9月にPacBio Sequel IIのサービスを開始したので、nanoporeのサービスページは閉鎖し、個別のご要望にご対応させていただくのみにしておりました。閉鎖した理由はロングリードで解析したいけど、nanoporeとPacBioどっちがいいの？っていう問題を発生させてしまうと判断したからです。そこから3カ月弱経過したのですが、nanoporeのページを復活させることにしました。
ゲノムサイズが小さいバクテリアの解析の場合、状況によってはnanoporeを使った方が良い場合があると判断したからです。具体的には長いリピート配列（繰り返し配列配列）が存在する場合です。現在弊社はPacBio Sequel IIでの解析ではHiFiリードの取得のみにしております。ショートリードタイプのシーケンサーと同程度の読み取り品質でリード長は10-17kb程度です（弊社実績）。リピート配列が長い場合、その部分を突破できない可能性が出てきます。一方でnanoporeは50kbを越えるリードも普通に得られます。また、必要なDNA量がPacBio Sequel IIより少なくて済むのもメリットです。すでにショートリードのデータを取得している場合は10万円と金額的にもお安くなります。
バクテリアのゲノム解析の場合
PacBio Sequel IIでの解析 価格12万円/必要なDNA量4ug
nanopore+DNBSEQでのハイブリッドアセンブル 価格14万円/必要なDNA量2ug
ゲノムサイズの大きな生物については今のところPacBio Sequel II一択でよいと考えています。
