12S rRNA (MiMammal) プライマー情報

●プライマー配列(5’→3’)
1st-MiMammal UEB mix F:
①ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-NNNNNNGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGC
②ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-NNNNNNGGACTGGTCAATTTCGTGCCAGC
③ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-NNNNNNGGGTTGGTTAATTTCGTGCCAGC
1st-MiMammal UEB mix R
①GTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT-NNNNNNCATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG
②GTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT-NNNNNNCATAGTGAGGTATCTAATCTCAGTTTG
③GTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT-NNNNNNCATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG
※それぞれ①:②:③=1:1:1で混合したプライマーです。

細字:アダプター配列(2nd PCR用のプライマーとの相同部分)
赤字 N:シーケンス解析時における品質向上を目的として、1-6塩基の異なる長さのランダム配列が挿入された混合プライマーです
太字:12S rRNA との相同配列

●参考文献
Ushio et al.2016

●1stPCR後の増幅長
約370 bp

1stPCRの反応組成と反応条件例

以下は、 PCR 酵素に ExTaq HS [TaKaRa]を使用した例です。
他の PCR 酵素を使用する場合は、そのPCR酵素推奨の反応組成・反応条件で調製してください。

●反応組成

10x Ex buffer
2.0 ul
dNTPs (each 2.5 mM)
1.6 ul
10 uM Forward primer
1.0 ul
10 uM Reverse primer
1.0 ul
Template DNA (1ng)
1.0ul
ExTaq HS[TaKaRa](5 U/ul)
0.2 ul
滅菌蒸留水
13.2 ul
Total
20 ul

 

●反応温度

94°C
2min
94°C
20sec|
65°C
15sec|35 cycles
72°C
20sec|
72°C
5min

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