G.W3日目、皆様いかがお過ごしでしょうか？自分は本日午前中自転車の練習会に参加しようと思っていたのですが、昨日一昨日の疲れが全然抜けておらず、G.Wの自由研究をすることにしました。
次世代シーケンス（NGS）はコンタミネーションをいかにコントロールするかが重要です。サンガー法の時代には問題とならなかったコンタミネーションがNGSでは問題になります。解像度が飛躍的に向上したからです。そして、コンタミネーションをゼロにすることはほぼ不可能であるというのが業界の通説です。弊社でも現在あの手この手でコンタミネーション対策を進めております。
PCR産物が実験室内の微粒子と複合体を形成して、長期間実験室内に存在し続け、それが微量なコンタミネーションの原因の一つであると考えられています。弊社でもそのような可能性が疑われるデータが得られることがあります。PCRしてもわずかしか増幅されないサンプルを半ば無理やり解析すると出てくるようです。しかしながら、実際に試してみたという話は聞きません。なので実際に実験してみます。知り合いのバイオエアロゾル研究者が使っているサンプリング機材を参考にさせてもらい、使わなくなったカメラ三脚を利用して簡易サンプリング機材を作りました。24時間ほど実験室の空気をサンプリングして、それを使ってPCRしてみようと思います。
見るに堪えない結果となった場合はこの企画がボツになる可能性もあります。