ハイブリッドアセンブル

ハイブリッドアセンブル

生物技研では、ロングリードはGridION X5 (Oxford Nanopore Technologies社)で取得し、ショートリードはDNBSEQ-G400(MGI社)で取得します。
ショートリードについては、お手持ちのデータを利用させていただくことも可能です。

バクテリアのハイブリッドアセンブルでは、多くの場合で環状化したゲノムデータが得られています。プラスミド等は、別の配列として環状化されます。また、ゲノムサイズの大きな生物については、下記参考例の通り、scaffold数が大きく減少する結果が得られています。

 

1.ハイブリッドアセンブルプラン

価格(税別)
対象生物 価格 内訳
1. ロングリード取得
2. ショートリード取得*1
3. ハイブリッドアセンブル
バクテリア 140,000円/サンプル 1. 100,000円
2. 40,000円
3. 0円*2
ゲノムサイズ100Mb未満 425,000円/サンプル 1. 225,000円
2. 50,000円
3. 150,000円
ゲノムサイズ100Mb以上 要相談
納期 5~7週間 ※ゲノムサイズ100Mb以上の場合は要相談
作業内容 ・送付DNAの品質確認
・シーケンスライブラリー作製
・シーケンシング解析(GridION X5・ロングリード取得)
・シーケンシング解析(DNBSEQ-G400 150bpペアエンド解析*3・ショートリード取得)
・ハイブリッドアセンブル
ご提供サンプルと情報 ご提供いただくDNAの量と質がとても大事です。
以下「2.ご提供いただくサンプルと情報について」をご覧ください。

*1 ショートリードについては、お手持ちのデータを利用させていただくことも可能です。
*2 弊社にロングリード取得をご依頼いただいた場合に限ります。
*3 200bpペアエンド解析に変更も可能です(解析費用が5,000円/サンプル~、納期が2週間追加となります)

 

2.ご提供いただくサンプルと情報について

ご提供
サンプル
抽出ゲノムDNA
1.DNA量
バクテリア または ゲノムサイズ100Mb未満の解析の場合で、濃度50 ng/ul以上、液量 100ul 以上 が理想です。
最低でもDNA量は 2ugが必要です。
2.DNAの品質
260/230 と 260/280 は 1.5以上、電気泳動で20kbあたりにバンドが見えていることが望ましいです。

DNA抽出からご依頼いただくことも可能です。

弊社では、GridIONゲノム解析用のサンプルについては、Genomic-tip(Qiagen)を用いて、DNA抽出を行います。
DNA抽出料金は30,000円/サンプル(税別)で、納期は1週間追加となります。
ご用意いただくサンプル量の目安は、細胞数 1×10^9 ~ 5×10^9程度、湿重量 20 ~ 100mgです。

ご提供情報 1.サンプル情報提供用紙→サンプル送付時に同封ください
2.オーダーシート→dna@gikenbio.comへ送信ください

 

3.参考事例

弊社で、ヒラメ(Paralichthys olivaceus)のハイブリッドアセンブルを実施しました。
※サンプルは、日本大学 生物資源科学部 海洋生物資源科学科 澤山英太郎様にご提供いただきました。
ヒラメのハイブリッドアセンブル

4. よくある質問

GridIONを用いた解析における塩基配列の読み取り精度はどれくらい?

Oxford Nanopore Technologies社の継続的な技術開発によって、解析の性能が常に向上しています。左図は、Nanopore 16S Barcoding Kitを使用してシーケンスデータを取得後、品質の良い5万配列をNCBI 16S Microbial Databaseに対してBLAST検索を行った結果です。ヒットした配列に対する配列一致率の平均値は94.2%でした(一年前の結果は92.4%)。

5. ちらしPDF

GridIONとハイブリッドアセンブルのちらし GridIONを用いたゲノム解析・ハイブリッドアセンブルのちらしPDF

 

6. お問合せ・サンプル送付先

●お見積り依頼

お見積りフォームがございます。
・ゲノム解析お見積りフォーム(ロングリード・ハイブリッドアセンブル専用)

●お問合せ

お問合せフォーム、メール(dna@gikenbio.com)、または お電話(042-780-8333)でお気軽にご相談ください。

●サンプル送付先

移転のため、送付先が変更になりました。ご注意ください。
株式会社生物技研
〒252-0154 神奈川県相模原市緑区長竹657 / TEL 042-780-8333
※平日着でお送りください。発送は元払いでお願いしています。

<添付書類>
サンプル情報提供用紙→サンプル送付時に同封ください。
オーダーシート→dna@gikenbio.comへ送信ください

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