アンプリコン解析（ショートリード）

弊社HPの見積りフォームからご依頼ください。すぐにチューブやプライマーが必要な方は、その他補足事項へ記入ください。

以下をダウンロード形式で納品します。なお、圧縮後のデータサイズが2 GBを超える場合は、記録媒体での納品に変更させていただきます。
＜データ内容＞
・ 報告書
・ シーケンスデータ（fastq形式）
・ データ解析結果：エクセルファイルと可視化データ、またはエクセルファイルのみ（遺伝子領域による）
・ DDBJのデータベース登録に必要なデータ

以下のURL先からヒト糞便(多様性解析あり)のデモデータをダウンロードできます。

https://gikenbio.com/data/funben_demo_Qiime2.zip

1サンプルあたり3～5万リードペア程度です。
2nd PCR産物からの依頼で33サンプル以上の場合は、トータルで300～400万リードペア程度となります。

どちらも他のお客様のサンプルと相乗りでシーケンシングを実施した場合のデータ量です。

各領域の特徴は以下の通りです。目的に応じて適切な領域をお選びください。
・ 16S rRNA V1/V2領域：ヒトDNAが増えにくく、ヒトの腸内細菌や皮膚の常在菌の解析に適している
・ 16S rRNA V3/V4領域：イルミナ社も推奨している領域で、細菌叢解析に広く使用されている
・ 16S rRNA V4領域：細菌と古細菌を同時に解析することが可能

使用するシーケンサー（MiSeq または NextSeq 1000）をご指定いただくことはできません。

2,500円（送料込・税別）で対応しています。弊社では、解析完了後3ヶ月が経過したサンプルについては処分させていただきますので、返却を希望の場合はお早目にご連絡ください。なお、試料やライブラリーの返却は承っておりません。

可能です。お手持ちのデータや、必要な解析内容についてご相談ください。

4反復を行うことで、平均値や誤差を算出でき、精度が向上します。もし目安程度であれば、1反復でも問題ないかと思います。

サンプルの培養はお受けしておりません。

はい。作業内容の詳細は作業報告書をご確認ください。

9,000円/サンプル（1st PCR産物を送るプランの場合で8サンプルの場合）。最新の料金やオプションはサービスページを参照ください。
https://gikenbio.com/dnaanalysis/ngs/amplicon/
見積書のご依頼は、見積依頼フォームへご入力ください。
https://gikenbio.com/quotations/

特に推奨キットはございませんが、DNAの精製工程を含むキットをご使用ください。精製されていないクルードサンプルをご送付いただいた場合は、それに対応したPCR酵素を使用する必要があります。

PCR阻害物質の影響から1～5 ng程度のDNA量を推奨しています。その影響が考えられない場合は、使用するDNAポリメラーゼキットのマニュアルをご参照ください。

1サンプルあたり1 μL使用すると仮定して、3回以上PCRの実施が可能な量をお送りしています。
例）24サンプルご依頼の場合：1 μL/サンプル×24サンプル×3回分＝72 μL →F/R各100 μLをお送りします

25～35サイクルが目安です。35サイクルを超えると、PCRバイアスや非特異的な増幅（ネガティブコントロールが増幅してしまう）が起こる可能性が高くなります。

1st PCR産物を送付いただく場合は、1st PCR反応溶液のままで構いません。弊社にて精製を行います。

必須ではありませんが、電気泳動が可能な環境であれば、ご確認いただくことを推奨しています。
弊社では、送付いただいた1st PCR産物を精製後に濃度測定のみを行います。濃度測定の結果が定量下限値未満でも2nd PCRへ進みます。2nd PCRで目的の増幅産物が確認されなかったサンプルは、「対象DNAの増幅なし」として処理を終了し、シーケンシング解析は実施いたしません。その場合でも解析費用は満額ご請求となります。

非特異増幅産物が確認された場合、目的の増幅産物のみとなるよう、精製することを推奨しています。
精製しない場合、シーケンシング解析で非特異増幅産物由来のデータも取得され、目的の増幅産物のデータが減ってしまいます。
※ 注意：ITS領域は種により長さが異なります。ゲル切り出しによる精製はデータのバイアスの原因となる場合がありますので、ITS領域の増幅産物の精製は推奨しません。

