ゲノム解析・ショットガンメタゲノム解析（ロングリード・PacBio社）
PacBio Revio / Sequel lle で取得する「HiFiリード」は、長くて（10-15 kb）、美しい（精度が99%以上）です。ショートリードを用いた従来法に比べ、コンティグの数は圧倒的に少なく、ギャップが生まれにくいです。そのため、完全長ゲノムDNAを目指す場合に非常に有効な手段です。原核生物の場合、ほぼ環状化できています。
Contents
1.ゲノム解析・ショットガンメタゲノム解析（ロングリード・PacBio Revio / Sequel lle）サービス概要
※1 取得データ量が1 Gb以上でも適用されます。
※2 取得データ量は、ゲノムサイズの20倍が目安です。ゲノムサイズに応じて複数セルでのシーケンシング解析が必要になります。
※3 サンプルに依存するため、データ保証はできません。
| 作業内容 | ・送付サンプルのDNA濃度測定（蛍光法による2本鎖DNAの定量・吸光度によるDNAの定量・純度測定・電気泳動） ・シーケンスライブラリー作製（Ultra-Lowのマニュアルに従いPCR増幅してライブラリー作製） ・シーケンシング解析（PacBio Revio または Sequel lleを用いてHiFiリードを取得） ・アセンブル（オートアノテーション含む）※原核生物の場合のみ PCRフリーのライブラリー調製も可能です。お見積り依頼時にその旨をお知らせください。 |
|---|---|
| 納品物 | 納品形態は上の表をご覧ください（ダウンロードまたは記録媒体での納品となります）。 ・報告書 ・シーケンス生データ（fastq形式） ・DDBJのデータベース登録に必要なデータ ・アセンブルおよびオートアノテーションデータ ※原核生物の場合のみ |
| ご提供 サンプル |
1.DNA量 濃度5 ng/ul以上、総量 200 ng以上 PCRフリーのライブラリー調製をご希望の場合は、濃度50 ng/ul以上、総量 4 ug以上 ※複数セル占有でご依頼の場合は、1セルごとに上記のDNAが必要です。
2.DNAの品質 ＜お客様で事前に確認する場合＞A260/230は2.0以上、A260/280 は 1.8以上、電気泳動で20kb以上にバンドが見えていることが望ましいです。 3.バッファー 4.送付方法 |
| ご依頼の流れ | まずはお見積りをご依頼ください。お見積り依頼フォームをご用意しています。 |
2.オプション
2-1.DNA抽出＆微量DNA対応
| 項目 | 備考 | 価格（税別） | 追加納期 |
|---|---|---|---|
| DNA抽出（ロングリード用） | Genomic-tip（QIAGEN）等の長鎖DNA用抽出キットを用いて、DNA抽出を行います。 <サンプル量の目安と送付方法> ●菌体の場合 ご提供いただくサンプル量の目安は、細胞数 5×10^9以上、湿重量 100 mg以上です。ただし、菌種によってはDNA抽出効率が悪いものもありますので、多めに送付していただくのがよいです。 また、死菌が増えてくるとDNAが断片化されてしまいますので、死菌の少ない対数増殖期に集菌をお願いします。 菌体ペレットを-80℃保管後、ドライアイスを同梱して、冷凍便でお送りください。 ●菌体以外の場合 菌体と同様、多めにご送付ください。 採取後速やかに-80℃保管後、ドライアイスを同梱して、冷凍便でお送り下さい。 |
30,000円/サンプル | 5営業日 |
2-2.オプション（データ解析_ゲノム解析用）
| 項目 | 備考 | 価格（税別） | 追加 納期 |
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|---|---|---|---|---|
| 原核生物向け | マニュアルアノテーション | オートアノテーションから得られた予測遺伝子をKEGGやGOデータベースに登録されている配列と比較することで、得られた予測遺伝子にKEGG_IDやGO_IDを対応させます。 | 70,000円/サンプル | 5営業日 |
| アノテーション解析（二次代謝） | antiSMASHを使ってゲノム配列から二次代謝系遺伝子のアノテーションを行います。 | 10,000円/サンプル | なし | |
| アノテーション解析（抗生物質耐性） | AMRFinderPlusとResFinderを使ってゲノム配列から抗生物質耐性遺伝子のアノテーションを行います。 | 10,000円/サンプル | なし | |
| ANI (Average nucleotide identity)*2 | アセンブル後の配列同士をアライメントし、類似度を計算します。比較する菌株が同種であるか確認するのに有効な解析です。 | 10,000円/解析 | なし | |
| wgMLST (Whole genome multilocus sequence typing)*2 | アセンブル後の配列を使って、ゲノムワイドに遺伝子型の判定をします。 | 10サンプルまで一律40,000円 ※11サンプル以上の場合、1サンプルあたり+2,000円 |
5営業日 | |
