環境DNA 網羅的解析(メタバーコーディング解析)

網羅的環境DNA 網羅的解析(メタバーコーディング解析)

次世代シーケンサーを用いた解析です。環境中のDNAを網羅的なプライマーセットでPCR増幅した後、シーケンシングします。得られた塩基配列をデータベースと照らし合わせ、生物相を解析します。

1. 環境DNA 網羅的解析(メタバーコーディング解析)概要

価格 27,000円/サンプル(税別)
底生動物の解析は、32,000円/サンプル(税別)
<内訳>
・ろ過 4,000円/サンプル
・DNA抽出 3,000円/サンプル
・メタバーコーディング解析 20,000円/サンプル(底生動物の解析は25,000円/サンプル)
納期 20営業日
納品物 以下のデータをダウンロード形式で納品いたします。
・報告書
・シーケンス生データ(fastq形式)
・データ解析結果(エクセルファイル)
・DDBJのデータベース登録に必要なデータ
解析系がある
生物種
動物(COI)
魚類(cMiFish)※1
哺乳類(MiMammal)※2
節足動物(gInsect)※3
鳥類(gBird)※3・4
二枚貝(gClam)※3
巻貝(gSnail)※3
有尾目<イモリ類とサンショウウオ類>(gSalamander)※3
無尾目(gFrog)※3
環形動物(gWorm)※3
線虫((Ecdysozoa)※3
陸上植物(gPlant)※3
光合成生物(psbA)※3
褐藻(gKasso)※3
紅藻(gKoso)※3
真核生物 (18S rRNA)
底生動物(gBenthos)※3・5
上記以外の生物種についてはご相談ください。
(  )は使用するプライマーセット名または解析対象領域の名称です。
オプション プライマー追加: +2,000円/依頼(税別)
cMiFishにヤツメウナギ類用のプライマーを追加するオプションです。※6
MiFish定量解析:10,000円/サンプル 納期+5営業日
DNAコピー数を算出するオプションです。

※1 2020年5月よりプライマーセットの名称・混合内容が変わります。
旧)淡水用MiFish→MiFish-U-F/RとMiFish-E-F/R (Miya et al., 2015)を1:1で混合
海水用MiFish→MiFish-U-F/RとMiFish-E-F/R-v2、MiFish-U2-F/R (unpublished primer)を2:1:1で混合
新)cMiFish→MiFish-U-F/RとMiFish-E-F/R-v2、MiFish-U2-F/R 、MiFish-Ayu&Wakasagi(unpublished primer)を4:2:2:1で混合
※2 弊社でのテスト解析の結果、脊椎動物全般が検出されています。
※3 自社で開発したプライマーセットでの解析です。
※4 鳥類は環境DNAへの移行が少なく、検出が困難な傾向にあります。
※5 節足動物、環形動物、貝(二枚貝・巻貝)、十脚甲殻類が解析対象です。プライマー配列やPCR条件は開示していませんので、あらかじめご了承ください。
gBenthosの解析では、複数のプライマーをミックスして1stPCRを行います(マルチプレックスPCR)。PCRの原理上、存在量の多い生物のDNAは増幅されやすく、存在量の少ない生物のDNAは、増幅されにくくなる可能性があります。
例)サンプル中に貝類のDNAが多数存在し、節足動物のDNAが少ない場合は、PCRを行っても貝類由来DNAばかり増幅され、節足動物由来のDNAがほとんど得られません。この場合、節足動物用プライマー(gInsect)のみでPCRを行うと節足動物由来DNAが増幅されたケースがございます。
※6 環境DNA分析技術を用いた淡水魚類調査手法の手引き第1版に記載されているプライマーセットでの解析です。

環境DNAポータブルチューブポンプ

2. 環境DNA メタバーコーディング解析の流れ


(お客様)
サンプルの送付
水サンプル(1 L)を冷蔵便で送付下さい。
必ず「依頼書(環境DNA用)」を同封してください。

冷蔵保管と発送が難しい場合は下記を参考にしてください。
環境DNA解析用の水サンプルの保管と発送方法について

ろ過 フィルターを用いて、ろ過を行います(弊社標準フィルターは、ステリべクス-GP 0.22μmです。水の濁度が高いなど、標準フィルターだけではろ過が難しい場合は、プレフィルターも用いてろ過を行います)。
DNA抽出(注1) フィルターに捕集された物質からDNAを抽出します。抽出DNAからPCR阻害物質を除去した後、DNA濃度を測定します。
メタバーコーディング解析 ライブラリー作製 12S rRNAやCOI領域などを対象として、2-step tailed PCRを行い、ライブラリーを作製します。その後、ライブラリーの濃度と品質を確認します。1stPCRは8反復実施します。
シーケンシング解析 MiSeqシステムとMiSeq Reagent Kit v3 (Illumina)を用いて、2×300 bpの条件でシーケンシングを行います。
データ解析 DADA2法を用いて、得られたリードをamplicon sequence variant (ASV)にまとめます。ASVとリード数をまとめた表をご提供します。また、データベースの配列と97%以上の相同性があるASVは、種名を併記します。

注1)抽出されたDNAは、メタバーコーディング解析だけでなく リアルタイムPCR解析にも使用することが可能です(追加料金: 8,000円/サンプル・生物種)。

3. 環境DNA メタバーコーディング解析の具体例

各OTUに対して、検出されたリード数と対応する生物種を示した「エクセルデータ」を提供致します。また、データベースの配列と97%以上の相同性があったASVのみ相同性トップ10まで和名を明記致します。

例1)相模湾における魚類相の推定 >>詳しいデータをご覧いただけます。 >>相模川版もあります

sagamiwan

相模湾
各サンプル地点おける各生物種由来のリード数を示しています。プライマーは、MiFish (Miya et al., 2015)を使用しました。

例2)哺乳類相の推定 >>詳しいデータをご覧いただけます。

哺乳類解析結果
各サンプル地点おける各生物種由来のリード数を示しています。プライマーは、MiMammal (Ushio et al., 2016)を使用しました。

例3)節足動物相の推定  >>詳しいデータをご覧いただけます。

節足動物相解析データ
各サンプル地点おける各生物種由来のリード数を示しています。プライマーは、Insect(弊社にて開発)を使用しました。

例4)動物相の推定 >>詳しいデータをご覧いただけます。

COI
各サンプル地点おける各生物種由来のリード数を示しています。COI増幅プライマー(Leray et al., 2013)を使用しました。

4. パンフレット

eDNAパンフレット環境DNA解析のパンフレットPDF

5. お問合せ・お見積り依頼

●お問合せ・お見積り依頼

お見積り依頼フォームをご用意しています。また、お問合せフォーム、メール(dna@gikenbio.com)、または お電話(042-780-8333)でお気軽にご相談ください。

●サンプル送付先

株式会社生物技研
〒252-0154 神奈川県相模原市緑区長竹657 / TEL 042-780-8333
※平日着でお送りください。発送は元払いでお願いしています。

<添付書類>
依頼書(環境DNA用)→サンプル送付時に同封ください。

遺伝子解析サービスについて

DDBJへの登録について

新しい試み