サービス内容
コストパフォーマンスがよいことです。低価格で高品質のショートリードが取得できます。
目的によって、以下のデータ量を推奨しています。
・ゲノムアセンブル解析：ゲノムサイズの50倍以上
・メタゲノム解析：5 Gb以上
・リシーケンス解析：ゲノムサイズの20～30倍程度
基本的にはお受けしておりませんが、対応可能な場合もありますのでご相談ください。
以下の通り、ゲノムの形状により解析できるものとできないものがあります。
一本鎖DNA（ssDNA）：×
二本鎖DNA（dsDNA）：〇
一本鎖RNA（ssRNA）：〇
二本鎖RNA（dsRNA）：〇 ※環状化dsRNAは×
また、①宿主由来のrRNAの混入があるか、②対象ウイルスのRNAにpolyAがあるかによって、ライブラリー調製方法が変わりますので、お見積り依頼時に①②の情報をお知らせください。
弊社にてDNBSEQ-G400（MGI社）とHiSeq（イルミナ社）を用いてシーケンス解析を行い、取得したリードのQ20およびQ30を比較したところ、2機種のそれらは同等でした。
出力はfastqファイルで、品質値は最新のイルミナ社製シーケンサーと同様のsanger形式です。
宿主の参照配列があれば、取得したリードから宿主のリードを除去後、アセンブルすることが可能です。
※ アセンブルはオプションです。
2,500円（送料込・税別）で対応しています。弊社では、解析完了後3ヶ月が経過したサンプルについては処分させていただきますので、返却を希望の場合はお早目にご連絡ください。なお、試料やライブラリーの返却は承っておりません。
核酸抽出のみのご依頼はお受けしておりません。
サンプルの培養はお受けしておりません。
ご指定いただくことは可能ですが、追加費用が発生します。
はい。作業内容の詳細は作業報告書をご確認ください。
料金
3万円/サンプル（DNA受け入れ、0.3 Gb、データ解析なし）。最新の料金やオプションはサービスページを参照ください。
https://gikenbio.com/dnaanalysis/ngs/genome/genome-dnb/
見積書のご依頼は、見積依頼フォームへご入力ください。
https://gikenbio.com/quotations/
サンプル調製
特に指定や推奨はありませんが、DNAの品質基準を満たしていれば、どの抽出キットでもご使用いただけます。
サンプル送付
ご依頼は可能ですが、十分な結果が得られない可能性があります。また、解析途中で中断となった場合でも、実施済みの工程までの費用は全額ご請求となります。
抽出ゲノムDNA（濃度 4 ng/μL～、総量200 ng～）です。詳細はサービスのページまたはパンフレット（ちらし）をご確認ください。
データ解析
弊社にてDNBSEQ-G400（MGI社）とHiSeq（イルミナ社）を用いてシーケンス解析を行い、取得したリードでそれぞれアセンブルしました。2機種の結果を比較するとほぼ同等でした。
DNBSEQ-G400（MGI社）とHiSeq（イルミナ社）の比較
※ 対象生物はヒラメ。MaSuRCAを使用してアセンブルしました。
データベースへの登録代行はお受けしておりません。
可能です。お手持ちのデータや、必要な解析内容についてご相談ください。
メール・電話・WEBミーティングのいずれでも対応可能ですので、お気軽にご連絡ください。