ハイブリッドアセンブル

生物技研では、ロングリードはGridION X5 (Oxford Nanopore Technologies社）で取得し、ショートリードはDNBSEQ-G400（MGI社）で取得します。
ショートリードについては、お手持ちのデータを利用させていただくことも可能です。

バクテリアのハイブリッドアセンブルでは、多くの場合で環状化したゲノムデータが得られています。プラスミド等は、別の配列として環状化されます。また、ゲノムサイズの大きな生物については、下記参考例の通り、scaffold数が大きく減少する結果が得られています。

*1　ショートリードについては、お手持ちのデータを利用させていただくことも可能です。
*2　弊社にロングリード取得をご依頼いただいた場合に限ります。
*3　200bpペアエンド解析に変更も可能です（解析費用が5,000円/サンプル～、納期が2週間追加となります）

2.ご提供いただくサンプルと情報について
ご提供 サンプル	抽出ゲノムDNA 1.DNA量 バクテリア または ゲノムサイズ100Mb未満の解析の場合で、濃度50 ng/ul以上、液量 100ul 以上 が理想です。 最低でもDNA量は 2ugが必要です。 2.DNAの品質 260/230 と 260/280 は 1.5以上、電気泳動で20kbあたりにバンドが見えていることが望ましいです。
	DNA抽出からご依頼いただくことも可能です。 弊社では、GridIONゲノム解析用のサンプルについては、Genomic-tip（Qiagen）を用いて、DNA抽出を行います。 DNA抽出料金は30,000円/サンプル（税別）で、納期は1週間追加となります。 ご用意いただくサンプル量の目安は、細胞数 1×10^9 ～ 5×10^9程度、湿重量 20 ～ 100mgです。
ご提供情報	1.サンプル情報提供用紙→サンプル送付時に同封ください 2.オーダーシート→dna@gikenbio.comへ送信ください

弊社で、ヒラメ（Paralichthys olivaceus）のハイブリッドアセンブルを実施しました。
※サンプルは、日本大学 生物資源科学部 海洋生物資源科学科　澤山英太郎様にご提供いただきました。

GridIONを用いた解析における塩基配列の読み取り精度はどれくらい？

Oxford Nanopore Technologies社の継続的な技術開発によって、解析の性能が常に向上しています。左図は、Nanopore 16S Barcoding Kitを使用してシーケンスデータを取得後、品質の良い5万配列をNCBI 16S Microbial Databaseに対してBLAST検索を行った結果です。ヒットした配列に対する配列一致率の平均値は94.2%でした（一年前の結果は92.4%）。

　GridIONを用いたゲノム解析・ハイブリッドアセンブルのちらしPDF

●お見積り依頼

お見積りフォームがございます。
・ゲノム解析お見積りフォーム（ロングリード・ハイブリッドアセンブル専用）

●お問合せ

お問合せフォーム、メール（dna@gikenbio.com）、または　お電話（042-780-8333）でお気軽にご相談ください。

●サンプル送付先

移転のため、送付先が変更になりました。ご注意ください。
株式会社生物技研
〒252-0154　神奈川県相模原市緑区長竹657　/　TEL　042-780-8333
※平日着でお送りください。発送は元払いでお願いしています。

＜添付書類＞
・サンプル情報提供用紙→サンプル送付時に同封ください。
・オーダーシート→dna@gikenbio.comへ送信ください