お知らせ

11.152018

サービスアップ

年度末に向かってバタバタとしてきました。アンプリコンシーケンス解析のサービスアップのお知らせです。

アンプリコンシーケンス解析サービスwebサイト

1.追加オプションとして種レベルでの系統推定を行うことが可能となりました。

EzBioCloud 16S databaseをデータベースを利用します。

EzBioCloudについて→webサイト

(1) マニュアルでキュレーションが行われていますので、分類ミスの可能性が低いです。
(2) データベースの更新が頻繁に行われており、最新版は2017/12月時点までの international journal of systematic and evolutionary micobiologyのデータが反映されています。

(3) この1年半程度で論文の引用も900件程度されており、注目されています。

2.QIIME 2.0に対応

従来のバージョンとの一番大きな違いはOTUの形成方法です。シーケンサーのエラーを補正するDADA2モデルが利用されております。リリース自体は少し前なのですが、最近では微生物関係の研究者の間でも支持されていること、環境DNAの解析パイプラインでも導入されていることからバージョンアップすることにしました(自社検証作業済)。実験の継続性ということもありますので、今年度についてはこれまで通りの旧バージョンを標準とし、ご要望がございましたらQIIME 2.0での解析もご対応させていただきます。来年度(4月1日以降)はQIIME 2.0を標準的なサービスとさせていただきます。

 

過去のお知らせ

  1. 5.202019

    サービスアップのお知らせ

    お待たせしました。ようやくサービスアップ開始です。

  2. 5.142019

    移転作業に伴う臨時休業についてのお知らせ

    2月に一度ブログにてご連絡させていただきました移転の日時が決定しました。

  3. 4.182019

    細菌学会に出展します

    直前になってしまいましたが来週23日(火)から札幌コンベンションセンターで開催される第92回日本細菌...

ブログ

  1. 2018年秋から、EzBioCloud 16S database を使用したデータ解析をアンプリコン...
  2. DADA2
    弊社ではアンプリコンシーケンス解析のデータ解析において、QIIMEのバージョンはQIIME2を標準と...
  3. 10連休もあっという間でした。天気にも恵まれ今年はしっかりと畑の準備をすることができました。
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