ハイブリッドアセンブル

ハイブリッドアセンブル

生物技研では、ロングリードはGridION X5 (Oxford Nanopore Technologies社）で取得し、ショートリードはDNBSEQ-G400（MGI社）で取得します。
ショートリードについては、お手持ちのデータを利用させていただくことも可能です。

バクテリアのハイブリッドアセンブルでは、多くの場合で環状化したゲノムデータが得られています。プラスミド等は、別の配列として環状化されます。また、ゲノムサイズの大きな生物については、下記参考例の通り、scaffold数が大きく減少する結果が得られています。

1.ハイブリッドアセンブルプラン

価格（税別） 対象生物 価格 内訳
1. ロングリード取得
2. ショートリード取得*1
3. ハイブリッドアセンブル
バクテリア 140,000円/サンプル 1. 100,000円
2. 40,000円
3. 0円*2
ゲノムサイズ100Mb未満 425,000円/サンプル 1. 225,000円
2. 50,000円
3. 150,000円
ゲノムサイズ100Mb以上 要相談 –
納期 5～7週間　※ゲノムサイズ100Mb以上の場合は要相談
作業内容 ・送付DNAの品質確認
・シーケンスライブラリー作製
・シーケンシング解析（GridION X5・ロングリード取得）
・シーケンシング解析（DNBSEQ-G400 200bpペアエンド解析・ショートリード取得）
・ハイブリッドアセンブル
納品物 以下のデータをDVD等の記録媒体に保存して納品します。
・報告書
・シーケンス生データ（fastq形式）
・アセンブルデータ（fasta形式）
・DDBJのデータベース登録に必要なデータ
ご提供サンプルと情報 ご提供いただくDNAの量と質がとても大事です。
以下「2.ご提供いただくサンプルと情報について」をご覧ください。

*1　ショートリードについては、お手持ちのデータを利用させていただくことも可能です。
*2　弊社にロングリード取得をご依頼いただいた場合に限ります。

2.ご提供いただくサンプルと情報について

ご提供
サンプル		 抽出ゲノムDNA
1.DNA量
バクテリア または ゲノムサイズ100Mb未満の解析の場合で、濃度50 ng/ul以上、液量 100ul 以上 が理想です。
最低でもDNA量は 2ugが必要です。
2.DNAの品質
260/230 と 260/280 は 1.5以上、電気泳動で20kbあたりにバンドが見えていることが望ましいです。

DNA抽出からご依頼いただくことも可能です。

弊社では、GridIONゲノム解析用のサンプルについては、Genomic-tip（Qiagen）を用いて、DNA抽出を行います。
DNA抽出料金は30,000円/サンプル（税別）で、納期は1週間追加となります。
ご提供いただくサンプル量の目安は、細胞数 1×10^9 ～ 5×10^9程度、湿重量 20～100 mg程度です。
ご提供情報 1.サンプル情報提供用紙→サンプル送付時に同封ください
2.オーダーシート→dna@gikenbio.comへ送信ください

3. 参考事例

弊社で、ヒラメ（Paralichthys olivaceus）のハイブリッドアセンブルを実施しました。
※サンプルは、日本大学 生物資源科学部 海洋生物資源科学科　澤山英太郎様にご提供いただきました。
ヒラメのハイブリッドアセンブル

 

4.よくある質問

GridIONを用いた解析における塩基配列の読み取り精度はどれくらい？

Oxford Nanopore Technologies社の継続的な技術開発によって、解析の性能が常に向上しています。左図は、Nanopore 16S Barcoding Kitを使用してシーケンスデータを取得後、品質の良い5万配列をNCBI 16S Microbial Databaseに対してBLAST検索を行った結果です。ヒットした配列に対する配列一致率の平均値は94.2%でした（一年前の結果は92.4%）。

5. ちらしPDF

GridIONとハイブリッドアセンブルのちらし　GridIONを用いたゲノム解析・ハイブリッドアセンブルのちらしPDF

6. お問合せ・サンプル送付先

●お見積り依頼

お見積りフォームがございます。
・ゲノム解析お見積りフォーム（ロングリード・ハイブリッドアセンブル専用）

●お問合せ

お問合せフォーム、メール（dna@gikenbio.com）、または　お電話（042-780-8333）でお気軽にご相談ください。

●サンプル送付先

移転のため、送付先が変更になりました。ご注意ください。
株式会社生物技研
〒252-0154　神奈川県相模原市緑区長竹657　/　TEL　042-780-8333
※平日着でお送りください。発送は元払いでお願いしています。

＜添付書類＞
・サンプル情報提供用紙→サンプル送付時に同封ください。
・オーダーシート→dna@gikenbio.comへ送信ください