新サービス紹介

有意差のある微生物相が一目瞭然!「群間比較解析(LEfSe)」(アンプリコンシーケンス解析)

群間の違いが可視化されます

LEfSe(レフセ)を使って比較する群間の違いと相関を示す微生物群の抽出やある現象の原因微生物の探索を行います。

LEfSe

群間比較解析の価格と納期

価格(税別) 50,000円
※グループ分けのパターンが複数ある場合は、追加1パターンごと20,000円
納期 5営業日
※アンプリコンシーケンス解析と同時にご依頼の場合は、追加納期なし
ご提供データ ・Qiime解析後のデータ
・グループ分けのご指示(エクセルファイル)
解析可能領域 16S/ITS/18S

解析事例

糞便をサンプルとしてDNA抽出の前処理である物理的な粉砕の有/無という条件間で比較をしました(粉砕有→DryGrinding/粉砕無し→No Treatment)。粉砕をしないと細胞壁が硬い微生物の抽出効率が低下します。

有意差のあった系統をクラドグラムで図示した結果は以下です。

粉砕有では細胞壁が硬いActinobacteriaおよびFirmicutesの割合が粉砕無しに比べて高いという結果が得られました。

>> LEfSeのデモデータがダウンロードできます

●納品データの説明
- level-2フォルダ
:門(phylum)レベルの結果が格納されています。
- level-3フォルダ
:綱(class)レベルの結果が格納されています。
- level-4フォルダ
:目(order)レベルの結果が格納されています。
- level-5フォルダ
:科(family)レベルの結果が格納されています。
- level-6フォルダ
:属(genus)レベルの結果が格納されています。
- level-7フォルダ
:種(species)レベルのの結果が格納されています。
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各フォルダに格納されているファイルについて
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level.res:LEfSEを用いた解析結果です。
level.png:有意差の有った系統を棒グラフで図示した結果です。
level_cladgram.png:有意差の有った系統をクラドグラムで図示した結果です。
level_features:有意差の有った系統のサンプルごとの相対頻度グラフが格納されています。