環境DNA メタバーコーディング解析

網羅的環境DNA メタバーコーディング解析

環境中のDNAをPCR法で増幅した後、次世代シーケンサーを使用してシーケンシングを行います。次世代シーケンサーを用いることで、さまざまな生物に由来するDNAの配列を同時に取得することが可能です。取得した配列とデータベースの配列を比較し、採水された場所に生息する生物を推定します。

<2017 spring news!>
魚類相・動物相だけでなく、哺乳類相や節足動物相の解析も可能になりました。

環境DNA メタバーコーディング解析

価格 40,000円/サンプル(税別)
<内訳>
・フィルターろ過とDNA抽出 20,000円/サンプル
・メタバーコーディング解析 20,000円/サンプル
納期 20営業日
オプション 1st PCR 8反復: +5,000円(税別)
より正確なデータを得るため、弊社の環境DNAメタバーコーディング解析では1st PCRを4反復行います。
得られたPCR産物は1つにまとめられ、2nd PCRに使用されます。
1st PCRをさらに4反復増やす上記のオプションは、サンプリングした環境中で存在頻度の低い生物種をより検出したい場合にご利用をオススメしています。
2017年1月よりサンプル情報提供用紙のご記入をお願いしております。
必ずこちらの「サンプル情報提供用紙」にご記入いただき、解析サンプル発送時に同封願います。

 

環境DNA メタバーコーディング解析の流れ

 

(お客様)サンプルの送付

 

水サンプル(1L)を冷蔵便で送付下さい。
(1stPCR8反復のオプションご希望の場合は2L以上を送付ください)。
必ず「サンプル情報提供用紙」を同封してください。
冷蔵保管と発送が難しい場合は下記を参考にしてください。
環境DNA解析用の水サンプルの保管と発送方法について
フィルターろ過
0.7μm フィルター(GF/F)を用いて、吸引ろ過を行います。
DNA抽出(注1)
フィルターに残った物質からDNAを抽出します。

 

メタバーコーディング解析

 

 

ライブラリー作製
12SrRNAやCOI領域などをターゲットとして、ライブラリーを作製します。その後、ライブラリーの濃度と品質を確認致します。
シーケンス解析
Illumina MiSeqを使用してシーケンシング解析を行います。試薬はMiSeq Reagent Kit V3 (600cycles)を使用し、2x300bpのpaired-endリードを取得します。
データ解析
usearchソフトウェアを用いて、得られたリードをoperational taxonomic unit (OTU)にまとめます。OTUとリードカウントをまとめた表をご提供致します。また、データベースの配列と98%以上の配列相同性があるOTUは、種名を併記します。

注1)抽出されたDNAは、メタバーコーディング解析だけでなく qPCR解析にも使用することが可能です(追加料金: 15,000円/生物種)。

 

 

環境DNA メタバーコーディング解析の具体例

各OTUに対して、検出されたリード数と対応する生物種を示した「エクセルデータ」を提供致します。また、データベースの配列と98%以上の相同性があったOTUのみ相同性トップ10まで和名を明記致します。

例1)相模湾における魚類相の推定 >>詳しいデータをご覧いただけます。 >>相模川版もあります
sagamiwan
相模湾
各サンプル地点おける各生物種由来のリード数を示しています。プライマーは、MiFish (Miya et al., 2015)を使用しました。

例2)哺乳類相の推定  >>詳しいデータをご覧いただけます。
哺乳類解析結果
各サンプル地点おける各生物種由来のリード数を示しています。プライマーは、MiMammal (Ushio et al., 2016)を使用しました。

例3)節足動物相の推定  >>詳しいデータをご覧いただけます。
節足動物相解析データ
各サンプル地点おける各生物種由来のリード数を示しています。プライマーは、MiInsect(弊社にて開発)を使用しました。

例4)動物相の推定  >>詳しいデータをご覧いただけます。
COI
各サンプル地点おける各生物種由来のリード数を示しています。COI増幅プライマー(Leray et al., 2013)を使用しました。

 

●使用機器

イルミナMiSeq
Illumina社の次世代シーケンサーMiSeqを使用。

 

環境DNA解析のパンフレットPDF

次世代シーケンス解析

サンガー法によるDNA解析

次世代シーケンスデータのDDBJへの登録について 遺伝子解析サービスについて

なんでもかんでもアンプリコンシーケンス

  1. 口腔内細菌相解析
  2. 味噌-2
  3. お米のRAD-seq解析

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