ゲノム解析・ショットガンメタゲノム解析（ショートリード・DNBSEQ）

1.サービス概要

データ量と 価格（税別）	0.3Gb	30,000円/サンプル 27,000円/サンプル
	1Gb	35,000円/サンプル 31,500円/サンプル
	5Gb	40,000円/サンプル 36,000円/サンプル
	10Gb	70,000円/サンプル 63,000円/サンプル
	20Gb	100,000円/サンプル 90,000円/サンプル
	50Gb	160,000円/サンプル 144,000円/サンプル
	キャンペーンは、2024年10月28日～2025年2月28日に弊社到着サンプルが対象です。 ※24サンプル以上で数量割引があります
納期	20営業日
作業内容	・送付サンプルのDNA濃度測定（蛍光法による2本鎖DNAの定量） ・シーケンスライブラリー作製*1 ・シーケンシング解析（DNBSEQ 150 bpペアエンド解析） ※データ解析は含まれていません。データ解析については「2.オプション」をご覧ください。
納品物	以下のデータをDVDやUSB等の記録媒体に保存して納品します。 ・報告書 ・シーケンス生データ（fastq形式） ・DDBJのデータベース登録に必要なデータ ※データ量が多い場合はHDD納品となり、HDD代として別途10,000円（税別）がかかります。お手持ちのHDDを送付いただき、そちらに保存して納品することも可能です。 ＜HDD納品となる目安＞生データ納品の場合は200 Gb、データ解析ありの場合は100 Gb
ご提供 サンプル	抽出ゲノムDNA（濃度 4 ng/ul以上、総量200 ng以上） ※濃度は、蛍光法を用いた2本鎖DNAの定量結果を基準としています。 ※濃度が高い場合も、液量は20 ul以上をお送りください。
	● 260 nmの吸光度ベースで定量されている場合 上記より高めの濃度（可能であれば、 >100 ng/ul）で送っていただく必要があります。DNAの質はA260/280が1.8以上であることが望ましいです。
	DNA濃度が基準値未満の場合は「微量DNA対応」のオプションを、PCRフリーでの調製をご希望の場合は*1をご覧ください。
ご依頼の流れ	まずは、お見積りをご依頼ください。お見積り依頼フォームをご用意しています。

*1　標準ではPCR増幅して、ライブラリーを作製します。PCRフリーでの対応も可能ですが、抽出ゲノムDNAが多く必要になります。PCRフリーをご希望の場合は、お見積り依頼時にその旨をお知らせください。また、抽出ゲノムDNAは、＞50 ng/ul、＞40 ulをご提供ください。

2.オプション

2-1.オプション（DNA抽出・微量DNA対応）

項目	備考	価格（税別）	追加納期
DNA抽出	試料を送付いただき、弊社でDNA抽出を行います。 ご提供いただくサンプル量の目安は、細胞数1×10^9～5×10^9程度、湿重量20～100 mg程度です。	1～ 2サンプル 10,000円/サンプル 3～ 7サンプル 24,000円/式 8サンプル～ 3,000円/サンプル	5営業日
微量DNA対応	微量DNA（>1 ng/ul、>20 ul）に対して、ライブラリー調製を行います。NexteraXT（イルミナ社）とコンバージョンプライマーを用いてライブラリー調製を行います。	10,000円/サンプル	なし

