1.Iso-seq解析（ロングリードRNA-seq解析・PacBio）サービス概要 ※キャンペーン中
| 対象生物 | 真核生物のみ。 cDNA合成にオリゴdTを用いているので、polyAを持たない生物はLib調製できず解析不可となります。 |
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|---|---|---|
| 価格（税別） | 【キャンペーン】2026年12月24日までに弊社にサンプル到着することが条件です。 10万リード 100万リード 200万リード 500万リード程度（１セル占有）※1 取得データ量は全遺伝子数の20-50倍が目安です。 |
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| 納期 | 30営業日 ※3セル以上の場合は要相談 |
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| 作業内容 | ・送付サンプル（トータルRNA）の品質確認 ・オリゴdTプライマーでcDNA合成 ・シーケンスライブラリー作製 ・シーケンシング解析（PacBio Revio） ・データ解析 リードの振り分けおよびIndex配列の除去を行った後、ノイズを除去します。Iso-Seqソフトウェアを用いて、フィルタリングした完全長リードをクラスタリングします。 その後、参照配列がある場合は、クラスタリングした配列をpbmm2を用いて参照配列にマッピングを行います。Iso-Seqソフトウェアを用いて、固有のアイソフォームに分類します。参照gtfもある場合は、SQANTI3を用いて、統合したアイソフォームをアノテーションします。 |
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| 納品物 | 以下のデータをDVDやUSB等の記録媒体に保存して納品します。 | |
| ①シーケンス生データ（fastq＆bam形式） ②クラスタリングの結果 (エクセルファイルとfasta形式) ③DDBJのデータベース登録に必要なデータ |
→参照配列がなければ納品物は①～③の3点のみです 納品データのサンプル |
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| ④固有のアイソフォームの分類データ(gff形式など) ⑤Mappingの結果(bam形式) ⑥参照配列（fasta形式） |
→参照配列があるが、参照gtfがなければ①～⑥を納品します。納品データのサンプル（①～⑥） | |
| ⑦Annotation結果（エクセルファイル） ⑧参照遺伝子アノテーション（gtf形式） |
→参照配列とgtfともあれば、①～⑧を納品します。納品データのサンプル（①～⑧） | |
| ご提供 サンプル |
トータルRNA 1 μg以上（＞50ng/ul、＞20ul） ※RNase-free waterに溶解した状態で冷凍便を使用して送付ください。 ※複数セルをご依頼の場合は、1セルごとに前述のRNA量が必要です。 |
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| ご依頼の流れ | まずはお見積り依頼フォームからお見積りをご依頼ください。 | |
※1 サンプルに依存するため、データ量の保証はできません。また、1サンプル分のライブラリー調製費用は上記に含まれています。複数サンプルご依頼の場合は、2サンプル目以降からライブラリー調製費用100,000円/サンプルが別途必要です。
2.オプション
2-1.オプション（RNA抽出）
| 項目 | 備考 | 価格（税別） | 追加 納期 |
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| RNA抽出（植物組織以外） | QIAGEN社のRNeasy等を使用して、トータルRNAを抽出します。 ＜ご提供サンプル量の目安＞ 酵母：細胞数 5×10^7程度、湿重量 25 mg程度 動物細胞：細胞数 1×10^7程度、湿重量 20 mg程度 動物組織：湿重量 20 mg程度 |
20,000円/サンプル | 5営業日 | |
| RNA抽出（植物組織） | QIAGEN社のRNeasyMiniを使用して、トータルRNAを抽出します。 ＜ご提供サンプル量の目安＞ 植物（葉）：湿重量 50 mg程度、直径1.5 cm |
20,000円/サンプル | 5営業日 | |
2-2.オプション（データ解析_Iso-seq解析＋RNA-seq解析）
★RNA-seq解析のデータも必要です。RNA-seq解析サービスについてはこちらをご覧ください★
| 項目 | 備考 | 価格（税別） | 追加 納期 |
|---|---|---|---|
| 発現プロファイルの類似性 | 発現比較解析前に各サンプルのアイソフォームの発現プロファイルの類似性をいくつかの手法で可視化し、反復内や反復間でアイソフォームの発現の差を確認します。(主成分分析、相関分析、階層的クラスタリング | 30,000円 ※3サンプル以上で解析可 |
なし |
| 発現比較解析 （Differential Transcript Expression） |
統計解析によって発現量が有意に異なるアイソフォームを特定した後、それをMA plotや Volcano plotで描写します。 ※1群あたり2サンプル以上かつ2群間比較のデータセットのみ解析可能です。 ※さらにエンリッチメント解析を行うことはできません。 |
1比較目30,000円 ※追加1比較ごと+10,000円 |
なし |
| 発現比較解析 （Differential Transcript Usage ） |
サンプル群間で遺伝子内のアイソフォームの構成比が異なる遺伝子を特定します。 ※1群あたり2サンプル以上かつ2群間比較のデータセットのみ解析可能です。 |
1比較目30,000円 ※追加1比較ごと+10,000円 |
5営業日 |
| ┗ エンリッチメント解析 | アイソフォームの構成比が異なる遺伝子が、どのような機能をもつのか体系的に分類し、有意差検定を行います。また、KEGGの代謝マップ上に可視化するための 情報を納品します。(Gene Ontology(GO)解析、パスウェイ解析、KEGG pathway classification chart) |
1比較目50,000円 ※追加1比較ごと+10,000円 |
なし |
3.よくある質問
FAQsページをご覧ください。
4.ちらしPDF
Iso-seq解析（ロングリードRNA-seq解析・PacBio社）
5.お問合せ・サンプル送付先
お見積り・お問合せ
お見積り依頼フォーム、お問合せフォーム、メール（dna@gikenbio.com）、または お電話（042-780-8333）でお気軽にご相談ください。
サンプル送付先
株式会社生物技研
〒252-0154 神奈川県相模原市緑区長竹657 / TEL 042-780-8333
※平日着でお送りください。発送は元払いでお願いしています。
