環境DNA解析 遺伝的多様性解析

環境DNA解析 遺伝的多様性解析

同じ生物種で遺伝的に異なる(遺伝的多様性がある)集団が、日本各地に存在します。しかし、形態が同じため、外見では判断できず、これまで解析が困難でした。
生物技研では、次世代シーケンサーを用いた環境DNA解析により、ハプロタイプを検出します。

環境DNA 遺伝的多様性解析の価格と納期

価格 解析 16反復の場合(弊社標準):80,000円/サンプル(税別)
1stPCRを4反復、2ndPCRで4反復/反復(計16反復)
8反復の場合:60,000円/サンプル(税別)
1stPCRを4反復、2ndPCRで2反復/反復(計8反復)
4反復の場合:45,000円/サンプル(税別)
1stPCRを4反復、2ndPCRで1反復/反復(計4反復)
※上記は、弊社で水サンプルのろ過から行う場合の料金です。
抽出DNAを送付いただく場合は、-10,000円/サンプル、ろ過済フィルターを送付いただく場合は、-6,000円/サンプルです。
プライマーの設計・合計 0円/サンプル(税別)
対象の生物種をご連絡ください。すでに、イワナとコイについては設計・合成済です。
納期 20営業日 ※プライマーの設計・合成が必要な場合は、プライマー合成完了後20営業日です。

 

 

環境DNA 遺伝的多様性解析の流れ

 

(お客様)サンプルの送付

 

水サンプル(>1L)を冷蔵便で送付下さい。
必ず「サンプル情報提供用紙」を同封してください。
冷蔵保管と発送が難しい場合は下記を参考にしてください。
環境DNA解析用の水サンプルの保管と発送方法について
フィルターろ過
0.22μm フィルター(PES)または1.2μm フィルター(GF/C)を用いて、ろ過を行います。
DNA抽出(注1)
フィルターに残った物質からDNAを抽出します。抽出DNAからPCR阻害物質を除去した後、DNA溶液の濃度測定を行います。

 

メタバーコーディング解析

 

 

ライブラリー作製
遺伝子 (cytBやD-loopなど) 領域をターゲットとして、ライブラリーを複数反復分作製します。その後、ライブラリーの濃度と品質を確認致します。
シーケンス解析
Illumina MiSeqを使用してシーケンシング解析を行います。試薬はMiSeq Reagent Kit V3 (600cycles)を使用し、2x300bpのpaired-endリードを取得します。
データ解析
usearchを用いて、得られた塩基配列を100%の条件でまとめます。すべての反復間で検出された配列をハプロタイプとして出力致します。その後、配列情報が登録されている場合は、配列比較した結果を納品致します。

注1)抽出されたDNAは、メタバーコーディング解析リアルタイムPCR解析にも使用することが可能です(追加料金が必要です)。

●使用機器イルミナMiSeq
Illumina社の次世代シーケンサーMiSeqを使用。

環境DNA 遺伝的多様性解析の具体例

イワナの遺伝的多様性解析

(滋賀県水産試験場の亀甲博士と菅原博士との共同研究)
ハプロタイプ

環境DNA遺伝的多様性解析のパンフレットPDF

次世代シーケンス解析

生物種の同定

次世代シーケンスデータのDDBJへの登録について 遺伝子解析サービスについて

なんでもかんでもアンプリコンシーケンス

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  2. 土壌用DNA抽出キット
  3. お米のRAD-seq解析

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