現在環境DNA解析のために行う水サンプルからのDNAの回収は、ポアサイズ0.7ulのGF/Fフィルター＋吸引ろ過で行っています。
スタンダードな方法ではありますが、濁りの強い水ではすぐにフィルターが目詰まりしてしまう等の問題点もあるので、
今後はステリべクス＋ペリスタポンプにろ過システムを変更する予定です。
現在そのシステムの構築に着手しております。本日試しに濁りの強い水をろ過したところ、かなり良い結果を得ました。
このくらい濁りが強いと現在の方法ではすぐに目が詰まって100ml程度もろ過できないと思いますが、今回は500ml程度
問題なくろ過できました。
泥や藻が大量に回収されていますが、吸引ろ過のようにフィルターにしっかり張り付いている分けではないので、ほとんど
目詰まりしていません。
次世代シーケンサーでのデータ取得まで行って検証し、問題なければステリべクスを用いたろ過システムに全面的に切り替える予定です。
写真の小型のペリスタポンプは35,000円くらいで、能力は実測60ml強/minです（スペックは100ml/min）。
車のシガーソケット等で電源を確保できれば、河川等の現場でのろ過に利用できると思います。
ラボのシステムは一度に12サンプル同時ろ過できるシステムの構築を目指しています。