次世代シーケンス解析

  1. MGISEQとハイブリッドアセンブル

    来週新しいシーケンサーを導入します。イルミナ社のシーケンサーではなく中国製のMGISEQ2000という機種です。なんのこっちゃ?っていう人がほとんどだと思いますが、実は横浜の理化学研究所には3台導入されており、一年以上前から稼働しております。

  2. LoopSeq を使用した16S全長解析のデモデータ

    LoopSeq を使用した16S全長解析のデモデータを見てみたいというお問い合わせを何件かいただいていたので、サンプル元の製品評価技術機構に確認をとってOKもらいました。webサイトからダウンロードできるようにしましたので、ご興味がある方は下記のリンクに飛んでいただいてダウンロード願います。

  3. 細菌叢の系統推定結果を属レベルから種レベルに

    2018年秋から、EzBioCloud 16S database を使用したデータ解析をアンプリコンシーケンス解析のオプションとして始めています。これは、QIIME解析で使用するデータベースを Greengene から EzBioCloud 16S database に変更するサービスです。

  4. DADA2

    QIIME1とQIIME2の違いについて

    弊社ではアンプリコンシーケンス解析のデータ解析において、QIIMEのバージョンはQIIME2を標準とすることにいたしました(2019年5月20日受注分から)。すでにお見積り済の方には、受注時にQIIME1またはQIIME2のいずれをご希望かを確認した上で進めさせていただきます。

  5. 結果発表

    実験室のコンタミネーション検証の結果が出ました。今回はきちんとお伝えするため技術的な内容になってしまいます。実験内容ですが、実験室の大気を24時間ほどフィルターにサンプリングしました(直径13mmのフィルター2枚)。

  6. もう一つの戦い

    G.W3日目、皆様いかがお過ごしでしょうか?自分は本日午前中自転車の練習会に参加しようと思っていたのですが、昨日一昨日の疲れが全然抜けておらず、G.Wの自由研究をすることにしました。次世代シーケンス(NGS)はコンタミネーションをいかにコントロールするかが重要です。

  7. nanoporeテスト結果

    oxfordnanoporeのMinIONのテスト結果です。1ヶ月くらい前に結果は出ていたのですが、あまり良い結果ではなく次の一手がなかなか見いだせない状況であったので業務多忙により放置しておりました。最近学会等でMinIONの事を聞かれるので結果を公開することにしました。

  8. oxford nanopore

    G.W明けから出張続きで技術的なアップデートを怠っていたら、いつのまにかoxford nanoporeの小型機が市販開始されていました。なのですぐにポチッとしました。テスト結果はお知らせしていきます。

  9. ラボ

    最後の器材納品が今週金曜日ですが、順調に稼働しています。ウェットのワークスペースは棚等の立体構造物の設置は極力控えています。理由は埃がたまる原因であり、掃除が行き届かなくなる可能性が高くなるからです。一般的なウェットラボと比較するとかなり贅沢な使い方です。

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