ヒト エキソーム解析/全ゲノム解析

ヒト エキソーム解析/全ゲノム解析

1.ヒト エキソーム解析/全ゲノム解析 サービス概要

ヒト エキソーム解析 ヒト全ゲノム解析
価格
(税別)
ライブラリー調製~
シーケンシング解析
100,000円/サンプル 200,000円/サンプル
標準データ解析
(参照配列へのマッピング、SNV/InDel)
1-2サンプル:25,000円/サンプル
3-4サンプル:23,000円/サンプル
5-7サンプル:20,000円/サンプル
8サンプル-:17,000円/サンプル
1-2サンプル:50,000円/サンプル
3-4サンプル:48,000円/サンプル
5-7サンプル:46,000円/サンプル
8サンプル-:44,000円/サンプル
オプションデータ解析(CNV、SV 多型解析) ※5サンプル以上のみ対応
5-7サンプル:16,000円/サンプル
8サンプル-:14,000円/サンプル
1-2サンプル:20,000円/サンプル
3-4サンプル:18,000円/サンプル
5-7サンプル:16,000円/サンプル
8サンプル-:14,000円/サンプル
データ量 10Gb 90Gb
納期 6~8週間
※10サンプルまでの納期。10サンプル以上は要相談。
※シーケンシング解析までのみをご希望の場合は、4~6週間
8~10週間
※10サンプルまでの納期。10サンプル以上は要相談。
※シーケンシング解析までのみをご希望の場合は、4~6週間
作業内容 ・送付サンプルのDNA濃度測定(蛍光法による2本鎖DNAの定量)
・シーケンスライブラリー作製
・シーケンシング解析(DNBSEQ-G400 150bpペアエンド解析)
・標準データ解析
1.FastQCで塩基の品質を確認します。
2.BWAで Human Reference Genomeに対しマッピングを行い、samファイルを生成します。※Human Reference Genomeは、hg19 または hg38 のどちらかをご指定ください。
3.Samtoolsでbam形式へ変換します。※cram形式も可能です。
4.GATKパイプラインでduplicatesリードを除いた後、配列品質を再評価して、vcfを生成します。
5.得られた変異にアノテーション情報を付加します。
・オプションデータ解析
1.BWA/Speedseqでマッピングを行い、samファイルを生成します。
2.Samtools、Sambaba および Samblasterで処理した後、lumpyで構造変異をコールします。
※ご希望のソフトやツールがある場合は、ご相談ください。
納品データ 以下のデータをUSB等の記録媒体に保存して納品します。
・作業報告書
・シーケンシング生データ(fastq形式)
・マッピングデータ(bam形式)※cram形式も可能です
・変異検出結果(vcf形式)
・変異のアノテーション情報を付加したデータ(エクセル形式)
<オプション解析ご依頼の場合>
・構造変異検出結果(vcf形式)
ご提供サンプル 抽出ゲノムDNA(>10 ng/ul、>20 ul)
※濃度は、蛍光法を用いた2本鎖DNAの定量結果を基準としています。
● 260 nmの吸光度ベースで定量されている場合
上記より高めの濃度(可能であれば、 >100 ng/ul)で送っていただく必要があります。DNAの質は一般的な260/280が1.8以上が望ましいです。
ご提供情報 1.サンプル情報提供用紙→サンプル送付時に同封ください
2.オーダーシート→dna@gikenbio.comへ送信ください

2.オプション

項目 備考 価格(税別) 追加納期
DNA抽出 試料を送付いただき、弊社でDNA抽出を行います。 10,000円/サンプル 1週間

3.お問合せ・サンプル送付先

お見積り・お問合せ

お問合せフォーム、メール(dna@gikenbio.com)、または お電話(042-780-8333)でお気軽にご相談ください。

サンプル送付先

移転のため、送付先が変更になりました。ご注意ください。
株式会社生物技研
〒252-0154 神奈川県相模原市緑区長竹657 / TEL 042-780-8333
※平日着でお送りください。発送は元払いでお願いしています。

<添付書類>
サンプル情報提供用紙→サンプル送付時に同封ください。
オーダーシート→dna@gikenbio.comへ送信ください