2-2.オプション（データ解析_ゲノム解析用）

項目		備考		価格（税別）	追加 納期
原核生物向け	アセンブル（オートアノテーション含む）	オートアノテーションは、prokkaを使用して得られた予測遺伝子配列とタンパク質配列、遺伝子の位置情報(gff形式データ)をご提供します。		1～ 11サンプル　30,000円/サンプル 12～23サンプル　20,000円/サンプル 24サンプル～　10,000円/サンプル	5営業日(12サンプル以上は10営業日）
	マニュアルアノテーション	オートアノテーションから得られた予測遺伝子をKEGGやGOデータベースに登録されている配列と比較することで、得られた予測遺伝子にKEGG_IDやGO_IDを対応させます。		70,000円/サンプル	5営業日
	アノテーション解析（二次代謝）	antiSMASHを使ってゲノム配列から二次代謝系遺伝子のアノテーションを行います。		10,000円/サンプル ※別途アセンブル費用が必要	なし
	アノテーション解析（抗生物質耐性）	AMRFinderPlusとResFinder使ってゲノム配列から抗生物質耐性遺伝子のアノテーションを行います。		10,000円/サンプル ※別途アセンブル費用が必要	なし
	ANI (Average nucleotide identity)*2	アセンブル後の配列同士をアライメントし、類似度を計算します。比較する菌株が同種であるか確認するのに有効な解析です。		10,000円/解析 ※別途アセンブル費用が必要	なし
	wgMLST (Whole genome multilocus sequence typing)*2	アセンブル後の配列を使って、ゲノムワイドに遺伝子型の判定をします。		10サンプルまで一律40,000円 ※11サンプル以上の場合、1サンプルあたり+2,000円 ※別途アセンブル費用が必要	5営業日
真核生物向け	アセンブル（核ゲノム）	価格と納期はゲノムサイズによって変わります。	ゲノムサイズ100 Mb未満	50,000円/サンプル	5営業日
			ゲノムサイズ1 Gb未満	100,000円/サンプル	10営業日
			ゲノムサイズ1 Gb以上	要相談	要相談
	アセンブル（ミトコンドリアゲノム）			1～11サンプル　30,000円/サンプル 12～23サンプル　20,000円/サンプル 24サンプル～　10,000円/サンプル	5営業日(12サンプル以上は10営業日）
	AUGUSTUSを用いた遺伝子予測	アセンブル配列から遺伝子領域を予測します。		20,000円/サンプル ※別途アセンブル費用が必要	5営業日
	RNA-seqを用いた遺伝子予測	サンプル送付時にトータルRNAも送付いただく必要があります。		40,000円/サンプル	5営業日
SNP/InDel解析		SNPsと短いIndelを検出する解析です。 GATKを用いて検出された変異部位をvcf形式で納品します。 gff形式(遺伝子位置情報)がある場合は、snpEffを用いて、vcfに対してアノテーションした結果も納品します。		20,000円/サンプル ※6サンプル以上の場合、100,000円(5サンプル分)＋10,000円/追加サンプル	原核生物： 5営業日 真核生物： 15営業日
特定生物由来のリードの除去		取得したリードから特定の生物のリードを除去します。 例）宿主由来のDNAが混入するサンプルを解析する場合に、宿主由来のリードを除去する。		8サンプルまで一律 50,000円 ※9サンプル以上の場合、1サンプルあたり+6,250円	2営業日 ※9-20サンプルは3営業日 21-40サンプルは5営業日 41サンプル以上は要相談

*2　データベースに登録されているゲノム配列を含めて解析することが可能です。ご希望の場合は、配列のURLをお送りください。ANIは最大10配列までご指定可能です。wgMLSTはご指定配列数がサンプル数としてカウントされます。

2-3.オプション（データ解析_ショットガンメタゲノム解析用）

 

項目	備考	価格（税別）	追加納期
生物群集構造の推定 ★2024.05 New★	phyloflashを用いてSSU rRNA配列から生物群集構造を推定します。	10,000円/サンプル	5営業日
特定生物由来のリードの除去	取得したリードから特定の生物のリードを除去します。 例1）ヒト糞便サンプルから腸内細菌を解析する場合に、大量に含まれているヒト由来のリードを除去する。 例2）植物サンプルから共生細菌を解析する場合に、大量に含まれている植物由来のリードを除去する。	8サンプルまで一律 50,000円 ※9サンプル以上の場合、1サンプルあたり+6,250円	2営業日 ※9-20サンプルは3営業日 21-40サンプルは5営業日 41サンプル以上は要相談
アセンブル・マッピング	SPAdesによるアセンブルを行い、Contigを提供します。同時に、各配列にマップされたリード数を提供します(下記参照）。	8サンプルまで一律100,000円 ※9サンプル以上の場合、1サンプルあたり+12,500円	10営業日 ※9-20サンプルは15営業日 21-40サンプルは20営業日 41サンプル以上は要相談
アセンブル・マッピング・遺伝子予測・機能解析	アセンブルによって得られたドラフト配列に対して、prokkaによるオートアノテーションを行います。KEGG解析を用いて、予測されたタンパク質の機能的分類を行います(下記参照）。	8サンプルまで一律200,000円 ※9サンプル以上の場合、1サンプルあたり+25,000円	20営業日 ※9-20サンプルは30営業日 21-40サンプルは40営業日 41サンプル以上は要相談
┗ KEGG pathway classification chart	各サンプルに対して、分類されたKEGGカテゴリーに関連する遺伝子の割合を可視化します。また、機能pathwayの視点でサンプル間の違いを比較することができます。 デモデータはこちら	10,000円	なし

