環境DNA メタバーコーディング解析

網羅的環境DNA メタバーコーディング解析

環境中のDNAをPCR法で増幅した後、次世代シーケンサーを使用してシーケンシングを行います。次世代シーケンサーを用いることで、さまざまな生物に由来するDNAの配列を同時に取得することが可能です。取得した配列とデータベースの配列を比較し、採水された場所に生息する生物を推定します。

環境DNA メタバーコーディング解析

価格 30,000円/サンプル(税別)
<内訳>
・フィルターろ過とDNA抽出 10,000円/サンプル
・メタバーコーディング解析 20,000円/サンプル
納期 20営業日
解析可能な
生物種
動物(COI)、魚類(MiFish)※1、哺乳類(MiMammal)※2、節足動物(gInsect)※3、鳥類(gBird)※3・4、有尾目<イモリ類とサンショウウオ類>(gSalamander)※3、線虫(Ecdysozoa)※3、二枚貝(gClam)※3、陸上植物(rbcL)※3、光合成生物(psbA)※3、真核生物(18S rRNA)
上記以外の生物種についてはご相談ください。
(  )は使用するプライマー名または解析対象領域の名称です。
オプション 1st PCR 8反復: +5,000円(税別)
より正確なデータを得るため、弊社の環境DNAメタバーコーディング解析では1st PCRを4反復行います。
得られたPCR産物は1つにまとめられ、2nd PCRに使用されます。
1st PCRをさらに4反復増やす上記のオプションは、サンプリングした環境中で存在割合の低い生物種をより検出したい場合にご利用をオススメしています。
定量解析: +10,000円(税別)※魚類のみ対応 ★NEW★
DNAコピー数を算出するオプションです。

※1 MiFish-U-F/RとMiFish-E-F/R (Miya et al., 2015)を1:1で混合したプライマーを使用して、解析を行います。但し、このプライマーセットでは、アナハゼDNAは増幅されませんので、アナハゼも解析対象としたい場合は、「MiFish 海水・汽水用」をご指定ください。「MiFish 海水・汽水用」は、MiFish-E-F/R-v2とMiFish-U-F/R、MiFish-U2-F/R (unpublished primer)を1:2:1で混合したプライマーを使用して、解析を行います。
※2 弊社でのテスト解析の結果、脊椎動物全般が検出されています。
※3 自社で開発したプライマーでの解析です。
※4 鳥類DNAは環境への移行が少なく、検出が困難な傾向があります。

 

環境DNA メタバーコーディング解析の流れ

 

(お客様)サンプルの送付

 

水サンプル(1L)を冷蔵便で送付下さい。
必ず「サンプル情報提供用紙」を同封してください。
冷蔵保管と発送が難しい場合は下記を参考にしてください。
環境DNA解析用の水サンプルの保管と発送方法について
フィルターろ過
0.22μm フィルター(PES)または1.2μm フィルター(GF/C)を用いて、ろ過を行います。
DNA抽出(注1)
フィルターに残った物質からDNAを抽出します。抽出DNAからPCR阻害物質を除去した後、DNA溶液の濃度測定を行います。

 

メタバーコーディング解析

 

 

ライブラリー作製
12SrRNAやCOI領域などをターゲットとして、ライブラリーを作製します。その後、ライブラリーの濃度と品質を確認致します。
シーケンス解析
Illumina MiSeqを使用してシーケンシング解析を行います。試薬はMiSeq Reagent Kit V3 (600cycles)を使用し、2x300bpのpaired-endリードを取得します。
データ解析
usearchソフトウェアを用いて、得られたリードをoperational taxonomic unit (OTU)にまとめます。OTUとリードカウントをまとめた表をご提供致します。また、データベースの配列と97%以上の配列相同性があるOTUは、種名を併記します。

注1)抽出されたDNAは、メタバーコーディング解析だけでなく リアルタイムPCR解析にも使用することが可能です(追加料金: 15,000円/生物種)。

●使用機器イルミナMiSeq
Illumina社の次世代シーケンサーMiSeqを使用。

環境DNA解析のパンフレットPDF

環境DNA メタバーコーディング解析の具体例

各OTUに対して、検出されたリード数と対応する生物種を示した「エクセルデータ」を提供致します。また、データベースの配列と98%以上の相同性があったOTUのみ相同性トップ10まで和名を明記致します。

例1)相模湾における魚類相の推定 >>詳しいデータをご覧いただけます。 >>相模川版もあります
sagamiwan
相模湾
各サンプル地点おける各生物種由来のリード数を示しています。プライマーは、MiFish (Miya et al., 2015)を使用しました。

例2)哺乳類相の推定  >>詳しいデータをご覧いただけます。
哺乳類解析結果
各サンプル地点おける各生物種由来のリード数を示しています。プライマーは、MiMammal (Ushio et al., 2016)を使用しました。

例3)節足動物相の推定  >>詳しいデータをご覧いただけます。
節足動物相解析データ
各サンプル地点おける各生物種由来のリード数を示しています。プライマーは、Insect(弊社にて開発)を使用しました。

例4)動物相の推定  >>詳しいデータをご覧いただけます。
COI
各サンプル地点おける各生物種由来のリード数を示しています。COI増幅プライマー(Leray et al., 2013)を使用しました。

次世代シーケンス解析

生物種の同定

次世代シーケンスデータのDDBJへの登録について 遺伝子解析サービスについて

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