ハイブリッドアセンブル
生物技研では、ロングリードはGridION X5 (Oxford Nanopore Technologies社)で取得し、ショートリードはDNBSEQ-G400(MGI社)で取得します。
ショートリードについては、お手持ちのデータを利用させていただくことも可能です。
バクテリアのハイブリッドアセンブルでは、多くの場合で環状化したゲノムデータが得られています。プラスミド等は、別の配列として環状化されます。また、ゲノムサイズの大きな生物については、下記参考例の通り、scaffold数が大きく減少する結果が得られています。
1.ハイブリッドアセンブルプラン
価格(税別) | 対象生物 | 価格 | 内訳 1. ロングリード取得 2. ショートリード取得*1 3. ハイブリッドアセンブル |
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バクテリア | 140,000円/サンプル | 1. 100,000円 2. 40,000円 3. 0円*2 |
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ゲノムサイズ100Mb未満 | 425,000円/サンプル | 1. 225,000円 2. 50,000円 3. 150,000円 |
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ゲノムサイズ100Mb以上 | 要相談 | – | |
納期 | 5~7週間 ※ゲノムサイズ100Mb以上の場合は要相談 | ||
作業内容 | ・送付DNAの品質確認 ・シーケンスライブラリー作製 ・シーケンシング解析(GridION X5・ロングリード取得) ・シーケンシング解析(DNBSEQ-G400 200bpペアエンド解析・ショートリード取得) ・ハイブリッドアセンブル |
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納品物 | 以下のデータをDVD等の記録媒体に保存して納品します。 ・報告書 ・シーケンス生データ(fastq形式) ・アセンブルデータ(fasta形式) ・DDBJのデータベース登録に必要なデータ |
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ご提供サンプルと情報 | ご提供いただくDNAの量と質がとても大事です。 以下「2.ご提供いただくサンプルと情報について」をご覧ください。 |
*1 ショートリードについては、お手持ちのデータを利用させていただくことも可能です。
*2 弊社にロングリード取得をご依頼いただいた場合に限ります。
2.ご提供いただくサンプルと情報について
ご提供 サンプル |
![]() 1.DNA量 バクテリア または ゲノムサイズ100Mb未満の解析の場合で、濃度50 ng/ul以上、液量 100ul 以上 が理想です。 最低でもDNA量は 2ugが必要です。 2.DNAの品質 260/230 と 260/280 は 1.5以上、電気泳動で20kbあたりにバンドが見えていることが望ましいです。 |
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DNA抽出からご依頼いただくことも可能です。弊社では、GridIONゲノム解析用のサンプルについては、Genomic-tip(Qiagen)を用いて、DNA抽出を行います。 |
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ご提供情報 | 1.サンプル情報提供用紙→サンプル送付時に同封ください 2.オーダーシート→dna@gikenbio.comへ送信ください |
3. 参考事例
弊社で、ヒラメ(Paralichthys olivaceus)のハイブリッドアセンブルを実施しました。
※サンプルは、日本大学 生物資源科学部 海洋生物資源科学科 澤山英太郎様にご提供いただきました。
4.よくある質問
GridIONを用いた解析における塩基配列の読み取り精度はどれくらい?
Oxford Nanopore Technologies社の継続的な技術開発によって、解析の性能が常に向上しています。左図は、Nanopore 16S Barcoding Kitを使用してシーケンスデータを取得後、品質の良い5万配列をNCBI 16S Microbial Databaseに対してBLAST検索を行った結果です。ヒットした配列に対する配列一致率の平均値は94.2%でした(一年前の結果は92.4%)。
5. ちらしPDF
GridIONを用いたゲノム解析・ハイブリッドアセンブルのちらしPDF
6. お問合せ・サンプル送付先
●お見積り依頼
お見積りフォームがございます。
・ゲノム解析お見積りフォーム(ロングリード・ハイブリッドアセンブル専用)
●お問合せ
お問合せフォーム、メール(dna@gikenbio.com)、または お電話(042-780-8333)でお気軽にご相談ください。
●サンプル送付先
移転のため、送付先が変更になりました。ご注意ください。
株式会社生物技研
〒252-0154 神奈川県相模原市緑区長竹657 / TEL 042-780-8333
※平日着でお送りください。発送は元払いでお願いしています。
<添付書類>
・サンプル情報提供用紙→サンプル送付時に同封ください。
・オーダーシート→dna@gikenbio.comへ送信ください