濃度10 ng/μL以上、液量20 μL以上です。満たない場合はご相談ください。

必ず精製を行ってください。シーケンシング時に2nd PCRに用いたプライマーが含まれていると、データの取得に影響します。

弊社では磁性ビーズ精製を行っていますが、カラム精製でも大丈夫です。ゲル切り出しは濃度不足になる場合があります。

核酸抽出のみのご依頼はお受けしておりません。

ご指定いただくことは可能ですが、追加費用が発生します。

お送りいただくサンプルの状態によります。
湿土壌：200-500 mg程度
菌体ペレット:1 g(最大量)
葉：200-500mg
マウス糞便：米粒大2-3粒
血液：500 uL

その他、ご不明なサンプルはご相談ください。

ご依頼は可能ですが、十分な結果が得られない可能性があります。また、解析途中で中断となった場合でも、実施済みの工程までの費用は全額ご請求となります。

それぞれのデータベースは、以下のような特徴があります。

※ 過去のデータとの比較や統合を行う場合は、同じデータベースを使用してください。　
※ ご指定がない場合は、Greengeneを用いて解析します。
※ 2つのデータベースでの解析をご依頼の場合は、別途500円/サンプルのデータ解析費用がかかります。

生データ配列については、データサイズが大きいため、閲覧するには生物情報学的な知識が必要になります。代表配列はテキスト形式で記載されているため、メモ帳などのテキストエディタでご確認いただくことが可能です。それ以外の項目については「納品データのご説明」ファイルをご確認ください。

アップロード納品の場合、リンクからダウンロードしたフォルダは、必ず解凍してください。また、フォルダ名、ファイル名、ファイルの場所を変更すると、ファイルが閲覧できなくなる場合があります。

ご依頼いただけます。オプションのデータ解析については、納品後に追加でご依頼いただいた場合でも、Webページに掲載されている費用で対応いたします。
まずは系統推定の結果をご確認いただいたうえで、必要に応じてオプション解析をご依頼いただくことが可能です。

DNA抽出の費用はサンプル数分、DNA抽出以降の工程はサンプル数×領域数分の費用が必要です。

例）土壌8サンプルにおいて細菌叢と真菌叢の2領域を解析する場合

例えば、9サンプルをA、B、Cの3グループに分け、「A vs. B」、「B vs. C」、「A vs. B vs. C」 の比較を行う場合、比較数は3になります。

注意点：
・ 有意差検定を行うためには、各グループに少なくとも3サンプル以上を含めてください。
・ 「A vs. B vs. C」 のような多群間比較では、比較するグループ数が増えるほど、有意差が出にくくなる傾向があります。

再解析が必要となるため、別途再解析費用がかかります。

見積もりの際にご連絡いただければ、無償で対応が可能ですが、納品後にご連絡いただいた場合は、別途再解析費用がかかります。

各シーケンサーから得られる結果に有意な差はなく、比較可能であると考えております。弊社で実施した比較解析の結果については、こちらのリンクよりご確認いただけます。
<MiSeqとNextSeq1000（イルミナ社）の比較>
https://gikenbio.com/look-up/miseq-nextseq-dnbseq/

また、下記資料においても、高い相関が得られていることが示されております。
・ Performance Comparison of Nine Different Assays Between Next Generation Sequencing (NGS) Platforms
・ Clonality and Measurable Residual Disease (MRD) Testing on the Illumina NextSeqTM Sequencers

各シーケンサーから得られる結果に有意な差はなく、比較可能であると考えております。
弊社で行った比較解析の結果（MiSeqとNextSeq1000（イルミナ社）の比較）および、MGI社提供の資料においても、その結果をご確認いただけます。

目的のPCR産物以外の非特異的増幅が認められた場合、または収量が不十分（濃度が10 ng/μL以下）である場合に “△” の評価となります。

メール・電話・WEBミーティングのいずれでも対応可能ですので、お気軽にご連絡ください。