18S rRNA ver2:V8f-1510r プライマー情報

●プライマー配列(5’→3’)/アンプリコンシーケンス解析(illumina MiSeq)用
V8f:
ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-ATAACAGGTCTGTGATGCCCT
1510r:
GTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT-CCTTCYGCAGGTTCACCTAC

細字:アダプター配列(2nd PCR用のプライマーとの相同部分)
太字:18S との相同配列

●参考文献
Bradley, I. M., Pinto, A. J., & Guest, J. S. (2016).
Design and evaluation of Illumina MiSeq-compatible, 18S rRNA
gene-specific primers for improved characterization of mixed
phototrophic communities. Applied and environmental microbiology, 82(19),
5878-5891.

●1stPCR後の増幅長
約450 bp

1stPCRの反応組成と反応条件例

以下は、 PCR 酵素に KOD FX Neo [TOYOBO]を使用した例です。
他の PCR 酵素を使用する場合は、そのPCR酵素推奨の反応組成・反応条件で調製してください。

●反応組成

2× PCR Buffer for KOD FX Neo
10.0 ul
dNTPs (each 2 mM)
4.0 ul
10 uM Forward primer
0.4 ul
10 uM Reverse primer
0.4 ul
Template DNA (0.5 ng)
2.0ul
KOD FX Neo (1.0 U/uL)[TOYOBO]
0.4 ul
Nuclease-Free Water
2.8 ul
Total
20.0 ul

 

●反応温度

94°C
2min
98°C
10sec|
53°C
30sec|25-35 cycles
68°C
30sec|
68°C
7min

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