1.Iso-seq解析（ロングリードRNA-seq解析・PacBio）サービス概要
| 対象生物 | 真核生物のみ。 cDNA合成にoligo dTを用いているので、polyAを持たない生物はLib調製できず解析不可となります。 |
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| 価格（税別） | 10万リード 150,000円/サンプル ★2025.05 お試し10万リードプラン登場★ 100万リード 420,000円/サンプル 200万リード 525,000円/サンプル 500万リード程度（１セル占有）※1 800,000円/セル 取得データ量は全遺伝子数の20-50倍が目安です。 |
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| 納期 | 30営業日 ※3セル以上の場合は要相談 |
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| 作業内容 | ・送付サンプル（トータルRNA）の品質確認 ・オリゴdTプライマーでcDNA合成 ・シーケンスライブラリー作製 ・シーケンシング解析（PacBio Revio） ・データ解析 リードの振り分けおよびIndex配列の除去を行った後、完全長リードのノイズを除去します。Iso-Seq3を用いて、フィルタリングした完全長リードをクラスタリングします。 その後、参照配列がある場合は、pbmm2を用いてクラスタリングしたhq.fastaを参照配列にマッピングを行います。Iso-Seq3を用いて、固有のアイソフォームに分類します。参照gtfもある場合は、SQANTI3を用いて、統合したアイソフォームをアノテーションします。 |
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| 納品物 | 以下のデータをDVDやUSB等の記録媒体に保存して納品します。 | |
| ①シーケンス生データ（fastq＆bam形式） ②クラスタリングの結果 (エクセルファイルとfasta形式) ③DDBJのデータベース登録に必要なデータ |
→参照配列がなければ納品物は①～③の3点のみです 納品データのサンプル |
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| ④固有のアイソフォームの分類データ(gff形式など) ⑤Mappingの結果(bam形式) ⑥参照配列（fasta&fasta.fai形式） |
→参照配列があるが、参照gtfがなければ①～⑥を納品します。納品データのサンプル（①～⑥） | |
| ⑦Annotation結果（エクセルファイル） ⑧参照遺伝子アノテーション（gtf形式） |
→参照配列とgtfともあれば、①～⑧を納品します。納品データのサンプル（①～⑧） | |
| ご提供 サンプル |
トータルRNA 1 μg以上/1セル（＞50ng/ul、＞20ul） ※RNase-free waterに溶解した状態で冷凍便を使用して送付ください。 |
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| ご依頼の流れ | まずはお問合せフォームからお見積りをご依頼ください。 | |
※1 サンプルに依存するため、データ量の保証はできません。また、1サンプル分のライブラリー調製費用は上記に含まれています。複数サンプルご依頼の場合は、2サンプル目以降からライブラリー調製費用100,000円/サンプルが別途必要です。
2.オプション
| 項目 | 備考 | 価格（税別） | 追加 納期 |
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| RNA抽出 | QIAGEN社のRNeasy等を使用して、トータルRNAを抽出します。 ＜ご提供サンプル量の目安＞ 酵母：細胞数 5×10^7程度、湿重量 25 mg程度 植物（葉）：湿重量 50 mg程度、直径1.5cm 動物細胞：細胞数 1×10^7程度、湿重量 20 mg程度 動物組織：湿重量 20 mg程度 |
20,000円/サンプル | 5営業日 | |
2025年6月 データ解析のオプションは終了しました。
3.よくある質問
Q1.推奨のRNA抽出キットは？
特にございません。弊社ではQIAGEN社のRNeasyシリーズを使用することが多いです。
Q2.DNase処理は必要？
ゲノムDNAの混入は望ましくないので、DNase処理をお勧めします。
Q3.送付の際、バッファーは何でもよい？
滅菌水のほか、Tris や TE 、抽出キットの溶出バッファーでも構いません。但し、塩濃度が高いバッファーの場合、QCの電気泳動がうまくいかない可能性がありますので、避けてください。
Q4.RIN値の目安は？
バイオアナライザーのRIN値で7以上が目安です。送付前にお客様側でも品質確認される際は、参考にしてください。
Q5.送付時の温度帯は？
●total RNA送付の場合
冷凍便を利用し、必ずドライアイスを同梱してください。
●生サンプル送付（弊社にRNA抽出もご依頼）の場合
◇RNAlaterなどの核酸保存液に浸しているサンプル
冷凍便を利用し、ドライアイスは同梱せずに送付してください（核酸保存液は-20℃以下で凍結してしまうため）。
◇-80℃で保存していたサンプル
冷凍便を利用し、必ずドライアイスを同梱してください。
4.ちらしPDF
Iso-seq解析（ロングリードRNA-seq解析・PacBio社）
5.お問合せ・サンプル送付先
お見積り・お問合せ
お問合せフォーム、メール（dna@gikenbio.com）、または お電話（042-780-8333）でお気軽にご相談ください。
サンプル送付先
株式会社生物技研
〒252-0154 神奈川県相模原市緑区長竹657 / TEL 042-780-8333
※平日着でお送りください。発送は元払いでお願いしています。
＜添付書類＞
・依頼書→dna@gikenbio.comへ送信ください。あわせてサンプル送付時に印刷したものを同封ください。
