16S rRNA V4領域:515F-806R プライマー情報

●プライマー配列(5’→3’)/アンプリコンシーケンス解析(illumina MiSeq)用
1st_PCR_515F_MIX:
ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-NNNNNGTGCCAGCMGCCGCGGTAA
1st_PCR_806R_MIX:
GTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT-NNNNNGGACTACHVGGGTWTCTAAT

細字:アダプター配列(2nd PCR用のプライマーとの相同部分)
赤字 N:シーケンス解析時における品質向上を目的として、0-5塩基の異なる長さのランダム配列が挿入された混合プライマーです
太字:16S rRNA との相同配列

●参考文献
Caporaso et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA (2011) 108 Suppl1:4516-4522.

●1stPCR後の増幅長
約370 bp

1stPCRの反応組成と反応条件例

以下は、 PCR 酵素に KOD FX Neo [TOYOBO]を使用した例です。
他の PCR 酵素を使用する場合は、そのPCR酵素推奨の反応組成・反応条件で調製してください。

●反応組成

2× PCR Buffer for KOD FX Neo
10.0 ul
dNTPs (each 2 mM)
4.0 ul
10 uM Forward primer
0.4 ul
10 uM Reverse primer
0.4 ul
Template DNA (0.5 ng)
2.0ul
KOD FX Neo (1.0 U/uL)[TOYOBO]
0.4 ul
Nuclease-Free Water
2.8 ul
Total
20.0 ul

 

●反応温度

94°C
2min
98°C
10sec|
50°C
30sec|25-35 cycles
68°C
30sec|
68°C
7min

遺伝子解析サービスについて

BSL2サンプルの受け入れについて

DDBJへの登録について

新しい試み