RNAseq(遺伝子発現解析)サービス

RNA-seq(遺伝子発現解析)サービス

RNA-seq(遺伝子発現解析)サービス内容

納期重視プラン 価格重視プラン
価格と納期 価格 100,000円/サンプル(税別)
納期 約1ヶ月(20営業日)
<1~5サンプルの場合>
価格 80,000円/サンプル(税別)
納期 約3ヶ月
<6サンプル以上の場合>
価格 70,000円/サンプル(税別)
納期 約3ヶ月
※ご依頼は2サンプル以上から承ります
※rRNA除去が必要な場合(バクテリア等)は+30,000円/サンプル(税別)となります
シーケンス解析方法 NextSeq 75bpペアエンド解析
データ量 2,000万リード/1.5Gb
(サンプルがバクテリア等の場合は1,000万リード/0.75Gb)
サービス内容 ・オリゴdTでmRNAを精製、ランダムプライマーでcDNA合成
・シーケンスライブラリー作製
(サンプルがバクテリア等の場合、rRNA除去が必須です。+30,000円/サンプル)
・シーケンシング解析
・データ解析
Tophatソフトウェアを用いてレファレンス配列にマッピングいたします。
その後、featureCountsを用いてカウントを行った後、RPKM正規化を行います。
※cufflinksを用いた解析も対応可能です。
ご提供
サンプル
トータルRNA1μg以上(50ng/ul、20ul程度)
※滅菌水に溶解した状態で冷凍便を使用して送付ください。
※1μg以上のトータルRNAがご用意できない場合は、ご相談ください。
ご提供
情報
レファレンス配列(fasta形式)
遺伝子アノテーション情報(gff形式, gtf形式)
※データはCD-RやUSBに入れて送付頂くか、ダウンロードできるURLをご連絡下さい。
De novo transcriptome assemblyの解析をご希望のお客様は、お送り頂かなくても結構です。サンプル送付時に下記依頼書にご記入いただき、dna@gikenbio.comへ送信してください
データ解析依頼書.docx

 

オプション
項目 備考 価格
(税別)
発現比較解析 <参照ゲノム配列あり>
iDEGES正規化(Sun et al., BMC Bioinformatics, 2013)後、edgeRを用いて発現変動遺伝子を検出致します。
1パターン50,000円
(追加1パターンごと+10,000円)
<参照ゲノム配列なし>
De novo transcriptome assemblyで得られたcontigに対しRSEMを用いてマッピングを行います。その後、edgeRを用いて発現変動遺伝子を検出致します。
主成分分析(PCA) 遺伝子発現プロファイルの類似性を座標分布で示します。 10,000円
クラスタリング解析 遺伝子発現プロファイルの類似性を階層クラスタリングで示します。 10,000円
ヒートマップ解析 遺伝子発現プロファイルを色で表現した可視化グラフを提供します。 20,000円
パスウェイ解析(→詳細 KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)を利用したパスウェイ解析です。 発現変動解析の結果から同定された遺伝子が、どのような代謝系に関わっているのかを可視化させます。(→詳細 1パターン70,000円
(追加1パターンごと+10,000円)
Gene Ontology(GO)解析 全遺伝子のGO termと発現比較解析の結果から同定された発現変動遺伝子のGO termについて、出現頻度の比較とFisher検定による有意差検定を行います。発現変動遺伝子の特徴的なGO termを推定することができます。 1パターン70,000円
(追加1パターンごと+10,000円)
パスウェイ解析とGO解析のセット割引 パスウェイ解析とGO解析の両方が10万円でご利用いただけます。
70,000+70,000-40,000=100,000円
-40,000円
De novo transcriptome assembly 参照ゲノム配列がない非モデル生物の遺伝子カタログ作成を、Trinityを用いて行います。 100,000円
rRNA除去 イルミナ社のRibo-Zeroを使用して、rRNAを除去します。 30,000円
/サンプル
RNA抽出 QIAGEN社のRNeasyを使用して、トータルRNAを抽出します。 20,000円
/サンプル

 

 

RNA-seq解析(発現解析)の流れ

 (お客様)サンプルと情報のご提供
Total RNA (50ng/ul、20ul 程度 )(注1)とレファレンスになる配列 (fasta形式)と遺伝子アノテーション情報 (gff形式かgtf形式) (注2)を弊社へお送り下さい。
ライブラリー作製
rRNAの品質確認(注3)後、ライブラリーを作製致します。
その後、ライブラリーの濃度と品質を確認致します。
シーケンス解析
Illmina社のシーケンサーを使用してシーケンシング解析を行います。75bpペアエンドリードあるいは100bpペアエンドリードを取得します。
データ解析(注4)
(マッピングから正規化)
Tophatソフトウェアを用いてレファレンス配列にマッピング致します。その後、featureCountsを用いてカウントを行った後、RPKM正規化を行ったデータを提供致します。
<オプション>発現比較解析
 オプション解析の説明は上記オプション料金表をご覧ください。
<オプション>主成分分析
<オプション>クラスタリング解析
<オプション>ヒートマップ解析
<オプション>パスウェイ解析
<オプション>Gene Ontology解析
(注1) 滅菌水に溶解した状態で冷凍便で送付して下さい。
(注2) データはCD-RやUSBに入れて送付頂くか、ダウンロードできるURLをご連絡下さい。 De novo transcriptome assemblyの解析をご希望のお客様は、お送り頂かなくても結構です。
(注3) rRNAの分解が進んでおり、シーケンシング解析を行って もデータが得られないと判断した場合は、中止させていただきます(この場合のご請求は行 いません)。
(注4) De novo transcriptome assembly解析の場合、解析方法が通常の解析とは異なります。

RNA-seq解析(発現解析)の具体例

遺伝子発現行列データをエクセルデータで納品します。>>詳しいデータをご覧いただけます。
サンプル毎にどの遺伝子に何リードマッピングされたかを示しています。また、RPKM正規化後の数値も示しています。
count

1.遺伝子発現比較解析の結果をエクセルデータで納品します。>>詳しいデータをご覧いただけます。

===データの見方===
-sample_name: 正規化前のリードカウント
– a.value: log2(平均発現量)
– m.value: log2(発現比)
– p.value: p値
– q.value: q値 (false discovery rate(FDR))
– rank: q値が低い順にランク付けされています。
– estmatedDEG: 「1」は発現変動遺伝子(q<0.05)、「0」は発現変動遺伝子ではないこと(q>0.05)を示します。2.MAプロットの図をpng形式で納品します。
MAplot
横軸がlog2(平均発現量(A))、縦軸がlog2(発現比(M))を示しています。

1.相関行列をエクセルデータで納品します。>>詳しいデータをご覧いただけます。
correlation2.主成分分析の結果をpng形式で納品します。
PCoA RNAseq

ヒートマップの図をpng形式で納品します。
Heatmap RNAseq

クラスタリングの結果をpng形式で納品します。
clustering

パスウェイ解析の結果をテキストデータで納品します。>>詳しいデータをご覧いただけます。KEGGエクセルで開くことができます。
RNAseq(遺伝子発現解析)サービスのパンフレットPDF

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