●プライマー配列(5’→3’)/アンプリコンシーケンス解析(illumina MiSeq)用
1st-fITS7:
ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-GTGARTCATCGAATCTTTG
1st-ITS4:
GTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT-TCCTCCGCTTATTGATATGC
細字:アダプター配列(2nd PCR用のプライマーとの相同部分)
太字:ITS との相同配列
※2023.12.19 Forwardの配列に誤りがあったため、修正いたしました。
誤)ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-GAACACAGCGAAATGTGA
正)ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-GTGARTCATCGAATCTTTG
●参考文献
Ihrmark K et al. FEMS Microbiol Ecol (2012) 82(3):666-677
●1stPCR後の増幅長
ITS領域は生物種により長さが異なるため、複数の長さの増幅産物が得られる可能性があります。
1stPCRの反応組成と反応条件例
以下は、 PCR 酵素に KOD FX Neo [TOYOBO]を使用した例です。
他の PCR 酵素を使用する場合は、そのPCR酵素推奨の反応組成・反応条件で調製してください。
●反応組成
- 2× PCR Buffer for KOD FX Neo
- 10.0 ul
- dNTPs (each 2 mM)
- 4.0 ul
- 10 uM Forward primer
- 0.4 ul
- 10 uM Reverse primer
- 0.4 ul
- Template DNA (0.5 ng)
- 2.0ul
- KOD FX Neo (1.0 U/uL)[TOYOBO]
- 0.4 ul
- Nuclease-Free Water
- 2.8 ul
- Total
- 20.0 ul
●反応温度
- 94°C
- 2min
- 94°C
- 15sec|
- 50°C
- 30sec|25-35 cycles
- 68°C
- 60sec|
- 68°C
- 7min