| 真核生物向け | アセンブル | IPAによるアセンブルを行います。その後、BUSCOを使ってeukaryotaをモデルにアセンブルされたゲノムデータの完全性を確認します。 | 30,000円/サンプル | 5営業日 |
| AUGUSTUSを用いた遺伝子予測 | アセンブル配列から遺伝子領域を予測します。 | 20,000円/サンプル | 5営業日 | |
| RNA-seqを用いた遺伝子予測 | サンプル送付時にトータルRNAも送付いただく必要があります。 | 40,000円/サンプル | 5営業日 | |
| SNP/InDel解析 | SNPsと短いIndelを検出する解析です。 DeepVriantを用いて検出された変異部位をvcf形式で納品します。 gff形式(遺伝子位置情報)がある場合は、snpEffを用いて、vcfに対してアノテーションした結果も納品します。 |
20,000円/サンプル | 5営業日 ※総取得データ量が15Gb超の場合は、15Gbあたり+5営業日 |
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| 構造変異(Structural variant)解析 | 挿入や欠失、逆位、重複、転座を検出する解析です。 pbsvを用いて構造多型を検出したvcf形式で納品します。 |
20,000円/サンプル | ||
| ヒトタンデムリピート解析★2024.05 New!★ | HiFiリードとタンデムリピートジェノタイピングツール（TRGT）を用い、vcfとその情報をまとめた表を納品します。 ＊現在、ヒトゲノムの参照配列hg38のみ対応で、Y染色体の同定には対応してしません。ご依頼する際にサンプルの性別情報をご提供ください（標準は女性として解析を行います）。 |
20,000円/サンプル | 5営業日 | |
*2 データベースに登録されているゲノム配列を含めて解析することが可能です。ご希望の場合は、配列のURLをお送りください。ANIは最大10配列までご指定可能です。wgMLSTはご指定配列数がサンプル数としてカウントされます。
2-2.オプション（データ解析_ショットガンメタゲノム解析用）
| 項目 | 備考 | 価格（税別） | 追加 納期 |
|---|---|---|---|
| 特定生物由来のリードの除去 | 取得したリードから特定の生物のリードを除去します。 例1）ヒト糞便サンプルから腸内細菌を解析する場合に、大量に含まれているヒト由来のリードを除去する 例2）植物サンプルから共生細菌を解析する場合に、大量に含まれている植物由来のリードを除去する |
8サンプルまで一律50,000円 ※9サンプル以上の場合、1サンプルあたり+6,250円 |
2営業日 ※9-20サンプルは3営業日 21-40サンプルは5営業日 41サンプル以上は要相談 |
| アセンブル・MAGの構築 | metaMDBGよるアセンブルとポリッシングを行い、Pacbio社開発したHiFi-MAG-Pipelineを用いて、MAG(Metagenome Assembled Genome)を構築します。 | 8サンプルまで一律100,000円 ※9サンプル以上の場合、1サンプルあたり+12,500円 |
10営業日 ※9-20サンプルは15営業日 21-40サンプルは20営業日 41サンプル以上は要相談 |
| アセンブル・MAGの構築・遺伝子予測・機能解析 | 構築されたMAGに対して、prokkaによるオートアノテーションを行います。KEGG解析を用いて、予測されたタンパク質の機能的分類を行います。 | 8サンプルまで一律200,000円 ※9サンプル以上の場合、1サンプルあたり+25,000円 |
20営業日 ※9-20サンプルは30営業日 21-40サンプルは40営業日 41サンプル以上は要相談 |
| ┗ KEGG pathway classification chart | 各サンプルに対して、分類されたKEGGカテゴリーに関連する遺伝子の割合を可視化します。また、機能pathwayの視点でサンプル間の違いを比較することができます。 デモデータはこちら |
10,000円 | なし |
3.よくある質問
Q1.同じくロングリードを取得できるナノポア社のシーケンサーでの解析と何が違うの？
リードの精度が圧倒的に違います。
PacBio Revio / Sequelを用いたシーケンシング解析で取得できる「HiFiリード」はイルミナ社のショートリード以上の精度なので、ロングリードのみでアセンブルができます。
4.ちらしPDF
PacBio Revio / Sequel lleを用いたゲノム解析・ショットガンメタゲノム解析のパンフレットPDF
5.お問合せ・サンプル送付先
●お見積り依頼
お見積りフォームがございます。
・ゲノム解析お見積りフォーム（ロングリード専用）
●お問合せ
お問合せフォーム、メール（dna@gikenbio.com）、または お電話（042-780-8333）でお気軽にご相談ください。
●サンプル送付先
株式会社生物技研
〒252-0154 神奈川県相模原市緑区長竹657 / TEL 042-780-8333
※平日着でお送りください。発送は元払いでお願いしています。
＜添付書類＞
・依頼書→dna@gikenbio.comへ送信ください