ショットガンメタゲノム解析のデータ解析（オプション）の説明

●アセンブル・マッピング と 遺伝子予測・機能解析

生リードから低品質塩基の除去を行った後、アセンブルを行い、コンティグ(配列断片)を取得します。得られた配列断片に対し、高品質のリードをマッピングし、各配列断片とマップされたリード数の対応表を作成します。また、rRNAが予測された配列断片には種名を割り当てます(系統推定)。最終的にこれらの結果を統合することで各サンプルの生物相の棒グラフを作成します。

さらに遺伝子予測・機能解析では、配列断片から細菌の遺伝子を予測します。その後、予測された遺伝子配列はKEGGデータベースの配列と比較し、機能的な注釈を付加します。

 

●KEGG pathway classification chart

各サンプルに対して、分類されたKEGGカテゴリーに関連する遺伝子の割合を可視化します。また、機能pathwayの視点でサンプル間の違いを比較することができます。

活性汚泥のデモデータ　 腸内細菌のデモデータ

3.よくある質問

Q1.特徴は？

なんといってもコストパフォーマンスがよいことです。低価格で高品質のショートリードが取得できます。

Q2.イルミナ社のNGS用のライブラリーと互換性はある？

DNBSEQでシーケンシング解析するには、DNBSEQ用の専用キットでライブラリー調製することが必要になります。そのため、illumina社のキットで作製されたライブラリーをシーケンシング解析することはできません。

Q3.出力データはどんな形式？

出力はfastqファイルで、Q値は最新のイルミナ社製シーケンサーと同様にsanger形式です。

Q4.生データのクオリティは？

DNBSEQ-G400(MGI社）とHiSeq（イルミナ社）を用いてシーケンシング解析を行い、取得したリードのQ20およびQ30を比較したところ、2機種のそれらは同等でした。

Q5.解析事例はありますか？

以下の通り、弊社で解析しました。
DNBSEQ-G400(MGI社）とHiSeq（イルミナ社）を用いてシーケンシング解析を行い、取得したリードでそれぞれアセンブルしました。2機種の結果を比較するとほぼ同等（少しDNBSEQ-G400のほうがまとまっている）でした。
※対象生物はヒラメです。また、アセンブラーはMaSuRCAを使用しました。

Q6.ウイルスやファージの解析はできますか？

以下の通り、ゲノムの形状によります。
一本鎖DNA（ssDNA）：×
二本鎖DNA（dsDNA）：〇
一本鎖RNA（ssRNA）：〇
二本鎖RNA（dsRNA）：〇 ※環状化dsRNAは×

Q7.宿主由来のDNAが混入するサンプルのゲノム解析は可能ですか？

宿主の参照配列があれば、取得したリードから宿主のリードを除去後、アセンブルすることが可能です。
※データ解析はオプションです。

Q8.DNAサンプルの返却は可能？

2,500円（送料込・税別）で対応しています。弊社では、解析完了後3カ月経過すると、サンプルを処分しますので、返却希望の場合はお早目にご連絡ください。なお、試料やライブラリーの返却はできません。

4.ちらしPDF

　DNBSEQを用いたゲノム解析・ショットガンメタゲノム解析のパンフレットPDF

5.お問合せ・サンプル送付先

●お見積り依頼

お見積りフォームがございます。
・ゲノム解析お見積りフォーム（ショートリード専用）

●お問合せ

お問合せフォーム、メール（dna@gikenbio.com）、または　お電話（042-780-8333）でお気軽にご相談ください。

●サンプル送付先

株式会社生物技研
〒252-0154　神奈川県相模原市緑区長竹657
TEL　042-780-8333
※平日着でお送りください。発送は元払いでお願いしています。

＜添付書類＞
・依頼書→dna@gikenbio.comへ送信ください。あわせてサンプル送付時に印刷したものを同封ください。