ITS2領域:gITS7 – ITS4 プライマー情報

●プライマー配列(5’→3’)/アンプリコンシーケンス解析(illumina MiSeq)用
gITS7_MIX:
ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-NNNNNGTGARTCATCGARTCTTTG
ITS4_MIX:
GTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT-NNNNNTCCTCCGCTTATTGATATGC

細字:アダプター配列(2nd PCR用のプライマーとの相同部分)
赤字 N:シーケンス解析時における品質向上を目的として、0-5塩基の異なる長さのランダム配列が挿入された混合プライマーです
太字:ITS との相同配列

●参考文献
Ihrmark K et al. FEMS Microbiol Ecol (2012) 82(3):666-677

●1stPCR後の増幅長
ITS領域は生物種により長さが異なるため、複数の長さの増幅産物が得られる可能性があります。

1stPCRの反応組成と反応条件例

以下は、 PCR 酵素に KOD FX Neo [TOYOBO]を使用した例です。
他の PCR 酵素を使用する場合は、そのPCR酵素推奨の反応組成・反応条件で調製してください。

●反応組成

2× PCR Buffer for KOD FX Neo
10.0 ul
dNTPs (each 2 mM)
4.0 ul
10 uM Forward primer
0.4 ul
10 uM Reverse primer
0.4 ul
Template DNA (0.5 ng)
2.0ul
KOD FX Neo (1.0 U/uL)[TOYOBO]
0.4 ul
Nuclease-Free Water
2.8 ul
Total
20.0 ul

 

●反応温度

94°C
2min
94°C
15sec|
50°C
30sec|25-35 cycles
68°C
60sec|
68°C
7min

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