新サービス紹介

RPKM正規化からTPM正規化へ(RNA-seq解析)

RNA-seq解析の納品データが変わります

リードのカウントデータを総リード数と遺伝子の長さで補正する場合、RPKM/FPKM 正規化法とTPM 正規化法の2 通りの方法が考案されています。前者はサンプル間の総リード数を揃えてから遺伝子長で補正する方法で、逆に後者は遺伝子長で補正してからサンプル間の総リード数を揃える方法です。

RPKM:Reads Per Kilobase of exon per Million mapped reads
FPKM:Fragments Per Kilobase of exon per Million mapped fragments
TPM :Transcripts Per Million

近年、RPKM/FPKM正規化法では発現量を正しく正規化できないことが報告されており、この方法に代わってTPM正規化法が用いられるようになってきました。

弊社のRNA-seq解析は標準でマッピングと正規化まで含まれています。
2020年6月現在、正規化の結果は、RPKMとTPM値の両方を納品していますが、2020年秋以降はTPM値のみの納品となります。価格の変更はございません。

RPKMとtpm

納品デモデータ(RPKMとTPM値の両方)

TPM正規化の価格と納期

価格 納期
RNA-seq解析からご依頼いただく場合 0円(標準解析に含まれます) 標準解析の納期に含まれます
生データをご提供いただき、マッピング・正規化をご依頼いただく場合 100,000円 1週間