<アンプリコンシーケンス解析応用編>ブロッキング

DNA増幅阻害/選択的増幅技術を用いた生物相の解析
ブロッキング

食性解析や植物病原菌の菌叢解析に!

1.C3 spacer修飾を用いた食性解析

解析費用は安価ですが、宿主DNAを完全に抑制することが難しく、また種特異的なブロッキングも困難です。予備的な実験に向いています。

<追加料金>
ブロッキングプライマー設計・合成費用
20,000円/生物種(税別)

●解析の具体例
アジの餌生物の推定(COI領域)

スーパーで購入したアジの内臓を用いて、食性解析を行いました。
右下に、検出された生物由来のリード数を棒グラフで示します。

c3spacer修飾を用いたブロッキング

 

2.ペプチド核酸Peptide Nucleic Acid(PNA)を用いた菌叢解析

解析費用は高価ですが、葉緑体とミトコンドリアのブロッキングが可能です。

<追加料金>
ライブラリー調整費用
15,000円/8サンプル(税別)

●解析の具体例
種子の菌叢解析(16S rRNA V4領域)

牧草の種子を用いて、菌叢解析を行いました。

※本解析では、種子にミトコンドリア由来のDNAが少なく、Anti-mitochondriaの効果は検証できていません。

PNAを用いたブロッキング

 

3.人工核酸 Locked Nucleic Acid(LNA)を用いた菌叢解析

解析費用は高価ですが、種特異的なブロッキングが可能です。

<追加料金>
ライブラリー調整費用
20,000円/8サンプル(税別)

LNAの設計・合成※1
120,000円/2本(税別)
真菌特異的プライマーは既に設計・合成済みですので料金不要です。

※1 鹿児島大学農学部の池永先生・境先生が開発した、特許第5846496および特願2016-051621の遺伝子増幅方法を使用します。

●解析の具体例
植物サンプルの菌叢解析(ITS領域)

ITS1からITS2領域をPCR法で増幅後、gITS7とITS4を用いてITS2領域のみを再度増幅して菌叢解析を行いました。

LNAを用いたブロッキング

次世代シーケンス解析

生物種の同定

次世代シーケンスデータのDDBJへの登録について 遺伝子解析サービスについて

なんでもかんでもアンプリコンシーケンス

  1. キムチ
  2. ツバメの食事
  3. お米のRAD-seq解析

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