ITS2領域:fITS7 – ITS4 プライマー情報

●プライマー配列(5’→3’)/アンプリコンシーケンス解析(illumina MiSeq)用
1st-fITS7:
ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-GTGARTCATCGAATCTTTG
1st-ITS4:
GTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT-TCCTCCGCTTATTGATATGC

細字:アダプター配列(2nd PCR用のプライマーとの相同部分)
太字:ITS との相同配列

※2023.12.19 Forwardの配列に誤りがあったため、修正いたしました。
誤)ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-GAACACAGCGAAATGTGA
正)ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-GTGARTCATCGAATCTTTG

●参考文献
Ihrmark K et al. FEMS Microbiol Ecol (2012) 82(3):666-677

●1stPCR後の増幅長
ITS領域は生物種により長さが異なるため、複数の長さの増幅産物が得られる可能性があります。

1stPCRの反応組成と反応条件例

以下は、 PCR 酵素に KOD FX Neo [TOYOBO]を使用した例です。
他の PCR 酵素を使用する場合は、そのPCR酵素推奨の反応組成・反応条件で調製してください。

●反応組成

2× PCR Buffer for KOD FX Neo
10.0 ul
dNTPs (each 2 mM)
4.0 ul
10 uM Forward primer
0.4 ul
10 uM Reverse primer
0.4 ul
Template DNA (0.5 ng)
2.0ul
KOD FX Neo (1.0 U/uL)[TOYOBO]
0.4 ul
Nuclease-Free Water
2.8 ul
Total
20.0 ul

 

●反応温度

94°C
2min
94°C
15sec|
50°C
30sec|25-35 cycles
68°C
60sec|
68°C
7min

遺伝子解析サービスについて

BSL2サンプルの受け入れについて

DDBJへの登録について

新しい試み