ハイブリッドアセンブル
生物技研では、ロングリードはGridION X5 (Oxford Nanopore Technologies社）で取得し、ショートリードはDNBSEQ-G400（MGI社）で取得します。
ショートリードについては、お手持ちのデータを利用させていただくことも可能です。
バクテリアのハイブリッドアセンブルでは、多くの場合で環状化したゲノムデータが得られています。プラスミド等は、別の配列として環状化されます。また、ゲノムサイズの大きな生物については、下記参考例の通り、scaffold数が大きく減少する結果が得られています。
1.ハイブリッドアセンブルプラン
| バクテリア | 真核生物 | |
|---|---|---|
| 価格（税別） | 140,000円/サンプル | ゲノムサイズに合わせて①～③を組合せてください。（取得データ量の目安はこちら）。 |
| ①ロングリード取得 225,000円/フローセル フローセル数はゲノムサイズから算出ください。 1フローセルあたりの取得データ量は5-10Gbが目安です（DNAの品質に依存します）。 |
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| ②ショートリード取得 データ量5Gb 50,000円/サンプル データ量10Gb 80,000円/サンプル データ量20Gb 120,000円/サンプル データ量50Gb 180,000円/サンプル |
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| ③ハイブリッドアセンブル ゲノムサイズ100Mb未満 50,000円/サンプル ゲノムサイズ1Gb未満 100,000円/サンプル ゲノムサイズ1Gb以上 要相談 |
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| 納期 | 5～7週間 | 5～8週間 ※ゲノムサイズ1Gb以上は要相談 |
| 作業内容 | ・送付DNAの品質確認 ・ロングリード取得（GridION） ライブラリー作製・シーケンシング解析 ・ショートリード取得（DNBSEQ-G400）※1 ライブラリー作製・シーケンシング解析（200PE・1Gb) ・ハイブリッドアセンブル（オートアノテーション含む） |
・送付DNAの品質確認 ・ロングリード取得（GridION） ライブラリー作製・シーケンシング解析 ・ショートリード取得（DNBSEQ-G400）※1 ライブラリー作製・シーケンシング解析（200PE) ・ハイブリッドアセンブル |
| ご提供サンプルと情報 | ご提供いただくDNAの量と質がとても大事です。 以下「2.ご提供いただくサンプルと情報について」をご覧ください。 |
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※1 ショートリードについては、お手持ちのデータを利用させていただくことも可能です。
2.ご提供いただくサンプルと情報について
| ご提供 サンプル |
 抽出ゲノムDNA1.DNA量 ＜バクテリアの場合＞ 濃度50 ng/ul以上、液量 100ul 以上 あることが理想です。最低でもDNA量は 2ugが必要です。 同時にショートリードも取得する場合は、最低3 ug必要です。 ＜真核生物の場合＞1フローセルあたり、濃度50 ng/ul以上、液量 200ul 以上 あることが理想です。最低でもDNA量は 1フローセルあたり 3ugが必要です。 同時にショートリードも取得する場合は、1フローセルあたり最低4 ug必要です。 2.DNAの品質 260/230は2.0以上、260/280 は 1.8以上、電気泳動で20kbあたりにバンドが見えていることが望ましいです。 3.バッファー ヌクレアーゼ活性を抑えて分解を抑えられるTE bufferがお勧めです。 4.送付方法 冷凍便でお送りください。 また、輸送中の大きな揺れによる物理的なせん断を避けるために、梱包の際はサンプルチューブを緩衝材で包んでご送付ください。 |
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|---|---|---|
DNA抽出からご依頼いただくことも可能です。弊社では、GridIONゲノム解析用のサンプルについては、Genomic-tip（QIAGEN）を用いて、DNA抽出を行います。 |
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| ご依頼の流れ | まずはお見積りをご依頼ください。お見積りフォームをご用意しています。 | |
3. 参考事例
弊社で、ヒラメ（Paralichthys olivaceus）のハイブリッドアセンブルを実施しました。
※サンプルは、日本大学 生物資源科学部 海洋生物資源科学科 澤山英太郎様にご提供いただきました。
4. よくある質問
GridIONを用いた解析における塩基配列の読み取り精度はどれくらい？
Oxford Nanopore Technologies社の継続的な技術開発によって、解析の性能が常に向上しています。下図は、Nanopore 16S Barcoding Kitを使用してシーケンスデータを取得後、品質の良い5万配列をNCBI 16S Microbial Databaseに対してBLAST検索を行った結果です。ヒットした配列に対する配列一致率の平均値は94.2%から97.0%にアップしました。
5. ちらしPDF
GridIONを用いたゲノム解析・ハイブリッドアセンブルのちらしPDF
6. お問合せ・サンプル送付先
●お見積り依頼
お見積りフォームがございます。
・ゲノム解析お見積りフォーム（ロングリード・ハイブリッドアセンブル専用）
●お問合せ
お問合せフォーム、メール（dna@gikenbio.com）、または お電話（042-780-8333）でお気軽にご相談ください。
●サンプル送付先
移転のため、送付先が変更になりました。ご注意ください。
株式会社生物技研
〒252-0154 神奈川県相模原市緑区長竹657 / TEL 042-780-8333
※平日着でお送りください。発送は元払いでお願いしています。
＜添付書類＞
・依頼書→dna@gikenbio.comへ送信ください。あわせてサンプル送付時に印刷したものを同封ください。
