多サンプルのデータから、相互作用のある生物種グループを見つけるのに有効な解析です。
まず、アンプリコンシーケンス解析でQiime解析を行います。得られたASVテーブルに対し、SpiecEasi (MB法) を使用して、ネットワーク解析を行います。
相互作用のある・なしはどうやって判断するの？
簡単な例で説明します。
以下は、A～Hサンプルの細菌叢を調べた結果です。細菌１～４について、リードが検出されたら●、検出されなかったら〇としました。
細菌1が存在するとき、細菌4も出現するので、
この2種は相互作用していると判断され、線で結ばれます。
一方で、細菌1が存在するとき、細菌2は出現しないので、
この種たちは相互作用してないと判断されます。
このように相互作用している細菌を線でつないでいくのが、ネットワーク解析です。
数サンプルだけでは、ネットワーク解析はできません。
経験上、最低８サンプル以上は必要です。
各スポットが、それぞれASV配列から推測された生物種を示しています。
スポット同士が線で結ばれていると、その両種間で相互作用しあっている可能性を示しています。
線がすごい結ばれている菌(群)が、その環境でコアになっていると考察できます。
また、環境の違いによって、どのように生物間相互作用が異なるのか、ということも解析できます。
ネットワーク解析 の価格と納期
| 価格（税別） | 50,000円 |
| 追加納期 | なし |
