DNase処理を行います。 ＜サンプル量の目安＞土壌：湿重量 1~2 g ＜サンプルの保管温度と送付方法＞上記と同じ |
24,000円/サンプル | 7営業日 |
2-2.オプション（データ解析）
| 項目 | 備考 | 価格（税別） | 追加 納期 |
|---|---|---|---|
| 特定生物由来のリードの除去 | 取得したリードから特定の生物のリードを除去します。 例1）ヒト糞便サンプルから腸内細菌を解析する場合に、大量に含まれているヒト由来のリードを除去する 例2）植物サンプルから共生細菌を解析する場合に、大量に含まれている植物由来のリードを除去する |
8サンプルまで一律 50,000円 ※9サンプル以上の場合1サンプルあたり+6,250円 |
8サンプルまで 2営業日 ※9-20サンプルは3営業日,21-40サンプルは4営業日、41サンプル以上は要相談 |
| アセンブル・マッピング | Trinity によるアセンブルを行い、Contigを提供します。同時に、各配列にマップされたリード数を提供します（下記参照）。 | 8サンプルまで一律 100,000円 ※9サンプル以上の場合1サンプルあたり+12,500円 |
8サンプルまで 10営業日 ※9-20サンプルは15営業日,21-40サンプルは20営業日、41サンプル以上は要相談 |
| アセンブル・マッピング・遺伝子予測・機能解析 | アセンブルによって得られたドラフト配列に対して、prokka（ソフトウェア）によるオートアノテーションを行います。KEGG解析を用いて、予測されたタンパク質の機能的分類を行います（下記参照）。 | 8サンプルまで一律 200,000円 ※9サンプル以上の場合1サンプルあたり+25,000円 |
8サンプルまで 20営業日 ※9-20サンプルは30営業日,21-40サンプルは40営業日、41サンプル以上は要相談 |
アセンブル・マッピング・遺伝子予測・機能解析の説明
生リードから低品質塩基の除去を行った後、アセンブルを行い、コンティグ(配列断片)を取得します。得られた配列断片に対し、高品質のリードをマッピングし、各配列断片とマップされたリード数の対応表を作成します。
さらに遺伝子予測・機能解析では、配列断片から細菌の遺伝子を予測します。その後、予測された遺伝子配列はKEGGデータベースの配列と比較し、機能的な注釈を付加します。
〔アセンブル・マッピング・遺伝子予測・機能解析〕納品データのサンプル
2.よくある質問
Q1.推奨のRNA抽出キットは？
特にございません。弊社ではQIAGEN社のRNeasyシリーズを使用することが多いです。
Q2.DNase処理は必要？
ゲノムDNAの混入は望ましくないので、DNase処理をお勧めします。
Q3.送付の際、バッファーは何でもよい？
滅菌水のほか、Tris や TE 、抽出キットの溶出バッファーでも構いません。但し、塩濃度が高いバッファーの場合、QCの電気泳動がうまくいかない可能性がありますので、避けてください。
Q4.RIN値の目安は？
バイオアナライザーのRIN値で7以上が目安です。送付前にお客様側でも品質確認される際は、参考にしてください。
Q5.送付時の温度帯は？
●total RNA送付の場合
冷凍便を利用し、必ずドライアイスを同梱してください。
●生サンプル送付（弊社にRNA抽出もご依頼）の場合
◇RNAlaterなどの核酸保存液に浸しているサンプル
冷凍便を利用し、ドライアイスは同梱せずに送付してください（核酸保存液は-20℃以下で凍結してしまうため）。
◇-80℃で保存していたサンプル
冷凍便を利用し、必ずドライアイスを同梱してください。
Q6.ウイルスの解析は可能？
以下の通り、ゲノムの形状により解析できるものとできないものがあります。
一本鎖DNA（ssDNA）：×
二本鎖DNA（dsDNA）：〇
一本鎖RNA（ssRNA）：〇
二本鎖RNA（dsRNA）：〇 ※環状化dsRNAは×
また、①宿主由来のrRNAの混入があるか、②対象ウイルスのRNAにpolyAがあるかによって、ライブラリー調製方法が変わりますので、お見積り依頼時に①②の情報をお知らせください。
Q7.納品後にデータ解析を追加で依頼できる？
ご依頼いただけます。データの保管期間は納品後3か月ですので、それ以降はデータ送付をお願いする場合がございます。
Q8.DNBSEQの特徴は？
なんといってもコストパフォーマンスがよいことです。低価格で高品質のショートリードが取得できます。
Q9.DNBSEQの出力データはどんな形式？
出力はfastqファイルで、Q値は最新のイルミナ社製シーケンサーと同様にsanger形式です。
Q10.DNBSEQの生データのクオリティは？
DNBSEQ-G400(MGI社）とHiSeq（イルミナ社）を用いてシーケンシング解析を行い、取得したリードのQ20およびQ30を比較したところ、2機種のそれらは同等でした。
3.ちらしPDF
DNBSEQを用いたメタトランスクリプトーム解析のパンフレットPDF
4. お問合せ・サンプル送付先
お問合せ・お見積り依頼
お問合せフォーム、メール（dna@gikenbio.com）、または お電話（042-780-8333）でお気軽にご相談ください。
サンプル送付先
株式会社生物技研
〒252-0154 神奈川県相模原市緑区長竹657 / TEL 042-780-8333
※平日着でお送りください。発送は元払いでお願いしています。
＜添付書類＞
・依頼書→dna@gikenbio.comへ送信ください。あわせてサンプル送付時に印刷したものを同封ください。
