1.ヒト エキソーム解析/全ゲノム解析 サービス概要
ヒト エキソーム解析 | ヒト全ゲノム解析 | ||
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価格 (税別) |
ライブラリー調製~ シーケンシング解析 |
100,000円/サンプル | 200,000円/サンプル |
標準データ解析 (参照配列へのマッピング、SNV/InDel) |
1-2サンプル:25,000円/サンプル 3-4サンプル:23,000円/サンプル 5-7サンプル:20,000円/サンプル 8サンプル-:17,000円/サンプル |
1-2サンプル:50,000円/サンプル 3-4サンプル:48,000円/サンプル 5-7サンプル:46,000円/サンプル 8サンプル-:44,000円/サンプル |
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オプションデータ解析(SV 解析) | ※5サンプル以上のみ対応 5-7サンプル:16,000円/サンプル 8サンプル-:14,000円/サンプル |
1-2サンプル:20,000円/サンプル 3-4サンプル:18,000円/サンプル 5-7サンプル:16,000円/サンプル 8サンプル-:14,000円/サンプル |
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納品用HDD | 10,000円 (弊社でご用意する場合。お手持ちのHDDを送付いただく場合は費用はかかりません) |
10,000円 (弊社でご用意する場合。お手持ちのHDDを送付いただく場合は費用はかかりません) |
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データ量 | 10Gb | 1レーン占有(75-80Gb程度) | |
納期 | 6週間 ※10サンプルまでの納期。10サンプル以上は要相談。 ※シーケンシング解析までのみをご希望の場合は、20営業日 |
8週間 ※10サンプルまでの納期。10サンプル以上は要相談。 ※シーケンシング解析までのみをご希望の場合は、20営業日 |
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作業内容 | ・送付サンプルのDNA濃度測定(蛍光法による2本鎖DNAの定量) ・シーケンスライブラリー作製 ・シーケンシング解析(DNBSEQ-G400 100bpペアエンド解析) |
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・標準データ解析 1.FastQCで塩基の品質を確認します。 2.BWAで Human Reference Genomeに対しマッピングを行い、samファイルを生成します。※Human Reference Genomeは、hg19 または hg38 のどちらかをご指定ください。 3.Samtoolsでbam形式へ変換します。※cram形式も可能です。 4.GATKパイプラインでduplicatesリードを除いた後、配列品質を再評価して、vcfを生成します。 5.得られた変異にアノテーション情報を付加します。 |
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・オプションデータ解析 1.Speedseqでマッピングを行い、bamファイルを生成します。 2.manta(エキソーム解析)またはlumpy(全ゲノム解析)で構造変異をコールします。 ※ご希望のソフトやツールがある場合は、ご相談ください。 |
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納品物 | 以下のデータをHDDに保存して納品します。 ・作業報告書 ・シーケンシング生データ(fastq形式) ・マッピングデータ(bam形式)※cram形式も可能です ・変異検出結果(vcf形式) ・変異のアノテーション情報を付加したデータ(エクセル形式) <オプション解析ご依頼の場合> ・構造変異検出結果(vcf形式) |
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ご提供サンプル | 抽出ゲノムDNA(>10 ng/ul、>20 ul) ※濃度は、蛍光法を用いた2本鎖DNAの定量結果を基準としています。 |
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● 260 nmの吸光度ベースで定量されている場合 上記より高めの濃度(可能であれば、 >100 ng/ul)で送っていただく必要があります。DNAの質は一般的な260/280が1.8以上が望ましいです。 |
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ご依頼の流れ | まずはお見積りをご依頼ください。お問合せフォームから、解析内容(エキソーム or 全ゲノム)・サンプル数・オプション解析内容についてお知らせください。 |
2.オプション
項目 | 備考 | 価格(税別) | 追加納期 |
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DNA抽出 | 試料を送付いただき、弊社でDNA抽出を行います。 | 10,000円/サンプル | 1週間 |
3.ちらしPDF
4.お問合せ・サンプル送付先
お見積り・お問合せ
お問合せフォーム、メール(dna@gikenbio.com)、または お電話(042-780-8333)でお気軽にご相談ください。
サンプル送付先
株式会社生物技研
〒252-0154 神奈川県相模原市緑区長竹657 / TEL 042-780-8333
※平日着でお送りください。発送は元払いでお願いしています。
<添付書類>
・依頼書→dna@gikenbio.comへ送信ください