<アンプリコンシーケンス解析応用編>ブロッキング・選択的増幅

DNA増幅阻害/選択的増幅技術を用いた生物相の解析

食性解析や植物病原菌の菌叢解析に!

1.C3 spacer修飾を用いた食性解析

解析費用は安価ですが、宿主DNAを完全に抑制することが難しく、また種特異的なブロッキングも困難です。予備的な実験に向いています。

<追加料金>
ブロッキングプライマー設計・合成費用
20,000円/生物種(税別)

●解析の具体例
アジの餌生物の推定(COI領域)
スーパーで購入したアジの内臓を用いて、食性解析を行いました。
下に、検出された生物由来のリード数を棒グラフで示します。c3spacer修飾を用いたブロッキング

2.ペプチド核酸Peptide Nucleic Acid(PNA)を用いた菌叢解析

解析費用は高価ですが、特異的なブロッキングが可能です。
弊社では植物由来の葉緑体とミトコンドリアの増幅を阻害するPNAを用いた解析に対応しています(16S rRNA V3/V4領域またはV4領域の解析のみ可能です)。

<追加料金>
ライブラリー調整費用
15,000円/8サンプル(税別)

●解析の具体例
種子の菌叢解析(16S rRNA V4領域)
牧草の種子を用いて、菌叢解析を行いました。
※本解析では、種子にミトコンドリア由来のDNAが少なく、Anti-mitochondriaの効果は検証できていません。
PNAを用いたブロッキング

3.人工核酸 Locked Nucleic Acid(LNA)を用いた菌叢解析

解析費用は高価ですが、種特異的なブロッキングが可能です。

<追加料金>
ライブラリー調整費用
20,000円/8サンプル(税別)

LNAの設計・合成
120,000円/2本(税別)
植物内生細菌および植物内糸状菌を選択的増幅させるプライマー※1は既に設計・合成済みですので料金不要です。

※1 鹿児島大学農学部の池永先生・境先生が開発した、特許第5846496および特願2016-051621の遺伝子増幅方法を使用します(植物内生細菌選択的増幅プライマーは16S rRNA V3/V4領域またはV4領域の解析のみ、植物内糸状菌選択的増幅プライマーはgITS-ITS4の解析のみ可能です)。

<追加納期>
5営業日
LNA含有プライマーの設計・合成は別途10営業日程度かかります。

●解析の具体例
植物サンプルの菌叢解析(ITS領域)
ITS1からITS2領域をPCR法で増幅後、gITS7とITS4を用いてITS2領域のみを再度増幅して菌叢解析を行いました。
LNAを用いたブロッキング