600サイクルキットはMiSeqでのラン試薬のみの販売でしたが、2022年にNextSeq1000/2000に対応した600サイクルキットがリリースされました。
菌叢解析は継続研究が多いので、両機種で同等の結果が得られるのかが気になるところです。
弊社でテストした結果を紹介します（おまけで、MGI社のDNBSEQ-G99の結果もあります）
＜サンプル＞
soil-201：当社社屋の前の土
koen-yagi-soil1-2：当社所有公園のやぎの近くの土
koen-ike-soil1-2：当社所有公園の池の周りの土
schoolyard-1-2：学校の校庭の土
nakatsu-river-2：中津川の川沿いの土
＜解析条件＞
対象領域：16S rRNA V3/V4領域
ライブラリー調製方法：2-step tailed PCR法
シーケンシング条件：2-step法で調製したライブラリーを以下①または②のシーケンサーとラン試薬を用いて、2x300 bpの条件でシーケンシングを行いました。
①MiSeqシステムとMiSeq Reagent Kit v3 (Illumina)
②NextSeq 1000システムとNextSeq 1000/2000 P1 Reagents (600 Cycles) kit (Illumina)
データ解析：菌叢解析用パイプラインQiimeを用いて、系統推定を行いました。
おまけ）上記ライブラリーをMGI社のコンバージョンキットを用いて調製した後、DNBSEQ-G99（MGI）を用いて、2x300 bpの条件でシーケンシングを行った結果も比較しました。
＜結果＞
MiSeq、NextSeq 1000およびDNBSEQ-G99のどのシーケンサーを用いた場合でも、系統推定結果に違いは認められませんでした。
図：主座標分析 (PCoA)の結果
サンプルごとに色分けされており、各色3点（MiSeq、NextSeq1000、DNBSEQ-G99の結果）が近距離にあり差異が少ないことがわかります。
以下URLから実際のデータをご覧いただけます（グラフ右側のSelect a Clolor Categoryの欄でTreatment1（サンプルで群分け）またはTreatment２（シーケンサーで群分け）を選んでいただくとわかりやすいかと思います）。
https://gikenbio.com/data/NextSeq_Weighted_unifrac/index.html
生データや系統推定結果含む全データのダウンロードはこちらから
この結果を受け、弊社では2024年8月よりNextSeq1000を本格稼働させました。ショートリードのアンプリコンシーケンス解析は、MiSeqとの２機種体制になります。
