ハイブリッドアセンブル

ハイブリッドアセンブル

生物技研では、ロングリードはGridION X5 (Oxford Nanopore Technologies社)で取得し、ショートリードはDNBSEQ-G400(MGI社)で取得します。
ショートリードについては、お手持ちのデータを利用させていただくことも可能です。

バクテリアのハイブリッドアセンブルでは、多くの場合で環状化したゲノムデータが得られています。プラスミド等は、別の配列として環状化されます。また、ゲノムサイズの大きな生物については、下記参考例の通り、scaffold数が大きく減少する結果が得られています。

1.ハイブリッドアセンブルプラン

バクテリア 真核生物
価格(税別) 140,000円/サンプル ゲノムサイズに合わせて①~③を組合せてください。(取得データ量の目安はこちら)。
①ロングリード取得
225,000円/フローセル

フローセル数はゲノムサイズから算出ください。
1フローセルあたりの取得データ量は5-10Gbが目安です(DNAの品質に依存します)。
②ショートリード取得
データ量5Gb 50,000円/サンプル
データ量10Gb 80,000円/サンプル
データ量20Gb 120,000円/サンプル
データ量50Gb 180,000円/サンプル
③ハイブリッドアセンブル
ゲノムサイズ100Mb未満 50,000円/サンプル
ゲノムサイズ1Gb未満 100,000円/サンプル
ゲノムサイズ1Gb以上 要相談
納期 5~7週間 5~8週間 ※ゲノムサイズ1Gb以上は要相談
作業内容 ・送付DNAの品質確認
・ロングリード取得(GridION)
ライブラリー作製・シーケンシング解析
・ショートリード取得(DNBSEQ-G400)※1
ライブラリー作製・シーケンシング解析(200PE・1Gb)
・ハイブリッドアセンブル(オートアノテーション含む)
・送付DNAの品質確認
・ロングリード取得(GridION)
ライブラリー作製・シーケンシング解析
・ショートリード取得(DNBSEQ-G400)※1
ライブラリー作製・シーケンシング解析(200PE)
・ハイブリッドアセンブル
ご提供サンプルと情報 ご提供いただくDNAの量と質がとても大事です。
以下「2.ご提供いただくサンプルと情報について」をご覧ください。

※1 ショートリードについては、お手持ちのデータを利用させていただくことも可能です。

2.ご提供いただくサンプルと情報について

ご提供
サンプル
抽出ゲノムDNA
1.DNA量
<バクテリアの場合> 濃度50 ng/ul以上、液量 100ul 以上 あることが理想です。最低でもDNA量は 2ugが必要です。
同時にショートリードも取得する場合は、最低3 ug必要です。
<真核生物の場合>1フローセルあたり、濃度50 ng/ul以上、液量 200ul 以上 あることが理想です。最低でもDNA量は 1フローセルあたり 3ugが必要です。
同時にショートリードも取得する場合は、1フローセルあたり最低4 ug必要です。
2.DNAの品質
260/230は2.0以上、260/280 は 1.8以上、電気泳動で20kbあたりにバンドが見えていることが望ましいです。
3.バッファー
ヌクレアーゼ活性を抑えて分解を抑えられるTE bufferがお勧めです。
4.送付方法
冷凍便でお送りください。
また、輸送中の大きな揺れによる物理的なせん断を避けるために、梱包の際はサンプルチューブを緩衝材で包んでご送付ください。

DNA抽出からご依頼いただくことも可能です。

弊社では、GridIONゲノム解析用のサンプルについては、Genomic-tip(QIAGEN)を用いて、DNA抽出を行います。
DNA抽出料金は30,000円/サンプル(税別)で、納期は1週間追加となります。
ご提供いただくサンプル量の目安は、細胞数 1×10^9 ~ 5×10^9程度、湿重量 20~100 mg程度です。
凍結融解を避けるため冷蔵便でお送りください。

ご提供情報 1.サンプル情報提供用紙→サンプル送付時に同封ください
2.オーダーシート→dna@gikenbio.comへ送信ください

3. 参考事例

弊社で、ヒラメ(Paralichthys olivaceus)のハイブリッドアセンブルを実施しました。
※サンプルは、日本大学 生物資源科学部 海洋生物資源科学科 澤山英太郎様にご提供いただきました。
ヒラメのハイブリッドアセンブル

 

4. よくある質問

GridIONを用いた解析における塩基配列の読み取り精度はどれくらい?

Oxford Nanopore Technologies社の継続的な技術開発によって、解析の性能が常に向上しています。下図は、Nanopore 16S Barcoding Kitを使用してシーケンスデータを取得後、品質の良い5万配列をNCBI 16S Microbial Databaseに対してBLAST検索を行った結果です。ヒットした配列に対する配列一致率の平均値は94.2%から97.0%にアップしました。

nanopre精度向上

5. ちらしPDF

GridIONとハイブリッドアセンブルのちらし GridIONを用いたゲノム解析・ハイブリッドアセンブルのちらしPDF

6. お問合せ・サンプル送付先

●お見積り依頼

お見積りフォームがございます。
・ゲノム解析お見積りフォーム(ロングリード・ハイブリッドアセンブル専用)

●お問合せ

お問合せフォーム、メール(dna@gikenbio.com)、または お電話(042-780-8333)でお気軽にご相談ください。

●サンプル送付先

移転のため、送付先が変更になりました。ご注意ください。
株式会社生物技研
〒252-0154 神奈川県相模原市緑区長竹657 / TEL 042-780-8333
※平日着でお送りください。発送は元払いでお願いしています。

<添付書類>
サンプル情報提供用紙→サンプル送付時に同封ください。
オーダーシート→dna@gikenbio.comへ送信ください