RNA-seq解析（ショートリード）

以下の図をご参照ください。3群間比較（A群 vs. B群 vs. C群）も可能ですが、発現比較の発現平均値（A値）と発現比（M値）が算出されないため、MAプロット図の納品はなく、エクセルデータのみの納品となります。

以下の通り、ゲノムの形状により解析できるものとできないものがあります。
一本鎖DNA（ssDNA）：×
二本鎖DNA（dsDNA）：〇
一本鎖RNA（ssRNA）：〇
二本鎖RNA（dsRNA）：〇 ※環状化dsRNAは×

また、①宿主由来のrRNAの混入があるか、②対象ウイルスのRNAにpolyAがあるかによって、ライブラリー調製方法が変わりますので、お見積り依頼時に①②の情報をお知らせください。

コストパフォーマンスがよいことです。低価格で高品質のショートリードが取得できます。

出力はfastqファイルで、品質値は最新のイルミナ社製シーケンサーと同様にsanger形式です。

弊社にてDNBSEQ-G400（MGI社）とHiSeq（イルミナ社）を用いてシーケンス解析を行い、取得したリードのQ20およびQ30を比較したところ、2機種のそれらは同等でした。

核酸抽出のみのご依頼はお受けしておりません。

ご指定いただくことは可能ですが、追加費用が発生いたします。

はい。作業内容の詳細は作業報告書からご確認いただけます。

4万円/サンプル（真核生物の場合）～。最新の料金やオプションはサービスページを参照ください。

見積書のご依頼は、見積依頼フォームへご入力ください。
https://gikenbio.com/quotations/

QIAGEN社のRNeasyシリーズをお勧めします。

ゲノムDNAの混入を避けるため、DNase処理を行うことを推奨しています。

滅菌水のほか、TrisやTE、RNA抽出キットの溶出バッファを使用ください。なお、塩濃度が高いバッファは、QCの電気泳動に影響する場合がありますので避けてください。

バイオアナライザーのRIN値で7以上が目安です。送付前にお客様側でも品質確認される際はご参考ください。

● total RNAを送付する場合
必ずドライアイスを同梱し、冷凍便でお送りください。

● 生サンプル（試料）を送付する場合（RNA抽出から依頼される場合）
◇ RNAlaterなどの核酸保存液に浸しているサンプル：ドライアイスは同梱せずに、冷凍便でお送りください（-20℃以下にならないようにしてください）。
◇ -80℃で保存していたサンプル：必ずドライアイスを同梱し、冷凍便でお送りください。

サンプル試料の発送方法については、「サンプル送付方法」のページを参照してください。
https://gikenbio.com/transport/

total RNA1 μg以上（50 ng/μL～、20 μL～）です。詳細は各ページまたはパンフレット（ちらし）をご確認ください。

必要かどうかは目的によります。
オプションを付けない標準のRNA-seq解析でも遺伝子の発現量やざっくりとした遺伝子発現の違いは明らかにできます。
それが統計的に有意かどうか解析する場合に「発現比較解析」が必要になります。

「発現比較解析」は発現量に有意差のある遺伝子（発現変動遺伝子）をリストアップするだけですので、同定された発現変動遺伝子の代謝系における役割や機能的グループを明らかにしたい場合は、それぞれ「パスウェイ解析」や「GO解析」を行う必要がある、といった使い分けになります。「パスウェイ解析」では発現変動遺伝子が代謝系のどの部分が変動しているのかが分かり、「GO解析」では発現変動遺伝子がどのような機能をもったグループが多いかが分かります（出現頻度の解析）。

ご依頼いただけます。データ保管期間（納品後3ヶ月）を過ぎた後は、データの送付をお願いする場合があります。

可能ですが、定性的な解析になります。

A群が基準となります。A群と比べてB群の発現が増加しているか、減少しているかを解析します

可能です。お手持ちのデータや、必要な解析内容についてご相談ください。

メール・電話・WEBミーティングのいずれでも対応可能ですので、お気軽にご連絡ください。