●プライマー配列(5’→3’)/アンプリコンシーケンス解析(illumina MiSeq)用
1st-cMiFish F:
①ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-NNNNNN–RGTTGGTAAATCTCGTGCCAGC
②ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-NNNNNN–GTCGGTAAAACTCGTGCCAGC
③ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-NNNNNN–GCCGGTAAAACTCGTGCCAGC
④ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-GCCGGTTAATCTCGTGCCAGC
1st-cMiFish R:
①GTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT-NNNNNN–GCATAGTGGGGTATCTAATCCTAGTTTG
②GTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT-NNNNNN–CATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG
③GTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT-NNNNNN–CATAGGAGGGTGTCTAATCCCCGTTTG
④GTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT-CATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG
※それぞれ①:②:③:④=2:4:2:1で混合したプライマーです。
細字:アダプター配列(2nd PCR用のプライマーとの相同部分)
赤字 N:シーケンス解析時における品質向上を目的として、1-6塩基の異なる長さのランダム配列が挿入された混合プライマーです
太字:12S rRNA との相同配列
●参考文献
Miya M et al. R. Soc. open sci. (2015) 2:150088
●1stPCR後の増幅長
約290 bp
1stPCRの反応組成と反応条件例
以下は、 PCR 酵素に ExTaq HS [TaKaRa]を使用した例です。
他の PCR 酵素を使用する場合は、そのPCR酵素推奨の反応組成・反応条件で調製してください。
●反応組成
- 10x Ex buffer
- 2.0 ul
- dNTPs (each 2.5 mM)
- 1.6 ul
- 10 uM Forward primer
- 1.0 ul
- 10 uM Reverse primer
- 1.0 ul
- Template DNA (2 ng)
- 4.0ul
- ExTaq HS[TaKaRa](5 U/ul)
- 0.15 ul
- 滅菌蒸留水
- 10.25 ul
- Total
- 20.0 ul
●反応温度
- 94°C
- 2min
- 94°C
- 20sec|
- 65°C
- 15sec|35 cycles
- 72°C
- 20sec|
- 72°C
- 5min